Articles

Lokeromallit epidemiologiassa

SIR-malli on yksi yksinkertaisimmista lokeromalleista, ja monet mallit ovat tämän perusmuodon johdannaisia. Malli koostuu kolmesta osastosta: –

s: alttiiden yksilöiden lukumäärä. Kun herkkä ja tarttuva yksilö joutuvat ”tarttuvaan kosketukseen”, altis yksilö saa taudin ja siirtyy tarttuvaan osastoon. I: tartunnan saaneiden henkilöiden lukumäärä. Nämä ovat henkilöitä, jotka ovat saaneet tartunnan ja pystyvät tartuttamaan alttiita yksilöitä. R poistettujen (ja immuunien) tai kuolleiden henkilöiden lukumäärä. Nämä ovat henkilöitä, jotka ovat saaneet tartunnan ja ovat joko toipuneet taudista ja menneet poistettuun osastoon tai kuolleet. Kuolonuhrien määrän oletetaan olevan mitätön suhteessa koko väestöön. Tätä osastoa voidaan kutsua myös” talteenotetuksi ”tai”resistentiksi”.

tämä malli on kohtuullisen ennustettava tartuntataudeille, jotka tarttuvat ihmisestä toiseen ja joissa toipuminen antaa pysyvän vastustuskyvyn, kuten tuhkarokolle, sikotaudille ja vihurirokolle.

spatiaalinen SIR-mallisimulaatio. Jokainen solu voi tartuttaa kahdeksan lähinaapuriaan.

nämä muuttujat (S, I ja R) kuvaavat kussakin lokerossa tiettynä ajankohtana olevien henkilöiden lukumäärää. Osoittaaksemme, että alttiiden, tarttuvien ja poistettujen yksilöiden määrä voi vaihdella ajan mittaan (vaikka kokonaispopulaation koko pysyy vakiona), teemme tarkoista luvuista funktion t (aika): S(t), I(t) ja R(T). Tietyn populaation tietyn taudin osalta nämä toiminnot voidaan toteuttaa mahdollisten taudinpurkausten ennakoimiseksi ja niiden hillitsemiseksi.

T: n muuttuvafunktio antaa ymmärtää, että malli on dynaaminen siinä mielessä, että kunkin lokeron numerot voivat vaihdella ajan myötä. Tämän dynaamisen näkökulman merkitys on selvin endeemisessä taudissa, jolla on lyhyt tartuntakausi, kuten tuhkarokossa Yhdistyneessä kuningaskunnassa ennen rokotteen käyttöönottoa vuonna 1968. Tällaisia tauteja esiintyy yleensä taudinpurkaussykleissä, koska susceptiblien määrä vaihtelee ajan myötä. Epidemian aikana alttiiden yksilöiden määrä vähenee nopeasti, kun useampi heistä saa tartunnan ja pääsee sitä kautta tarttuviin ja poistettuihin osastoihin. Tauti ei voi puhjeta uudelleen, ennen kuin susceptibles on kertynyt takaisin, esimerkiksi seurauksena jälkeläisiä on syntynyt alttiiseen lokeroon.

Keltainen=altis, Maroon=tarttuva, Teal=toipunut

jokainen populaation jäsen etenee tyypillisesti tartunnalle alttiista toipuvaan. Tämä voidaan esittää vuokaaviona, jossa laatikot edustavat eri osastoja ja nuolet osastojen välistä siirtymää, eli

toteaa SIR epidemic-mallissa ja yksilöiden siirtymänopeudet niiden välillä

h3> siirtymänopeudet

mallin täsmentämiseksi nuoliin tulee merkitä osastojen väliset siirtymänopeudet. S: n ja I: n välillä siirtymänopeudeksi oletetaan d(S/N)/DT = -ßSI/N2, jossa N on kokonaisväestö, β on keskimääräinen kontaktimäärä henkilöä kohti kerrottuna taudin tarttumisen todennäköisyydellä alttiiden ja tarttuvien henkilöiden välisessä kontaktissa, ja SI/N2 on se osuus tartunnalle alttiiden ja alttiiden henkilöiden välisistä kontakteista, jotka johtavat tartunnalle alttiiden henkilöiden tartuntaan. (Tämä on matemaattisesti samanlainen kuin massan toiminnan laki kemiassa, jossa satunnaiset törmäykset molekyylien välillä johtavat kemialliseen reaktioon ja jakonopeus on verrannollinen kahden reaktantin konsentraatioon).

