i December 1517 var den seneste kommissionsdato, kardinal Giulio de Medici, fætter til Pave Leo (1513-1521), også pavens vicekansler og chefrådgiver. Han var blevet udstyret med Legationen af Bologna, bispedømmerne Albi, Ascoli, Eger og andre. Fra februar 1515 omfattede dette ærkebispedømmet i Narbonne. Han bestilte to malerier til katedralen i Narbonne, Kristi Transfiguration fra Raphael og opdragelsen af Lasarus fra Sebastiano del Piombo. Da Michelangelo leverede tegninger til sidstnævnte arbejde, genoplivede Medici den rivalisering, der blev indledt et årti tidligere mellem Michelangelo og Raphael, i Stans og Sistine Kapel.fra 11. til 12. December 1516 var Michelangelo i Rom for at diskutere med Pave Leo og kardinal Medici facaden af basilikaen i Florence. Under dette møde blev han konfronteret med opdragelsen af Lasarus, og det var her, han accepterede at levere tegninger til bestræbelserne, men ikke at udføre maleriet selv. Kommissionen gik til Michelangelos ven Sebastiano del Piombo. Fra dette møde ville malerierne blive symbolske for en paragone mellem to tilgange til maleri og mellem maleri og skulptur i italiensk kunst.

en tidlig modello til maleriet, udført i Raphaels studie af Giulio Romano, skildrede en 1:10 skala tegning til Transfigurationen. Her vises Kristus på Tabors Bjerg. Moses og Elja flyder mod ham; Johannes og Jakob knæler til højre; Peter er til venstre. Toppen af modellen skildrer Gud Faderen og en skare af engle. En anden modello, udført af Gianfrancesco Penni, viser et design med to scener, som maleriet skulle udvikle sig. Denne modelo ejes af Louvre.Lasarus ‘ opvækst var uofficielt set i Oktober 1518. På dette tidspunkt havde Raphael næppe startet på sin altertavle. Da Sebastiano del Piombos arbejde officielt blev inspiceret i Vatikanet af Leo søndag den 11. December 1519, den tredje søndag i Advent, var Transfigurationen stadig ufærdig.

Raphael ville have været bekendt med den endelige form for opdræt af Lasarus allerede i efteråret 1518, og der er betydelige beviser for, at han arbejdede feberligt for at konkurrere og tilføjede et andet tema og nitten figurer. En overlevende modello til projektet, nu i Louvre (en værkstedskopi af en mistet tegning af Raphaels assistent Gianfrancesco Penni) viser den dramatiske ændring i det tilsigtede arbejde.

Modello til Transfiguration af Kristus, pen og brunt blæk med hvide højdepunkter på papir primet med mørkebrun vask, 40 gange 27 cm, c. 1516, Albertina

undersøgelse af den endelige Transfiguration afslørede mere end seksten ufuldstændige områder og pentimenti (ændringer). En vigtig teori hævder, at skrifterne fra den velsignede Amadeo Menes da Silva var nøglen til transformationen. Amadeo var en indflydelsesrig Broder, healer og visionær såvel som pavens skriftefader. Han var også diplomat for Vatikanstaten. I 1502, efter hans død, blev mange af Amadeos skrifter og prædikener samlet som Apocalypsis Nova. Denne traktat var velkendt for Pave Leo Guillaume Bri Karonnet, kardinal Giulio de’ Medicis forgænger som biskop af Narbonne, og hans to sønner konsulterede også traktaten som åndelig vejledning. Kardinal Giulio kendte Apocalypsis Nova og kunne have påvirket maleriets endelige komposition. Amadeos traktat beskriver episoderne af Transfigurationen og den besatte dreng fortløbende. Transfigurationen repræsenterer en præfiguration af den sidste dom og af Djævelens endelige nederlag. En anden fortolkning er, at den epileptiske dreng er blevet helbredt og dermed forbinder Kristi guddommelighed med hans helbredende kraft.Raphael døde den 6. April 1520. I et par dage efter lå forvandlingen i spidsen for hans katafalke i hans hus i Borgo. En uge efter hans død blev de to malerier udstillet sammen i Vatikanet.mens der er nogle spekulationer om, at Raphaels elev, Giulio Romano, og assistent, Gianfrancesco Penni, malede nogle af baggrundsfigurerne i den nederste højre halvdel af maleriet, er der intet bevis for, at andre end Raphael færdiggjorde maleriets substans. Rengøringen af maleriet fra 1972 til 1976 afslørede, at assistenter kun færdiggjorde nogle af de nederste venstre figurer, mens resten af maleriet er af Raphael selv.

