Tässä 2015, Eggers teki esikoisohjaus kauhuelokuva noita, perustuu hänen oma käsikirjoitus. Elokuva sai ensi-iltansa vuoden 2015 Sundancen elokuvajuhlilla 27.tammikuuta 2015. A24 osti elokuvan ja julkaisi sen teatterilevityksessä 19. helmikuuta 2016. Kriitikoiden vastaanotto oli pääosin positiivinen, ja elokuva tuotti yli 40 miljoonaa dollaria 4 miljoonan dollarin budjetilla. Hänen jatko-elokuvansa kauhufantasia The Lighthouse (2019), myös aikakautena, sai kriitikoilta kiitosta. Eggers ohjasi elokuvan ja käsikirjoitti sen yhdessä veljensä Max Eggersin kanssa.

heinäkuussa 2015 kerrottiin, että Eggers käsikirjoittaisi ja ohjaisi uudelleenfilmatisoinnin vuoden 1922 mykkäelokuvasta Nosferatu, joka perustuu Dracula-mytologiaan. Elokuvan tuottajina toimivat Jay Van Hoy ja Lars Knudsen studiolle 8. Marraskuussa 2016 Eggers ilmoitti yllättyneensä siitä, että Nosferatun uudelleenfilmatisointi tulee olemaan hänen toinen elokuvansa, sanoen ”se tuntuu rumalta ja rienaavalta ja egomaaniselta ja inhottavalta, että elokuvantekijä minun sijastani tekee seuraavaksi ’Nosferatun’. Aioin odottaa hetken, mutta niin kohtalo selvisi.”Eggers oli aiemmin ohjannut lukionsa esityksen Nosferatu-näytelmästä, ja hänet palkattiin ohjaamaan näytelmästä ammattimainen versio työnsä vuoksi. Eggers hyvitetään tämä tapahtuma, joka inspiroi häntä jatkamaan uraa elokuvanteossa. Elokuva on sittemmin pantu jäihin.

Eggers kehittelee parhaillaan ”keskiajan eeppistä” elokuvaa nimeltä The Northman, jonka pääosissa ovat Nicole Kidman, Björk, Willem Dafoe, Anya Taylor-Joy, Alexander Skarsgård ja Ethan Hawke sekä Rasputinin elämään perustuvaa minisarjaa.