Lee era un joven prometedor, representando al equipo sub-19 de Australia. Fue becario de la Academia Australiana de Críquet AIS en 1990 y 1994 y fue contemporáneo de su futuro compañero de equipo internacional Adam Gilchrist. Jugó por primera vez para Nueva Gales del Sur en 1993 y fue convocado para el equipo australiano de un día en 1995.

A pesar de estar incluido en los equipos de la Copa del Mundo de 1996 y 1999, solo se estableció en el equipo en la Serie Carlton y United de 1999-2000 junto con la aparición de su hermano menor, el jugador de bolos rápido Brett Lee. Su mejor actuación de bolos en ODI fue 8.1–0–33–5 contra Sri Lanka en MCG en 1999 durante la Serie Carlton & United.

También tuvo una exitosa temporada con Somerset, anotando más de 1.000 carreras en 1996, y Worcestershire en el Campeonato del Condado Inglés.

En 2002, con solo 29 años, Lee se retiró del cricket debido a lesiones en la rodilla. Entre 1995 y 2001 jugó 45 Partidos Internacionales de Un Día anotando 477 carreras y tomando 48 wickets.

Se considera públicamente que Shane tiene una acción de bolos similar a la de Nick ‘the Swan’ Dawson.