i: n ja R: n välillä siirtymänopeuden oletetaan olevan verrannollinen tarttuvien yksilöiden lukumäärään, joka on yI. Tämä on sama kuin olettaisi, että todennäköisyys tarttuvan yksilön toipumiseen millä tahansa aikavälillä dt on yksinkertaisesti ydt. Jos henkilö on infektoitunut keskimäärin ajan d, niin γ = 1 / D. Tämä vastaa myös oletusta, että yksilön infektiotilassa viettämä aika on satunnaismuuttuja, jonka jakauma on eksponentiaalinen. ”Klassista” SIR-mallia voidaan muokata käyttämällä monimutkaisempia ja realistisempia jakaumia I-R-siirtymänopeudelle (esimerkiksi Erlang-jakauma).

erikoistapauksessa, jossa infektiolokerosta ei poistuta (γ=0), Sir-malli pelkistyy hyvin yksinkertaiseksi si-malliksi, jossa on logistinen ratkaisu, jossa jokainen yksilö lopulta saa tartunnan.

Sir-malli ilman vitaalidynamiikkaa

Sir-epidemian yksittäinen toteutuminen tuotettuna Gillespien algoritmin toteutuksella ja tavallisen differentiaaliyhtälöjärjestelmän numeerisella ratkaisulla (dashed).

epidemian, esimerkiksi flunssan, dynamiikka on usein paljon nopeampaa kuin syntymän ja kuoleman dynamiikka, joten syntymä ja kuolema jätetään usein pois yksinkertaisissa lokeromalleissa. Yllä kuvattu SIR-järjestelmä ilman niin sanottua vitaalidynamiikkaa (syntymä ja kuolema, jota joskus kutsutaan demografiaksi) voidaan ilmaista seuraavilla tavallisilla differentiaaliyhtälöillä:

d S d T = − β I S N , D I d t = β I S n − γ I , D R D T = γ I , {\displaystyle {\begin{aligned}&{\frac {DS}{dt}}=-{\frac {\beta IS}{n}},\\&{\frac {di}{DT}}={\frac {\beta IS}{n}}-\Gamma i,\\&{\frac {Dr}{DT}}=\Gamma I,\end{aligned}}}

{\displaystyle {\begin{aligned}&{\frac {DS}{DT}}=-{\frac {\beta IS}{n}},\\&{\frac {di}{DT}}={\frac {\beta IS}{n}}-\Gamma i,\\&{\frac {Dr}{DT}}=\Gamma I,\end{aligned}}}

missä s {\displaystyle S}

s

on alttiiden populaatioiden kanta, I {\displaystyle I}

i

on tartunnan saaneiden kanta, R {\displaystyle R}

R

on poistettu populaatio (joko kuoleman tai elpymisen kautta), ja n {\displaystyle N}

n

on näiden kolmen summa.

tätä mallia ehdottivat ensimmäistä kertaa William Ogilvy Kermack ja Anderson Gray McKendrick erikoistapauksena siitä, mitä nyt kutsumme Kermack–McKendrick-teoriaksi, ja se seurasi mckendrickin Ronald Rossin kanssa tekemää työtä.

tämä systeemi on epälineaarinen, mutta sen analyyttinen ratkaisu on mahdollista johtaa implisiittisessä muodossa. Huomaa, että

D S D t + D I d t + d R D T = 0, {\displaystyle {\frac {dS}{dt}}+{\frac {dI}{DT}}+{\frac {dR}{DT}}=0,}

{\displaystyle {\frac {dS}{dt}}+{\frac {dI}{DT}}}+{\frac {Dr} {DT}}=0,}

tästä seuraa, että:

S ( t ) + I ( t ) + R ( T ) = vakio = N , {\displaystyle S(t)+I(t)+R(T)={\text{constant}}=n,}

{\displaystyle S(t)+I(t)+R(T)={\text{constant}}=n,}

lausutaan matemaattisesti populaation n {\displaystyle N}

n

. Huomaa, että edellä suhde merkitsee, että yksi tarvitsee vain tutkia yhtälö kaksi kolmesta muuttujasta.

toiseksi toteamme, että infektiivisen luokan dynamiikka riippuu seuraavasta suhdeluvusta:

R 0 = β γ , {\displaystyle R_{0}={\frac {\beta }{\gamma }},}

{\displaystyle R_{0}={\frac {\beta }{\gamma}},}

niin sanottu perusedistymisluku (jota kutsutaan myös perusedistyssuhteeksi). Tämä suhdeluku johdetaan uusien infektioiden oletettuna lukumääränä (näitä uusia infektioita kutsutaan joskus sekundaarisiksi infektioiksi) yhdestä infektiosta populaatiossa, jossa kaikki tutkittavat ovat herkkiä. Tämä ajatus voidaan luultavasti nähdä helpommin , jos sanomme, että tyypillinen aika kontaktien välillä on T C = β − 1 {\displaystyle T_{C}=\beta ^{-1}}

