Profilování polysomu
postup začíná vytvořením buněčného lyzátu buněk, které jsou předmětem zájmu. Tento lyzátu obsahuje polysomes, monosomes (složený z jednoho ribozomu s bydlištěm na mRNA), malé (40S u eukaryot) a velké (60S u eukaryot) ribozomální podjednotky, „zdarma“ mRNA a celou řadu dalších rozpustných buněčných složek.
postup pokračuje vytvořením kontinuálního gradientu sacharosy s plynule proměnnou hustotou v odstředivkové zkumavce. Při použitých koncentracích (15-45% v příkladu) sacharóza nenarušuje asociaci ribozomů a mRNA. 15% část gradientu je v horní části trubice, zatímco 45% část je ve spodní části kvůli jejich rozdílné hustotě.
specifické množství (měřeno optickou hustotou) lyzátu je pak jemně vrstveno na horní část gradientu v trubici. Lyzát, i když obsahuje velké množství rozpustného materiálu, je mnohem méně hustý než 15% sacharózy, a proto může být udržován jako samostatná vrstva v horní části zkumavky, pokud se to provádí jemně.
za účelem oddělení složek lyzátu se přípravek podrobí centrifugaci. To urychluje složky lyzátu s mnohonásobnou gravitační silou, a tak je pohání gradientem na základě toho, jak „velké“ jsou jednotlivé složky. Malé (40S) podjednotky cestují méně daleko do gradientu než velké (60S) podjednotky. Ribsomy 80. let na mRNA cestují dále (všimněte si, že příspěvek velikosti mRNA k ujeté vzdálenosti není významný). Polysomy složené ze 2 ribozomů cestují dále, polysomy se 3 ribsomes cestují dále, a dál a dál. „Velikost“ součástí je označena jednotkou s, jednotkou svedberg. Všimněte si, že jeden S = 10-13 sekund a že pojem „velký“ je ve skutečnosti zjednodušení.
sacharosový gradient a immunoblot
Po centrifugaci se obsah zkumavky jsou shromažďovány jako zlomky z horní (menší, pomalejší cestování) spodní (větší, rychlejší cestování) a absorbance frakcí je určena. První odstraněné frakce mají velké množství relativně malých molekul, jako jsou tRNA, jednotlivé proteiny atd.