Lee byl nadějný junior, reprezentující Australský tým do 19 let. Byl držitelem stipendia AIS Australian Cricket Academy v letech 1990 a 1994 a byl současníkem budoucího mezinárodního spoluhráče Adama Gilchrista. Poprvé hrál za Nový Jižní Wales v roce 1993 a byl povolán do australského týmu one day v roce 1995.

přestože byl zařazen do družstev mistrovství světa 1996 a 1999, v týmu se skutečně prosadil pouze v sériích 1999-2000 Carlton a United spolu se vznikem svého mladšího bratra, rychlého nadhazovače Bretta Leeho. Jeho nejlepší bowlingový výkon v ODI byl 8.1–0–33–5 proti Sri Lance v MCG v 1999 během Carlton & United Series.

měl také úspěšnou sezónu se Somersetem, v roce 1996 zaznamenal více než 1000 běhů a Worcestershire v anglickém hrabství Championship.

v roce 2002 ve věku pouhých 29 let Lee odešel z kriketu kvůli zranění kolena. Mezi roky 1995 a 2001 hrál 45 Jeden Den Internacionály bodování 477 běží a s 48 branek.

Shane je veřejně považován za osobu, která má podobnou bowlingovou akci jako Nick ‚The Swan‘ Dawson.