{\displaystyle T_{C}=\beta ^{-1}}

, ja tyypillinen aika poistoon on T r = γ − 1 {\displaystyle T_{r}=\Gamma ^{-1}}

{\displaystyle t_{r}=\Gamma ^{-1}}

. Tästä seuraa, että tartunnan saaneen henkilön kontaktien määrä muihin ihmisiin ennen kuin tartunta on poistettu, on keskimäärin: T r / T c . {\displaystyle T_{r} / T_{C}.}

{\displaystyle T_{r} / T_{C}.}

jakamalla ensimmäinen differentiaaliyhtälö kolmannella, erottamalla muuttujat ja integroimalla saadaan

S ( t ) = S ( 0 ) e − R 0 ( R ( t ) − R ( 0 ) ) / n , {\displaystyle S(t)=S(0)e^{-R_{0}(R(t)-R(0))/n},}

missä S ( 0 ) {\displaystyle S(0)}

{\displaystyle S(0)}

ja R ( 0 ) {\displaystyle R(0)}

R(0)

ovat vastaavasti alttiiden ja poistettujen henkilöiden alkuluvut. Kirjoitetaan S 0 = S ( 0 ) / N {\displaystyle s_{0}=S(0)/n}

{\displaystyle s_{0}=S(0)/n}alttiiden yksilöiden alkuperäisen osuuden osalta ja S ∞ = S ( ∞ )/n {\displaystyle s_{\infty }=s(\infty) / n}

{\displaystyle S_{\infty }=s(\infty) /n}

and r ∞ = r ( ∞ )/n {\displaystyle R_{\infty }=R(\infty) / n}

{\displaystyle r_{\infty }=R(\infty) /n}

alttiiden ja poistettujen yksilöiden osuudelle raja-arvolla T→∞, {\displaystyle T\to \infty,}

{\displaystyle t\to \infty ,}

yhdellä on s ∞ = 1 − R ∞ = S 0 E − R 0 ( r ∞ − r 0 ) {\displaystyle s_{\infty }=1-r_{\infty }=s_{0}e^{-R_{0}(r_{\infty }-r_{0})}

{\displaystyle s_{\infty} =1-r_{\infty} =s_{0} e^{-r_{0} (R_{\infty}- R_{0})}}

(huomaa, että tartuntaosasto tyhjenee tässä rajassa).Tämän transkendenttiyhtälön ratkaisuna on Lambertin w-funktio, nimittäin

S ∞ = 1 − r ∞ = − R 0 − 1 W ( − S 0 R 0 e − R 0 ( 1 − r 0 ) ) . {\displaystyle s_{\infty }=1-r_{\infty} =-R_{0}^{-1}\,W (- s_{0}r_{0}e^{- R_{0}(1-r_{0})}).}

{\displaystyle s_{\infty }=1-r_{\infty }=-R_{0}^{-1}\,W(-s_{0}r_{0}e^{-R_{0}(1-r_{0})}).}

Tämä osoittaa, että SIR-mallin yksinkertaisten oletusten mukaisen epidemian lopussa , ellei s 0 = 0 {\displaystyle s_{0}=0}

s_{0}=0

, kaikkia populaation yksilöitä ei ole poistettu, joten joidenkin on pysyttävä alttiina. Epidemian loppumiseen johtava voima on tarttuvien yksilöiden määrän väheneminen. Epidemia ei tyypillisesti lopu, koska taudille alttiit yksilöt puuttuvat kokonaan.

sekä perusluvun että alkuherkkyyden merkitys on erittäin tärkeä. Itse asiassa kirjoitettaessa yhtälö tarttuvien yksilöiden seuraavasti:

d I d T = ( R 0 S N − 1 ) γ I , {\displaystyle {\frac {dI}{DT}}=\left(R_{0}{\frac {S}{N}}-1\right)\gamma I,}

{\displaystyle {\frac {dI}{DT}}=\left(R_{0}{\frac {S}{N}}-1\right)\Gamma I,}

se tuottaa, että jos:

r 0 ⋅ S ( 0)>n, {\displaystyle r_{0}\cdot s(0)>{\displaystyle r_{0}\cdot s(0)n,}

silloin:

d I d t ( 0 ) > 0 , {\displaystyle {\frac {dI}{DT}}(0)>0,}

{\frac {dI}{DT}}(0)0,

ts., siellä on oikea epidemia puhkeaminen ja määrän kasvu tarttuvien (joka voi tavoittaa huomattavan osan väestöstä). Päinvastoin, jos

