menettely aloitetaan tekemällä solulysaatti kiinnostavista soluista. Tämä lysaatti sisältää polysomeja, monosomeja (koostuu yhdestä ribosomista, joka sijaitsee mRNA: ssa), pieniä (40s eukaryooteissa) ja suuria (60S eukaryooteissa) ribosomaalisia alayksiköitä, ”vapaita” mRNA: ta ja joukon muita liukoisia solukomponentteja.

menettelyä jatketaan tekemällä sentrifugiputkessa jatkuva sakkaroosigradientti, jonka tiheys vaihtelee jatkuvasti. Käytetyillä pitoisuuksilla (esimerkissä 15-45%) sakkaroosi ei häiritse ribosomien ja mRNA: n yhteyttä. Gradientin 15%: n osuus on putken yläosassa, kun taas 45%: n osuus on alapuolella niiden erilaisen tiheyden vuoksi.

tietty määrä (optisella tiheydellä mitattuna) lysaattia kerrostetaan sitten varovasti putkessa olevan gradientin päälle. Vaikka lysaatti sisältää paljon liukoista ainetta, se on paljon vähemmän tiheää kuin 15% sakkaroosia, joten sitä voidaan pitää erillisenä kerroksena putken yläosassa, jos se tehdään varovasti.

lysaatin komponenttien erottamiseksi valmiste sentrifugoidaan. Tämä kiihdyttää lysaatin komponentteja moninkertaisella painovoimalla ja siten kuljettaa niitä gradientin läpi sen mukaan, kuinka ”suuria” yksittäiset komponentit ovat. Pienet (40-luvun) alayksiköt kulkevat gradienttiin vähemmän kuin suuret (60-luvun) alayksiköt. 80-luvun ribsomes on mRNA matkustaa edelleen (huomaa, että koko mRNA matkustetun matkan osuus ei ole merkittävä). Polysomit, jotka koostuvat 2 ribosomista, kulkevat edelleen, polysomit, joissa on 3 ribosomia, edelleen ja edelleen. Komponenttien ”koon” nimeää Svedbergin yksikkö S. Huomaa, että yksi S = 10-13 sekuntia, ja että käsite ”iso” on itse asiassa yliyksinkertaistaminen.

sakkaroosigradientti ja immunoblotti

sentrifugoinnin jälkeen putken sisältö kerätään fraktioina ylhäältä (pienempi, hitaampi matka) alas (suurempi, nopeampi matka) ja fraktioiden optinen tiheys määritetään. Ensimmäisissä poistetuissa fraktioissa on suuri määrä suhteellisen pieniä molekyylejä, kuten tRNAs, yksittäiset proteiinit jne.