i stedet for at sende det til Frankrig bevarede kardinal Giulio de’ Medici billedet. I 1523 installerede han det på højalteret i den velsignede Amadeos kirke San Pietro i Montorio, Rom, i en ramme, der var værket af Giovanni Barile (eksisterer ikke længere). Giulio beordrede Penni en kopi af Transfigurationen til at tage med ham til Napoli. Det endelige resultat med små forskelle fra originalen bevares i Prado-museet i Madrid. En mosaik kopi af maleriet blev afsluttet af Stefano i Peterskirken i Vatikanstaten i 1774.

i 1797, under Napoleon Bonapartes italienske kampagne, blev det ført til Paris af franske tropper og installeret i Louvre. Allerede den 17.juni 1794 havde Napoleons Udvalg for Offentlig Instruktion foreslået et ekspertudvalg ledsage hærene for at fjerne vigtige kunstværker og videnskab for at vende tilbage til Paris. Louvre, som var blevet åbnet for offentligheden i 1793, var en klar destination for kunsten. Den 19.februar 1799 indgik Napoleon Tolentino-traktaten med pave Pius VI, hvor der blev formaliseret konfiskation af 100 kunstneriske skatte fra Vatikanet.

bryllup procession af Napoleon og Marie-Louise af Østrig i 1810 (detalje)

blandt de mest eftertragtede skatte Napoleons agenter eftertragtede var værker af Raphael. Jean-Baptiste, medlem af Napoleons udvælgelseskomite, var en samler af Raphaels tegninger. Baron Antoine-Jean Gros, et andet medlem, var blevet påvirket af Raphael. For kunstnere som Louis David og hans elever Girodet og Ingres repræsenterede Raphael udførelsen af franske kunstneriske idealer. Derfor beslaglagde Napoleons udvalg alle tilgængelige Raphael. For Napoleon var Raphael simpelthen den største af italienske kunstnere og Transfigurationen hans største værk. Maleriet, sammen med Apollo Belvedere, det Laoco Kurtn, det Capitoline Brutus og mange andre, modtog en triumfindgang i Paris den 27.juli 1798, det fjerde årsdag for Maksimilien de Robespierres fald.

i November 1798 blev Transfigurationen offentliggjort i Grand Salon på Louvre. Fra 4. juli 1801 blev det centrum for en stor Raphael-udstilling i Grande Galerie. Mere end 20 Raphaels var udstillet. I 1810 indspillede en berømt tegning af Benjamin den anledning af Napoleon og Marie Louises bryllup procession gennem Grande Galerie, Transfigurationen udstillet i baggrunden.

St. Matthæus og en anden apostel, rød kridt over stylus, 328 gange 232 mm

maleriets tilstedeværelse på Louvre gav engelske malere som Joseph Farington (den 1. og 6. September 1802):1820-32 og Joseph Mallord Vilhelm Turner (i September 1802) mulighed for at studere det. Turner ville dedikere det første af sine foredrag som professor i perspektiv ved Royal Academy til billedet. Farington rapporterede også om andre, der havde været at se billedet: den svenske maler Henry Fuseli, for hvem det kun var nummer to på Louvre til Titian ‘ S St. Peter martyrs død (1530) og den engelske maler John Hoppner.:1847 den angloamerikanske maler Benjamin Vest “sagde, at aldernes mening stod bekræftet, at den stadig havde førstepladsen”.:1852 Farington udtrykte selv sine følelser som følger:

skulle jeg beslutte efter den virkning, det havde på mig, skulle jeg ikke tøve med at sige, at patientplejen og den solide måde, hvorpå Transfigurationen er malet, gjorde et indtryk på mit sind, der fik andre billeder, der blev anset for første klasse, til at virke svage og som manglende styrke & vigour.Joseph Farington, Joseph Farington ‘ s Dagbog. V:1831

efter Napoleon Bonapartes fald i 1815 formåede udsendinge til Pave Pius VII, Antonio Canova og Marino Marini at sikre Transfigurationen (sammen med 66 andre billeder) som en del af Paris-traktaten. Efter aftale med kongressen skulle værkerne udstilles for offentligheden. Det oprindelige galleri var i Borgia-lejligheden i det Apostolske Palads. Efter flere bevægelser inden for Vatikanet ligger maleriet nu i Pinacoteca Vaticana.