R 0 ⋅ S ( 0 ) < N , {\displaystyle R_{0}\cdot s(0)<n,}

{\displaystyle R_{0}\cdot s(0)N,}

then

d i d T ( 0 ) < 0 , {\displaystyle {\frac {di}{DT}}(0)<0,}

{\frac {di}{DT}}(0)0,

ts.taudille alttiiden populaatioiden alkuperäisestä koosta riippumatta tauti ei voi koskaan aiheuttaa varsinaista epidemian puhkeamista. Tämän vuoksi on selvää, että sekä perusluku että alkuherkkyys ovat erittäin tärkeitä.

infektiovoima

huomaa, että yllä olevassa mallissa funktio:

F = β I, {\displaystyle F=\beta I,}

{\displaystyle F=\beta I,}

mallintaa siirtymänopeutta alttiiden yksilöiden osastosta tarttuvien yksilöiden osastoon, niin että sitä kutsutaan voimaksi infektio. Suurten tartuntatautiluokkien kohdalla on kuitenkin realistisempaa tarkastella tartuntavoimaa, joka ei riipu tarttuvien henkilöiden absoluuttisesta lukumäärästä, vaan niiden fraktiosta (suhteessa vakiopopulaation n {\displaystyle N}

n

): F = β I n . {\displaystyle F=\beta {\frac {I}{n}}.}

F = \beta {\frac {I}{n}}.

Capasso ja sen jälkeen muut kirjoittajat ovat ehdottaneet epälineaarisia tartuntavoimia, jotka mallintaisivat tartuntaprosessia realistisemmin.

Sir-mallin Eksaktit analyyttiset liuokset

vuonna 2014 Harko ja kanssahenkilöt johdattivat Sir-malliin tarkan niin sanotun analyyttisen liuoksen (jossa on integraali, joka voidaan laskea vain numeerisesti). Tapauksessa, jossa ei ole vitaalidynamiikkaa, for S ( u ) = S(t ) {\displaystyle {\mathcal {s}} (u)=s(t)}

{\displaystyle {\mathcal {s}} (u)=s (t)}jne., vastaa seuraavaa ajan parametrisointia S ( u ) = S ( 0 ) u {\displaystyle {\mathcal {s}}(u)=S(0)u}

{\displaystyle {\mathcal {s}}(u)=S(0)u}I ( u ) = N − R ( u ) − S ( u ) {\displaystyle {\mathcal {i}}(u)=n-{\mathcal {r}}(u)-{\mathcal {s}}(u)}

{\displaystyle {\mathcal {i}}(u)=n-{\mathcal {r}}(u)}

r(u) = r ( 0)-ρ Ln ⁡ (U) {\displaystyle {\mathcal {r}} (u)=r(0) − \Rho\Ln(u)}

{\displaystyle {\mathcal {r}} (u)=r(0)-\Rho\Ln(u)}

for

t = n β ∫ u 1 d u ∗ u ∗ I ( u ∗ ) , ρ = γ n β , {\displaystyle t={\frac {N}{\beta }}\int _{u}^{1}{\frac {du^{*}}{u^{*}{\mathcal {i}}(u^{*})}},\quad \rho ={\frac {\gamma N}{\beta }},}

{\displaystyle T={\frac {n}{\beta }}\int _{U}^{1}{\frac {du^{*}}{u^{*}{\mathcal {i}}(u^{*})}},\quad \Rho ={\frac {\Gamma n}{\beta }},}

alkuehdoilla

( S ( 1 ) , I ( 1 ) , R ( 1 ) ) = ( S ( 0 ) , n − r ( 0 ) − S ( 0 ) , R ( 0 ) ) , u t < U < 1 , {\displaystyle ({\mathcal {s}}(1),{\mathcal {I}}(1),{\mathcal {R}}(1))=(S(0),N-R(0)-S(0),R(0)),\quad u_{T}<u<1,}

{\displaystyle ({\mathcal {S}}(1),{\mathcal {I}}(1),{\mathcal {R}}(1))=(S(0),N-R(0)-S(0),R(0)),\quad u_{T}u1,}

where u T {\displaystyle u_{T}}

{\displaystyle u_{T}}

satisfies I ( u T ) = 0 {\displaystyle {\mathcal {I}}(u_{T})=0}

{\displaystyle {\mathcal {I}}(u_{T})=0}

. Edellä olevasta R ∞ {\displaystyle R_{\infty }}

R_{{\infty }}

, seuraa , että u T = e − ( R ∞ − R ( 0 ) ) / ρ ( = S ∞ / S ( 0 ) {\displaystyle u_{t}=e^{-(R_{\infty }-R(0))/\Rho }(=s_{\infty }/S(0)}

{\displaystyle u_{t}=e^{-(r_{\infty }-R(0))/\Rho }(=s_{\infty }/S(0)}

, jos S ( 0 ) ≠ 0 ) {\displaystyle S(0)\neq 0)}

{\displaystyle S(0)\neq 0)}

and I ∞ = 0 {\displaystyle i_{\infty }=0}

{\displaystyle i_{\infty } = 0}

.

