vapausteoksessa syntynyt kanta muodostaa perustan Schellingin myöhemmälle filosofialle, joka kattaa ajan vuodesta 1810 hänen kuolemaansa saakka, mikä tunnetaan vain julkaisemattoman teoksen Die Weltalter (kirjoitettu 1811; the Ages Of The World) luonnoksesta ja hänen myöhempien luentojensa käsikirjoituksista. Die Weltalterissa Schelling halusi kertoa Jumalan historiasta. Jumala, joka alun perin on syventynyt hiljaiseen kaipaukseen, tulee itseensä väläyttämällä ajatuksia, joiden kautta hän tulee tietoiseksi itsestään. Tämä itsetietoisuus, joka on identtinen vapauden kanssa, antaa Jumalalle mahdollisuuden projisoida nämä ajatukset itsestään—ts.luoda maailma.

Schellingin nimittäminen Berliinin yliopistoon vuonna 1841 antoi hänelle jälleen mahdollisuuden kehittää yleistä kiinnostusta hänen käsityksiään kohtaan. Preussin silloinen kuningas Fredrik Vilhelm IV toivoi Schellingin taistelevan niin sanottua hegeliläisyyden Lohikäärmeen siementä vastaan Berliinissä, jossa Hegel oli työskennellyt kuolemaansa saakka vuonna 1831. Schellingin ensimmäinen luento Berliinissä ilmensi hänen itsetuntemustaan. Schelling julisti, että hän oli nuoruudessaan avannut uuden sivun filosofian historiassa ja että nyt kypsyydessään hän halusi kääntää tämän sivun ja aloittaa vielä uudemman. Hänen yleisössään oli sellaisia merkkihenkilöitä kuin Friedrich Engels, Søren Kierkegaard, Jakob Burckhardt ja Mihail Bakunin. Schelling ei kuitenkaan saavuttanut Berliinissä suurta menestystä. Lisäksi hän oli katkeroitunut, kun hänen luentoja oli plagioitu vastaväittäjäehdokas jotka halusivat esittää positiivinen filosofia Schelling, nyt vihdoin paljastaa nämä luennot, yleisölle tutkittavaksi. Schelling käynnisti oikeusjutun, mutta hävisi jutun. Hän erosi ja lopetti luennoinnin.

näiden loppuluentojen sisältö edusti kuitenkin Schellingin luovan toiminnan huippukohtaa. Schelling jakoi filosofian negatiiviseen filosofiaan, joka kehitti ajatuksen Jumalasta pelkän järjen avulla, ja sen vastakohtana positiiviseen filosofiaan, joka osoitti tämän idean todellisuuden päättelemällä jälkikäteen maailman tosiasiasta Jumalaan sen luojana. Schelling selitti sitten (viitaten vapaustyöhönsä), että ihminen, joka halusi olla Jumalan vertainen, nousi Jumalaa vastaan tämän langetessa syntiin. Jumala korotettiin kuitenkin pian jälleen periaatteeksi. Mytologian aikakaudella Jumala esiintyi pimeänä voimana. Ilmestyskirjan aikana Jumala kuitenkin ilmaantui historiaan ilmeisen todellisena Kristuksen hahmossa. Näin uskonnon koko historia tulisi välittää filosofisen ajattelun kautta.