Lee var en lovende junior, der repræsenterede Australien under-19 hold. Han var en AIS Australian Cricket Academy stipendium indehaver i 1990 og 1994 og var en moderne af fremtidige internationale holdkammerat Adam Gilchrist. Han spillede først i 1993 og blev indkaldt til det australske endagshold i 1995.

På trods af at han var med i verdensmesterskabet i 1996 og 1999, etablerede han sig kun virkelig i holdet i 1999-2000 Carlton og United-serien sammen med fremkomsten af hans yngre bror, hurtig gryde Brett Lee. Hans bedste præstation i ODI var 8.1–0–33–5 Mod Sri Lanka på MCG i 1999 under Carlton & United Series.han havde også en succesrig sæson med Somerset, der scorede over 1.000 løb i 1996 og i det engelske Amtsmesterskab.

i 2002, kun 29 år gammel, trak Lee sig tilbage fra cricket på grund af knæskader. Mellem 1995 og 2001 spillede han 45 One Day Internationals, der scorede 477 løb og tog 48 porte.

Shane anses offentligt for at have en lignende keglehandling som Nick ‘Svanen’.