Millerin tuottaman

S (t) = S ( 0) E-π ( t ) I ( t) = N − S ( t) − R ( T) R ( T) = R ( 0) + ρ ( T) π ( T) = β n ∫ 0 t i ( t∗) d T ∗ {\displaystyle {\begin{aligned}s ( t)&=s(0) e^{−\xi(t)}\\i (t)&=N-S(T)-R(T)\\R(t)&=R(0)+\Rho \XI(t)\\\XI (t)&={\frac {\beta }{n}}\int _{0}^{t}i (t^{*})\, DT^{*}\end{aligned}}}

{\displaystyle {\begin{aligned}S(t)=S(0)e^{-\xi (t)}\\I(t)=n-S(t)-R(t)\\R(T)=R(0)+\rho \xi (t)\\xi (t)={\frac {\beta }{n}} \int _{0}^{t}I(t^{*})\, dt^{*}\end{aligned}}}

tässä π ( T) {\displaystyle\XI (t)}

\XI (t)

voidaan tulkita yksilön vastaanottamien lähetysten odotetuksi määräksi ajan T {\displaystyle T}

t

. Nämä kaksi ratkaisua liittyvät toisiinsa kaavalla E-δ (t)=u {\displaystyle e^{-\xi (t)}=u}

{\displaystyle e^{-\xi (t)} = u}

.

käytännössä sama tulos löytyy Kermackin ja Mckendrickin alkuperäisteoksesta.

nämä ratkaisut voidaan helposti ymmärtää huomioimalla, että kaikki alkuperäisten differentiaaliyhtälöiden oikeanpuoleiset termit ovat verrannollisia I {\displaystyle i}

I

. Yhtälöt voidaan siis jakaa I {\displaystyle I}

I

, ja aika uudelleen siten , että vasemmalla puolella olevasta differentiaalioperaattorista tulee yksinkertaisesti D / D τ {\displaystyle d/d\tau }

{\displaystyle d/d\tau }

, jossa d τ = I d T {\displaystyle d\tau =IDT}

{\displaystyle d\Tau =IDT}

, ts .τ = ∫ I d T {\displaystyle \Tau =\int IDT}

{\displaystyle \Tau =\int IDT}

. Differentiaaliyhtälöt ovat nyt kaikki lineaarisia ja kolmas yhtälö muotoa d R/d τ = {\displaystyle dR/D\tau =}

{\displaystyle dR/D\tau=}

const., osoittaa, että τ {\displaystyle \tau }

\tau

ja R {\displaystyle R}

r

(ja π {\displaystyle \xi }

\xi

edellä) liittyvät yksinkertaisesti lineaarisesti toisiinsa.

Sir-mallin erittäin tarkan analyyttisen approksimantin toimittivat Kröger ja Schlickeiser, joten ei tarvitse suorittaa numeerista integraatiota SIR-mallin ratkaisemiseksi, sen parametrien saamiseksi olemassa olevasta datasta tai SIR-mallin mallittaman epidemian tulevan dynamiikan ennustamiseksi. Approksimanttiin kuuluu Lambert W-funktio, joka on osa kaikkia perusdatan visualisointiohjelmistoja, kuten Microsoft Excel, MATLAB ja Mathematica.

Sir-malli , jossa on vitaalidynamiikka ja jatkuva väestömäärä

pitää populaatiota, jolle on ominaista kuolleisuus μ {\displaystyle \mu }

\mu

ja syntyvyys Λ {\displaystyle \Lambda }

\Lambda

, ja jos tartuntatauti leviää. Massatoimisella vaihteistolla varustettu malli on: d S d T = Λ − μ S − β I S n D I d t = β I S n − γ I − μ I D R D T = γ I − μ R {\displaystyle {\begin{aligned}{\frac {DS}{dt}}&=\Lambda -\mu S-{\frac {\beta IS}{n}}\\{\frac {dI}{DT}}&={\frac {\beta IS}{n}}-\Gamma i-\mu I\\{\frac {Dr}{DT}}&=\Gamma i-\mu R\end{aligned}}}

