i den første forståelse Fylogenier indlæg, jeg skitseret nogle grundlæggende fylogenetisk terminologi ved hjælp af en candy bar fylogeni. Hovedpunktet er, at layoutet (aka – topologi) af grene og noder illustrerede, hvordan slikstænger (aka – taksa) var relateret til hinanden baseret på deres træk (i dette tilfælde slikform eller smag). Imidlertid, du har måske bemærket en række falske forhold.

for eksempel (figur 3a):
• er York Peppermint Patties og Cherry Mash virkelig søster skat, bare fordi de er runde?
* hvad forener peanut og coconut clades som søster skat?
* i peanut clade, er jordnøddesmør (Reece s Peanut Butter Cups) søster til peanuts (PayDay) eller til “peanut butter-y” påfyldning (Butterfinger)?
• Hvad er den fælles forfader mellem” Drops “og” Flat Bar ” slik?svaret er, at nogle af relationerne i det oprindelige træ ikke giver mening. Jeg tvang skatten ind i et fuldt forgrenende træ (figur 3a). Vi kan dog vise tvetydighed ved ikke at tvinge træet til at bifurcere og tillade polytomier på træet (figur 3b). Polytomier kan enten repræsentere usikkerhed i dataene eller mangel på information. At skelne mellem, om en polytomi repræsenterer usikkerhed eller mangel på information, er op til forskeren og deres viden om systemet og dataene. De kan muligvis indsamle flere data (f.eks. Imidlertid, nogle polytomier kan ikke løses og afspejler simpelthen usikkerhed, som forskere skal redegøre for, når de går videre med deres analyser.

vægten givet til træk bidrager til forskellen mellem bifurcating (figur 3a) og polytomi (figur 3b) træer. Når slik form blev overvejet (figur 3a), smag grupper taksa nær spidserne, men form grupper klader tættere på roden. Imidlertid, når form ikke blev overvejet, grupperinger blev kun udført af smag, og der var utilstrækkelige data til fuldt ud at bifurcere træet nær roden, da nogle klader ikke delte flere smagsprofiler.mens polytomier kan være frustrerende, fordi alle forhold mellem taksa ikke er beskrevet, er de en meget reel del af opbygningen og fortolkningen af fylogenier. Derfor er polytomier også en reel del af fortolkningen af evolutionære mønstre. (Du kan se mange polytomier på tværs af livets træ på denne interaktive hjemmeside.)