Henry Highland Garnet syntyi 23.joulukuuta 1815 New Markeyssa Marylandissa. Hänen vanhempansa George ja Henrietta olivat orjia hänen syntyessään. Hänen isoisänsä oli tuotu Yhdysvaltoihin orjalaivalla joitakin vuosia aiemmin. Garnet ’s isä, George, oli prayerful mies jotka oli paljon vaikutusta Garnet’ s vahva uskonnollinen vakaumus myöhemmin elämässä. Perhe pakeni orjuutta vuonna 1824 maanalaisen rautatien avulla. Asetuttuaan hetkeksi New Hopeen Bucksin piirikuntaan Pennsylvaniaan George sai työtä suutarina New Yorkissa, jonne perhe lopulta asettui. Se oli tällä kertaa, vuonna 1826, että George muutti perheen nimi ”Garnet” merkkinä heidän uuden elämän jälkeen orjuuden. Pikkupoikana Garnet matkusti Kuubaan ja Washington DC: hen ja työskenteli kansimiehenä kuunarissa, kauppapurjealuksella. Palattuaan hän meni Long Islandille työskentelemään maatyöläisenä kahdeksi vuodeksi.

vuonna 1831 Garnet aloitti opintonsa New Yorkin värillisten nuorten High Schoolissa. Kaksi vuotta myöhemmin Garnetin kastoi ensimmäisen värillisen presbyteerikirkon pastori Theodore Sedgwick Wright. Opiskellessaan Noyes Academyssa Canaanissa, New Hampshiressa, Garnet tapasi Julia Williamsin. He menivät naimisiin vuonna 1841 ja saivat kolme lasta, joista vain yksi selvisi aikuisikään. Pariskunta muutti New Yorkin Troyhin, jossa hän opiskeli uskontoa ja teologiaa uuden koulun papin Nathan Bemanin johdolla.

vuonna 1841 Garnet vihittiin Liberty Streetin presbyteerikirkon pastoriksi ja hänestä tuli vahva orjuuden lakkauttamisen puolestapuhuja. Hän liittyi yhdysvaltalaiseen ja ulkomaiseen orjuuden vastaiseen yhdistykseen ja alkoi pitää puheita orjuutta vastaan kaikkialla maan koillisosassa. Vuonna 1843 Garnet piti tunteikkaan puheen mustien Kansalliskonventissa Buffalossa New Yorkissa. Hän kehotti orjia vapauttamaan itsensä keinolla millä hyvänsä. Hänen puheensa, Address to the Slaves of the United States of America (1843), sai ihmiset kyyneliin. Garnetin radikaaleja ajatuksia vastustivat kuitenkin konservatiivisemmat aktivistit kuten Frederick Douglass.

vuonna 1850 Garnet matkusti Isoon-Britanniaan luennoimaan orjuutta vastaan. Siellä ollessaan hän johti puuvillanvalmistuksen boikottia. Vuonna 1852 Garnet lähetettiin Jamaikalle Skotlannin Yhdistyneen presbyteerikirkon lähetystyöntekijäksi. Sairastuttuaan vuonna 1855 hän joutui palaamaan New Yorkiin, jossa hänestä tuli Shiloh presbyteerikirkon pastori. Vuonna 1861 Garnet palasi hetkeksi Englantiin edustamaan African Civilization Societya, mutta hän palasi takaisin Yhdysvaltain sisällissodan puhjettua. Hän värväsi vapaita mustia taistelemaan pohjoisen puolesta, ja hän keräsi ruokaa, vaatteita ja muita mukavuuksia tehdäkseen heidän elämästään sotilaina siedettävämpää.

vuonna 1864 Garnetista tuli viidestoista kadun presbyteerikirkon pastori Washington DC: ssä. Hän jatkoi orjuuden vastustamista ja oli ensimmäinen musta amerikkalainen, joka saarnasi kongressin edustajainhuoneelle Capitolissa. Vuonna 1868 Garnet muutti Canal Streetille Alleghenyn kaupunkiin Pittsburghiin, jossa hän toimi afroamerikkalaisille uskonnollista kasvatusta antavan Avery Collegen rehtorina. Pittsburghissa ollessaan Garnet perusti Grace Memorial Churchin, joka oli ensimmäinen kirkko Pittsburghin mustille Presbyteereille. Hän palasi Shilohin Presbyteerikirkkoon vuonna 1870. Vuonna 1881 presidentti Garfield nimitti Garnetin ministeriksi (virka on nykyisin suurlähettiläs) ja pääkonsuliksi Liberiaan Länsi-Afrikkaan.

Garnetin vaimo Julia menehtyi vuonna 1870. Vuonna 1879 hän meni naimisiin Sarah Smith Tompkinsin kanssa, joka oli merkittävä newyorkilainen opettaja ja koulun rehtori. Muutettuaan Liberiaan joulukuussa 1881 Garnet sairastui. Kaksi kuukautta myöhemmin hän menehtyi 13.helmikuuta 1882 Monroviassa. Hänen tyttärensä rouva M. H. Garnet-Barboza auttoi järjestämään koulun isänsä muistolle Brewersvillessä Liberiassa. Pittsburghin asukkaat viettävät joka Helmikuu” Henry Highland Garnet-päivää ” muistoksi hänen kaupungissaan tekemästään työstä.