{\displaystyle {\begin{aligned}{\frac {DS}{DT}}=\Lambda -\MU S-{\frac {\beta IS}{n}}\\{\frac {di}{DT}}={\frac {\beta IS}{n}}-\Gamma i-\mu I\\{\frac {Dr}{DT}}=\Gamma i-\mu R\end{aligned}}}

jossa taudista vapaa tasapaino (DFE) on:

( S ( t ) , I ( t ) , R ( t ) ) = ( Λ μ , 0 , 0 ) . {\displaystyle \left (S (t),I(t), R(t)\right)=\left({\frac {\Lambda }{\Mu}}, 0, 0\right).}

\left(S(t),I(t),R(t)\right)=\left({\frac {\Lambda }{\mu }},0,0\right).

tällöin voidaan johtaa perusluku:

R 0 = β μ + γ, {\displaystyle R_{0}={\frac {\beta }{\mu +\gamma}},}

{\displaystyle R_{0}={\frac {\beta }{\mu +\gamma}},}

jolla on kynnysominaisuuksia. Itse asiassa riippumatta biologisesti merkityksellisiä alkuarvoja, voidaan osoittaa, että:

R 0 ≤ 1 ⇒ lim T → ∞ ( S ( t ) , I ( t ) , R ( T ) ) = DFE = ( Λ μ , 0 , 0 ) {\displaystyle R_{0}\leq 1\Rightarrow \lim _{t\to \infty }(S(t),I(t),R(T)))={\textrm {DFE}}=\left({\frac {\Lambda }{\Mu }},0,0\right)}

{\displaystyle r_{0}\leq 1\rightarrow \lim _{t\to \infty }(s(t), i(t), r(t))={\textrm {DFE}}=\left({\frac {\Lambda }{\Mu }},0,0\right)}

R 0 > 1 , I ( 0) > 0 ⇒ Lim T → ∞ ( S ( t), i ( t), r ( t)) = ee = ( γ + μ β , μ β ( r 0 − 1), γ β ( r 0 − 1)). {\displaystyle R_{0}>1,I(0)>0\Rightarrow \lim _{t\to \infty }(S(t),I(t),R(T))={\textrm {EE}}=\left({\frac {\gamma +\mu }{\beta }},{\frac {\mu }{\beta }}\Left(R_{0}-1\right),{\frac {\gamma }{\beta }}\left(R_{0}-1\right)\right).}

{\displaystyle R_{0}1,I(0)0\Rightarrow \lim _{t\to \infty }(S(t),I(t),R(T))={\textrm {EE}}=\left({\frac {\gamma +\mu }{\beta }},{\frac {\mu }{\beta }}\left(R_{0}-1\right),{\frac {\gamma }{\beta }}\left(R_{0}-1\right)\right).}

pistettä EE kutsutaan Endeemiseksi Tasapainotilaksi (tauti ei ole täysin hävitetty ja pysyy populaatiossa). Heuristisilla argumenteilla voidaan osoittaa, että R 0 {\displaystyle R_{0}}

R_{0}

voidaan lukea yhden tarttuvan koehenkilön aiheuttamien infektioiden keskimääräiseksi lukumääräksi täysin alttiissa populaatiossa, edellä mainittu suhde biologisesti tarkoittaa, että jos tämä luku on pienempi tai yhtä suuri kuin yksi tauti kuolee sukupuuttoon, kun taas Jos tämä luku on suurempi kuin yksi, tauti jää pysyvästi endeemiseksi populaatiossa.

The SIR modelEdit

Diagram of the SIR model with initial values S ( 0 ) = 997 , I ( 0 ) = 3 , R ( 0 ) = 0 {\textstyle S(0)=997,I(0)=3,R(0)=0}

{\textstyle S(0)=997,I(0)=3,R(0)=0}

, and rates for infection β = 0.4 {\textstyle \beta =0.4}

{\textstyle \beta =0.4}

and for recovery γ = 0.04 {\textstyle \gamma =0.04}

{\textstyle \gamma =0.04}

Sir-mallin animaatio alkuarvoilla S ( 0 ) = 997 , I ( 0 ) = 3 , R ( 0 ) = 0 {\textstyle S(0)=997,I(0)=3,R(0)=0}

{\textstyle s(0)=997,I(0)=3,R(0)=0}

ja saantonopeus γ = 0 , 04 {\textstyle \Gamma =0, 04}

{\textstyle \Gamma =0, 04}

. Animaatio näyttää, miten infektion määrä vähenee β = 0, 5 {\textstyle \beta = 0, 5}

{\textstyle \beta =0.5}

β = 0, 12 {\textstyle \beta =0, 12}

{\textstyle \beta =0, 12}. Jos lääkettä tai rokotusta ei ole saatavilla, on mahdollista vähentää tartuntojen määrää (jota usein kutsutaan ”käyrän madaltamiseksi”) vain asianmukaisilla toimenpiteillä, kuten sosiaalisella etääntymisellä.

