Das Verfahren beginnt mit der Herstellung eines Zelllysats der interessierenden Zellen. Dieses Lysat enthält Polysomen, Monosomen (bestehend aus einem Ribosom, das sich auf einer mRNA befindet), die kleinen (40S in Eukaryoten) und großen (60S in Eukaryoten) ribosomalen Untereinheiten, „freie“ mRNA und eine Vielzahl anderer löslicher zellulärer Komponenten.

Das Verfahren wird fortgesetzt, indem ein kontinuierlicher Saccharosegradient mit kontinuierlich variabler Dichte in einem Zentrifugenröhrchen hergestellt wird. Bei den verwendeten Konzentrationen (15-45% im Beispiel) stört Saccharose die Assoziation von Ribosomen und mRNA nicht. Der 15% -Anteil des Gradienten befindet sich oben im Rohr, während der 45% -Anteil aufgrund ihrer unterschiedlichen Dichte unten liegt.

Eine bestimmte Menge (gemessen durch optische Dichte) des Lysats wird dann sanft auf den Gradienten in der Röhre geschichtet. Das Lysat ist, obwohl es eine große Menge an löslichem Material enthält, viel weniger dicht als 15% Saccharose und kann daher als separate Schicht oben auf dem Röhrchen aufbewahrt werden, wenn dies vorsichtig durchgeführt wird.

Um die Komponenten des Lysats zu trennen, wird das Präparat einer Zentrifugation unterzogen. Dies beschleunigt die Komponenten des Lysats um ein Vielfaches der Schwerkraft und treibt sie so durch den Gradienten, je nachdem, wie „groß“ die einzelnen Komponenten sind. Die kleinen (40S) Untereinheiten reisen weniger weit in den Gradienten als die großen (60S) Untereinheiten. Die 80S-Ribsomen auf einer mRNA reisen weiter (beachten Sie, dass der Beitrag der Größe der mRNA zur zurückgelegten Strecke nicht signifikant ist). Polysomen, die aus 2 Ribosomen bestehen, reisen weiter, Polysomen mit 3 Ribsomen reisen noch weiter und weiter und weiter. Die „Größe“ der Komponenten wird mit S, der Svedberg-Einheit, bezeichnet. Beachten Sie, dass ein S = 10-13 Sekunden ist und dass das Konzept von „big“ tatsächlich eine zu starke Vereinfachung darstellt.

Nach der Zentrifugation wird der Inhalt des Röhrchens als Fraktionen von oben (kleiner, langsamer verfahrend) nach unten (größer, schneller verfahrend) gesammelt und die optische Dichte der Fraktionen bestimmt. Die ersten entfernten Fraktionen weisen eine große Menge relativ kleiner Moleküle wie tRNAs, einzelne Proteine usw. auf.