v prvním pochopení Phylogenies post jsem nastínil některé základní fylogenetické terminologie pomocí fylogeneze tyčinky. Hlavním bodem je, že rozložení (aka – topologie) z větví a uzlů ilustruje, jak tyčinky (aka – taxony) byly spojeny k sobě navzájem na základě jejich vlastností (v tomto případě candy tvar či chuť). Nicméně, Možná jste si všimli řady falešných vztahů.

například (obrázek 3A):
* jsou Yorkské mátové placičky a třešňová kaše opravdu sesterské taxony jen proto, že jsou kulaté?
* co spojuje arašídové a kokosové clades jako sesterské taxony?
• V arašídové clade, je arašídové máslo (Reese je Arašídové Máslo Poháry) sestra na arašídy (Výplata) nebo „arašídové máslo-y“ plnění (Věnečku)?
* jaký je společný předek mezi bonbóny“ Drops „a“ Flat Bar“?

odpověď zní, že některé vztahy v původním stromu nedávají smysl. Přinutil jsem taxony do plně rozdvojeného stromu (obrázek 3A). Nicméně, můžeme zobrazit nejednoznačnost tím, že nenutí strom bifurcate a umožňují polytomie na stromě (obrázek 3B). Polytomie může představovat nejistotu v datech nebo nedostatek informací. Rozlišování, zda polytomie představuje nejistotu nebo nedostatek informací, je na výzkumníkovi a jeho znalostech systému a dat. Mohou být schopni shromáždit více dat (ex-extra taxony nebo více znakových znaků) k vyřešení stromu. Některé polytomie však nelze vyřešit a jednoduše odrážejí nejistotu, kterou musí vědci zohlednit, když postupují ve svých analýzách.

důraz na vlastnosti, přispívá k rozdílu mezi bifurcating (Obrázek 3A) a polytomy (Obrázek 3B) stromy. Když se uvažovalo o tvaru bonbónu (obrázek 3A), taxony chuťových skupin poblíž špiček, ale skupiny tvarů se přibližují ke kořeni. Nicméně, když tvar nebyl považován za, seskupení bylo provedeno pouze podle chuti a nebyl k dispozici dostatek údajů, aby plně rozdvojený strom v blízkosti kořene jako některé clades nesdílel více chuť profily.

zatímco polytomie může být frustrující, protože všechny vztahy mezi taxony nejsou popsány, jsou velmi skutečnou součástí budování a interpretace fylogenií. Proto jsou polytomie také skutečnou součástí interpretace evolučních vzorců. (Na tomto interaktivním webu můžete vidět mnoho polytomií napříč stromem života.)