vuonna 1927 W. O. Kermack ja A. G. McKendrick loivat mallin, jossa he pitivät kiinteää populaatiota, jossa oli vain kolme lokeroa: herkkä, S ( t ) {\displaystyle S(t)}

s (t)

; tartunnan saanut, I (t) {\displaystyle I(t)}

I(t)

; ja toipunut, R ( t) {\displaystyle R(t)}

R(t)

. Tässä mallissa käytetyt lokerot koostuvat kolmesta luokasta:

  • S(t ) {\displaystyle S(t)}
    s (t)

    käytetään edustamaan henkilöitä, jotka eivät vielä sairastuneet tautiin ajankohtana t, tai niitä, jotka ovat alttiita väestön taudille.

  • i ( T ) {\displaystyle I(t)}
    I(t)

    tarkoittaa niitä populaation yksilöitä, jotka ovat sairastuneet tautiin ja kykenevät levittämään taudin taudille alttiiseen luokkaan kuuluviin.

  • R ( t ) {\displaystyle R(t)}
    R(t)

    on lokero, jota käytetään populaation yksilöille, jotka ovat saaneet tartunnan ja sitten poistuneet taudista joko rokotuksen tai kuoleman vuoksi. Tähän luokkaan kuuluvat eivät voi saada tartuntaa uudelleen tai levittää tartuntaa muihin.

tämän mallin virtausta voidaan pitää seuraavasti:

S → I → R {\displaystyle {\color {blue}{{\mathcal {s}}\rightarrow {\mathcal {I}}\rightarrow {\mathcal {R}}}}

käyttäen kiinteää perusjoukkoa, N=S ( t ) + i ( T ) + R ( T) {\displaystyle N = S(t)+i(t)+r(t)}

n=s(t)+i(t)+r(t)kolmessa funktiossa ratkaisee, että arvo n {\displaystyle N}

n

pitäisi pysyä vakiona simulaatiossa, jos sir-mallin ratkaisemiseen käytetään simulaatiota. Vaihtoehtoisesti analyyttistä approksimanttia voidaan käyttää suorittamatta simulaatiota. Malli aloitetaan arvoilla S ( t = 0 ) {\displaystyle S(t=0)}

{\displaystyle S(T=0)}

, I ( T = 0 ) {\displaystyle I(T=0)}

{\displaystyle I(T=0)}

ja R ( T = 0 ) {\displaystyle R(T=0)}

{\displaystyle R(T=0)}

. Nämä ovat ihmisten määrä alttiissa, tartunnan saaneiden ja poistettujen luokkiin kerralla on nolla. Jos SIR-mallin oletetaan kestävän koko ajan, nämä lähtöolosuhteet eivät ole riippumattomia. Tämän jälkeen virtausmalli päivittää jokaisen aikapisteen kolme muuttujaa, joiden arvot ovat β {\displaystyle \beta }

\beta

ja γ {\displaystyle \gamma }

\gamma

. Simulaatio päivittää ensin tartunnan saaneen tartunnalle alttiista ja sitten poistettu Luokka päivitetään tartunnan saaneesta luokasta seuraavaan aikapisteeseen (t=1). Tämä kuvaa kolmen kategorian välisiä virtahenkilöitä. Epidemian aikana herkkä luokka ei siirry tällä mallilla, β {\displaystyle \beta }

\beta

muuttuu epidemian aikana, samoin γ {\displaystyle \gamma }

\gamma

. Nämä muuttujat määrittävät epidemian pituuden, ja niitä olisi päivitettävä jokaisen jakson aikana. d S d T = − β S I n {\displaystyle {\frac {DS}{DT}}=-{\frac {\beta SI}{N}}}

{\frac {DS}{DT}}=-{\frac {\beta SI}{n}}

d I d t = β S I n − γ I {\displaystyle {\frac {dI}{DT}}={\frac {\beta si}{n}}-\Gamma I}

{\frac {di}{DT}}={\frac {\beta si}{n}}-\Gamma i

D R D T = γ i {\displaystyle {\frac {Dr}{DT}}=\Gamma i}

{\frac {Dr}{DT}}=\Gamma i

näiden yhtälöiden muotoilussa tehtiin useita oletuksia: Ensinnäkin populaation yksilöllä on katsottava olevan yhtä suuri todennäköisyys kuin kaikilla muillakin yksilöillä sairastua tautiin, jonka yleisyys on a {\displaystyle A}

a

ja yhtä suuri B {\displaystyle b}

b

kanssa aikayksikköä kohti. Olkoon sitten β {\displaystyle \beta }

\beta

A {\displaystyle a}

a

ja b {\displaystyle b}

b

. Tämä on lähetyksen todennäköisyys kertaa kosketusnopeus. Lisäksi tartunnan saanut henkilö joutuu kosketuksiin B {\displaystyle b}

b

henkilöt aikayksikköä kohti, kun taas vain murto-osa, S N {\displaystyle {\frac {S}{N}}}

