Aristokritoksen poika Lysandros nimitettiin laivaston komentajaksi vuonna 407 eKr, kun Peloponnesolaislaivasto oli hajonnut useiden tappioiden vuoksi ja Spartan aikaisempien komentajien riideltyä persialaisten liittolaistensa kanssa. Lysander palautti itseluottamusta. Hän kokosi laivaston Efesokseen ja liittoutui Persian varakuninkaan Kyyroksen kanssa, joka oli saanut salaisen käskyn tukea Spartaa. Lysander palkkasi palkkasoturisoutajia korkeilla palkoilla, miehitti 90 laivaa ja organisoi henkilökohtaisen tukijaverkoston, jonka tuli vakiinnuttaa asemansa oligarkkisina hallitsijoina tai diktaattoreina missä tahansa vapautetussa valtiossa. Hän odotti, kunnes Ateenan laivasto oli jaettu, ja sitten alkuvuodesta 406 hän kukisti ateenalaisen laivueen Notiumissa.

kun hänen kautensa komentajana päättyi, Lysandrosta ei voitu Spartan lain mukaan nimittää uudelleen. Hänen seuraajansa sai surmansa tuhoisassa tappiossa Arginusaessa. Hänen ystävänsä ja Kyyros vaativat äänekkäästi Lysandroksen uudelleen nimittämistä, ja hänet lähetettiin nimellisesti kakkosmieheksi, mutta todellisuudessa täydellä voimalla.

Kyyroksen avustuksella Lysander miehitti 200 laivaa ja eteni Dardanelleille, missä hänen uhkauksensa Ateenan tarvikkeille Mustaltamereltä toi Ateenan laivaston kolmen mailin päässä sijaitsevalle rannalle Aegospotamiin. Ateenalaiset tarjosivat taistelua neljän päivän ajan elokuussa 405 eKr, mutta Lysandros kieltäytyi. Hän kuitenkin huomautti, että ateenalaiset nousivat joka ilta maihin ja hajaantuivat. Viidentenä iltana Lysander hyökkäsi ja sai 171 laivaa tyhjinä tai puoliksi miehitettyinä. Vain yhdeksän alusta välttyi tuholta.

Lysander tavoitteli täydellistä voittoa ja henkilökohtaista valtaa. Hän teloitti 3 000 ateenalaista vankia ja eteni saartamaan Pireuksen sataman. Huhtikuussa 404 EKR Ateena antautui,ja Lysandros purki Ateenan linnoitukset. Hän perusti oligarkioita eli tyranneja Ateenaan ja kaikkialle valloitetuille ja vapautetuille alueille. Kun vastareaktio alkoi ja Ateenan demokraatit valtasivat Pireuksen, Lysander sai nimityksen kapinan tukahduttamiseksi. Mutta kaksi Spartan kuningasta, jotka eivät luottaneet häneen, suostuttelivat Spartan viranomaiset syrjäyttämään Lysandroksen, kumoamaan hänen politiikkansa Ateenassa ja muokkaamaan niitä muualla.

Spartassa Lysandros suunnitteli epäonnistuneesti perinnöllisen monarkian muuttamista vaalikelpoiseksi monarkiaksi luottaen omaan arvovaltaansa. Kun Agis II kuoli vuonna 398, Lysandros varmisti Agesilaoksen valinnan, joka otti komennon Vähässä-Aasiassa. Lysandros seurasi häntä esikuntapäällikkönä, mutta Agesilaos erotti hänet pian. Vuonna 395, kun Boiotia ja Ateena nousivat Spartaa vastaan, Lysandros sai surmansa taistelussa Haliartoksessa.