Olusegun Obasanjo toimi Nigerian liittotasavallan presidenttinä vuodesta 1999 vuoteen 2007. Virkansa jätettyään hän valvoi Nigerian ensimmäistä siviilien suorittamaa vallan luovutusta demokraattisesti valitulta johtajalta toiselle. Presidentti Obasanjon hallinto puuttui korruptioon ensisijaisena painopistealueena perustamalla siihen erikoistuneita elimiä ja vahvistamalla olemassa olevia elimiä.

aluetasolla presidentti Obasanjolla on ollut keskeinen rooli Afrikan unionin elvyttämisessä ja uudelleensijoittamisessa Afrikan Vertaisarviointimekanismin (African Peer Review Mechanism, APRM) ja uuden Afrikan Kehittämiskumppanuuden (NEPAD) avulla. Hän on johdonmukaisesti tukenut alueellisen yhteistyön syventämistä ja laajentamista Länsi-Afrikan valtioiden talousyhteisön (ECOWAS) ja Co-prosperity Alliance Zonen kautta.

hän on toiminut eri aikoina 77 jäsenen ryhmän puheenjohtajana, Kansainyhteisön hallitusten päämiesten kokouksen puheenjohtajana, Afrikan valtioiden ja hallitusten päämiesten NEPAD-ohjelman toimeenpanokomitean puheenjohtajana ja toimii nykyään Afrikan Kehityspaneelissa, jonka tehtävänä on seurata ja edistää Afrikan kehitystä. Hän osallistui myös kansainvälisiin rauhanvälitystoimiin Namibiassa, Angolassa, Etelä-Afrikassa, Mosambikissa ja Burundissa. Vuonna 2008 YK: n pääsihteeri Ban Ki-moon nimitti presidentti Obasanjon Erityislähettilääkseen Suurilla järvillä.