{\displaystyle {\frac {S}{N}}}

niistä ovat alttiita.Näin ollen meillä on jokainen infektoiva voi infektoida B S = β s {\displaystyle abS=\beta s}

{\displaystyle abS=\beta s}

alttiit henkilöt, ja siksi infektoivien infektoivien potilaiden koko lukumäärä aikayksikköä kohti on β S I {\displaystyle \beta SI}

{\displaystyle \beta si}

. Toisen ja kolmannen yhtälön osalta pidetään alttiista luokasta lähtevää populaatiota yhtä suurena kuin tartunnan saaneeseen luokkaan saapuvaa joukkoa. Kuitenkin luku, joka on yhtä suuri kuin fraktio γ {\displaystyle \gamma }

\gamma

(joka edustaa keskimääräistä saantoa/kuolleisuutta, tai 1 / γ {\displaystyle 1/\gamma }

1/\gamma

keskimääräinen infektiivinen jakso), infektoivista potilaista poistuu tästä ryhmästä per yksikön aika siirtyä poistettuun luokkaan. Näitä samanaikaisesti tapahtuvia prosesseja kutsutaan Joukkotoiminnan laiksi, joka on yleisesti hyväksytty ajatus siitä, että kahden ryhmän välinen kontaktinopeus populaatiossa on verrannollinen kunkin ryhmän kokoon. Lopuksi oletetaan, että tartuntojen määrä ja toipuminen on paljon nopeampaa kuin syntyneiden ja kuolleiden määrä, ja siksi nämä tekijät jätetään huomiotta tässä mallissa.

vakaan tilan solutionsEdit

herkkyyden odotettu kesto on e ⁡ {\displaystyle \operatorname {E} }

{\displaystyle \operatorname {E} }

missä T L {\displaystyle T_{l}}

t_{l}

heijastaa elinaikaa (elinajanodote) ja T s {\displaystyle T_{s}}

T_{s}

heijastaa aikaa alttiissa tilassa ennen tartunnan saamista, mikä voidaan yksinkertaistaa: E ⁡ = ∫ 0 ∞ e − ( μ + δ ) x D x = 1 μ + δ , {\displaystyle \operatorname {E} =\int _{0}^{\infty }e^{-(\Mu +\delta )x}\,dx={\frac {1}{\mu +\delta }},}

{\displaystyle \operatorname {e} =\int _{0}^{\infty }e^{-(\Mu +\Delta )x}\,dx={\frac {1}{\Mu +\Delta }},}

siten, että alttiiden henkilöiden lukumäärä on alttiiseen osastoon saapuva luku μ n {\displaystyle \MU n}

{\displaystyle \MU n}

kertaa herkkyyden keston: S = μ n μ + λ . {\displaystyle S={\frac {\mu N}{\mu +\lambda }}.}

{\displaystyle S={\frac {\mu N}{\mu +\lambda }}.}

vastaavasti vakiotilassa tartunnan saaneiden määrä on tartunnalle alttiista tilasta saapuva määrä (alttiiden määrä, tartuntojen määrä λ = β I N, {\displaystyle \lambda ={\tfrac {\beta I}{N}},}

{\displaystyle \lambda ={\tfrac {\beta I}{N}},}

kertaa tarttuvuuden keston 1 μ + V {\displaystyle {\tfrac {1}{\mU +V}}}

{\displaystyle {\tfrac {1}{\mU +V}}}

: i = μ n μ + λ 1 μ + v . {\displaystyle I={\frac {\mu n} {\mu +\lambda }}\lambda {\frac {1}{\mu + v}}.}

{\displaystyle I={\frac {\mu n}{\mu +\lambda }}\lambda {\frac {1}{\mu +v}}.}

muut lokeromallit edit

SIR-malliin on tehty monia muutoksia, mukaan lukien syntymät ja kuolemat, jos toipumisen jälkeen immuniteettia ei ole (SIS-malli), jos immuniteetti kestää vain lyhyen ajan (SIRS), jos sairaudessa on piilevä ajanjakso, jolloin henkilö ei ole tarttuva (SEIS ja SEIR), ja jos imeväisillä voi syntyä immuniteetti (MSIR).