Emil Theodor Kocher, (s. 25, 1841, Bern, Switz.- kuoli 27. heinäkuuta 1917 Bern) oli sveitsiläinen kirurgi, joka sai vuonna 1909 Nobelin fysiologian tai lääketieteen palkinnon työstään kilpirauhasen parissa.

kokeiltuaan lääketiedettä Bernin yliopistossa vuonna 1865 Kocher opiskeli Berliinissä, Lontoossa, Pariisissa ja Wienissä, jossa hän oli Theodor Billrothin oppilas. Vuonna 1872 hänestä tuli kliinisen kirurgian professori Bernissä, ja hän jäi kirurgisen klinikan johtoon 45 vuodeksi. Siellä Kocherista tuli vuonna 1876 ensimmäinen kirurgi, joka valmisti kilpirauhasen stroitren hoidossa. Vuonna 1883 hän ilmoitti löytäneensä tyypillisen kretinoidikuvion potilailla kilpirauhasen täydellisen poiston jälkeen; kun osa rauhasesta jätettiin ehjäksi, patologisesta kuviosta oli kuitenkin vain ohimeneviä merkkejä. Vuoteen 1912 mennessä hän oli tehnyt 5000 kilpirauhasleikkausta ja vähentänyt kuolleisuutta näissä leikkauksissa 18 prosentista alle 0,5 prosenttiin. Hänen muita kirurgisia osuuksiaan ovat muun muassa menetelmä olkapään sijoiltaan sijoiltaanmenojen vähentämiseksi ja mahalaukun, keuhkojen, kielen ja aivohermojen operaatioiden parantamiseksi sekä tyrän hoitoon. Kirurgisessa käytännössä hän omaksui Joseph Listerin esittämät täydellisen aseptiikan periaatteet.

Kocher kehitti monia uusia kirurgisia tekniikoita, välineitä ja laitteita. Hänen nimeään kantavat pihdit ja viilto (sappirakkoleikkauksessa) ovat edelleen yleisessä käytössä.