jouduttuaan eristysselliin Thomasin vapauttaa lopulta Janson (lempinimeltään ”Rottamies”), joka on Wickedin (World in Catastrophe Killzone Experiment Department) apulaisjohtaja. Janson kertoo Gladereille (ryhmä A) ja ryhmä B: lle, että suurin osa heidän joukostaan on immuuneja Flarelle, mutta jotkut, joiden nimet hän lukee, eivät ole immuuneja, mukaan lukien Newt. Gladereille tarjotaan mahdollisuutta poistaa päässään olevat mielenhallintasirut ja palauttaa heidän muistonsa, mutta Thomasin kyvyn kustannuksella kommunikoida telepaattisesti Teresan ja Arisin kanssa. Vain Thomas, Minho ja Newt päättävät olla menemättä leikkaukseen, sillä he eivät luota WICKEDIIN, eikä Thomas halua tietää, kuka hän oli auttaessaan labyrintin luomisessa. Kaikki kolme pakenevat WICKEDISTÄ Brendan ja Jorgen avulla ennen kuin heidän sirunsa poistetaan.

Brenda ja Jorge paljastetaan työskentelevän WICKEDILLE. Thomas tuntee itsensä aluksi petetyksi, mutta Brenda suostuttelee hänet antamaan hänelle anteeksi. Pian tämän jälkeen Gladerit huomaavat, että kaikki muistinpalautuksen läpikäyneet hylkäsivät heidät. Newt antaa Thomasille lapun ja käskee tätä avaamaan sen ”kun aika on oikea.”Viisikko matkustaa Denveriin etsimään Hansia, entistä ilkeää tutkijaa, joka voi poistaa heidän mielenhallintasirunsa. Siellä mustaan pukuun pukeutunut mies ohjaa heidät osoitteeseen, jossa Gally odottaa heitä. Gally on liittynyt Kapinallisryhmään the Right Arm ja selittää, että WICKED vangitsee jokaisen löytämänsä immuunin valmistellakseen uutta koettelemusten kierrettä. Hän paljastaa myös, että rapistuvissa kaupungeissa elää monia, jotka kärsivät soihdusta, mutta käyttävät laitonta huumetta Bliss, joka hidastaa aivojen toimintaa ja auttaa lievittämään kipua, jota kammet tuntevat Leimahduksesta.

ryhmä löytää Hansin, joka poistaa Minhon kontrollisirun. WICKED kuitenkin käyttää Thomasin sirua pakottaakseen hänet vastustamaan toimenpidettä. Brenda, Jorge ja Minho täytyy pitää hänet aloillaan, jotta Hans suorittaa leikkauksen. Tämän jälkeen ryhmä vierailee kahvilassa, jossa vartija ottaa Thomasin kiinni ja myy hänet palkkionmetsästäjille, jotka vievät hänet Wickedin luokse. Janson puuttuu tilanteeseen holografisesti, lähettää poliisiauton pelastamaan Thomasin ja kertoo tälle, että tämän on palattava Wickedin luo ”pelastaakseen Newtin.”Thomas ystävineen saa tietää viestissä, että Newt on viety kammioihin. Minho suostuttelee heidät Denver Crank Palaceen pelastamaan Newtin, jossa he lahjovat vartijat päästäkseen sisään. Kun he kohtaavat lisko, hän vihaisesti käskee heitä lähtemään, ja muut kammet ajaa heidät pois. Tämän jälkeen Thomas muistaa Newtin viestin, lukee sen ja huomaa tämän anelleen Thomasia tappamaan hänet. Tuomas ei ole lukenut viestiä aiemmin.

palattuaan Denveriin Thomas näkee, että Newt on sortunut soihtuun. Thomas vastaa Newtin pyyntöihin ampumalla tätä päähän armon eleenä. Tämän jälkeen ryhmä saa selville, että Teresa ja muut Immunet on vangittu. Tyrmättyään vartijat he saavat selville, että vartijoita johti oikean käden johtaja Vince, joka selittää heidän soluttautuvan Wickedin päämajaan. Sisällä Thomas saa selville, kuinka Janson yritti yrityksellään ”pelastaa Newt” koota tietoja parannuskeinoa varten tutkimalla Thomasin aivojen fyysistä rakennetta, joka tappaisi hänet. Thomas joutuu aloittamaan hengenvaarallisen aivoleikkauksen, mutta onnistuu asentamaan laitteen, joka poistaa Wickedin aseet käytöstä, jolloin oikea käsi voi aloittaa rynnäkön laitokseen.

Thomas herää ja löytää Wickedin johtajan, kansleri Ava Paigen lähettämän viestin, joka selittää, että kokeista on jo riittävästi resursseja tehdä suunnitelma parannuskeinoa varten, joten hänen aivojaan ei sittenkään tarvita. Paige paljastaa oikean käden ”myymien” immuunien sijainnin päästäkseen käsiksi WICKEDIIN, ja hän antaa Ohjeet ”turvalliseen paikkaan”, johon Thomasin tulisi viedä heidät kaikki. Thomas ystävineen palaa labyrinttiin ja löytää vangitut immuunit. He saavat kuitenkin tietää, että oikea käsi aikoo miehityksen sijaan tuhota pahan päämajan. Räjähdykset rock sokkelo, ja putoavat roskat tappaa joitakin Immunes, jotka ovat sisällä. Hälinän laukaisemana valittajat tulevat ulos varastosta, mutta Teresa näyttää Thomasille, miten heidät saadaan sammutettua. Thomas löytää takaoven, joka osoittautuu litteäksi Transiksi. He alkavat paimentaa immuuneja lapsia litteiden Transien läpi, mutta ennen kuin Thomas ystävineen ehtii paeta, Janson ja turvamiehet saartavat heidät. He aloittavat tappelun, joka päättyy, kun Thomas kuristaa Jansonin kuoliaaksi. Teresa kuitenkin myös kuolee putoaviin romuihin yrittäessään pelastaa Thomasin hengen. Pakenevat rakennuksesta, Immunes paeta Tasainen Trans, joka johtaa vehreään paratiisiin.

epilogin kertojana toimii Paige. Hän paljastaa, että katastrofaalisten auringonpurkausten jälkeen Roihu luotiin tarkoituksella ja vapautettiin hallituksen toimesta eräänlaisena väestönhallintana. Hallitus ja jumalattomat huomasivat kuitenkin olevansa kykenemättömiä hallitsemaan ruttoa. Paige tajusi, etteivät he koskaan pystyisi löytämään parannuskeinoa soihtuun ja että Wickedin yritykset olivat turhia. Hän tajusi, että ainoa toivo estää ihmiskunnan tuhoutuminen on, että immuunit perustavat oman yhteiskunnan, pois muusta maailmasta. Hän laati suunnitelman Brendan ja Jorgen kanssa lähettääkseen heidät turvalliseen paikkaan, jossa he voisivat palauttaa ihmisten sivilisaation, ja niin hän totesi, ”WICKED is good.”