Lee war ein vielversprechender Junior, der das australische U19-Team vertrat. Er war Stipendiat der AIS Australian Cricket Academy in den Jahren 1990 und 1994 und war ein Zeitgenosse des zukünftigen internationalen Teamkollegen Adam Gilchrist. Er spielte erstmals 1993 für New South Wales und wurde 1995 in das australische One Day Team berufen.Obwohl er in den WM-Kader von 1996 und 1999 aufgenommen wurde, etablierte er sich erst in der Carlton- und United-Serie von 1999-2000 zusammen mit dem Auftauchen seines jüngeren Bruders, des schnellen Bowlers Brett Lee, wirklich im Team. Seine beste Bowling-Leistung in ODI war 8.1–0–33–5 gegen Sri Lanka bei MCG im Jahr 1999 während der Carlton & United Series.Er hatte auch eine erfolgreiche Saison mit Somerset, erzielte über 1.000 Läufe im Jahr 1996 und Worcestershire in der englischen County Championship.Im Jahr 2002 zog sich Lee im Alter von nur 29 Jahren aufgrund von Knieverletzungen aus dem Cricket zurück. Zwischen 1995 und 2001 bestritt er 45 One Day Internationals mit 477 Runs und 48 Wickets.

Shane wird öffentlich als eine ähnliche Bowling-Aktion wie Nick ‚the Swan‘ Dawson angesehen.