Lott valittiin vuoden 1981 NFL: n varaustilaisuuden ensimmäisellä kierroksella (8. 190-senttisen, 203-kiloisen standoutin osoittama taitotaso tunnistettiin heti, ja harjoitusleirin alusta lähtien hänellä oli työpaikka 49ersin aloittavana vasempana kulmapuolustajana. Hänen alokas kausi 1981, hän kirjataan seitsemän torjuntaa, auttoi 49ers voittaa Super Bowl XVI, ja myös tuli vain toinen alokas NFL historiassa palauttaa kolme kuuntelua touchdowns. Hänen erinomainen pelata johti hänen viimeistely toinen rookie of the year arvosanoin, takana New York Giants tukimies Lawrence Taylor.

Lott siirtyi turvamieheksi vuonna 1985. Hän oli kärki hänen vasen pikkusormi amputoitu jälkeen 1985 kausi, kun se murskattiin, kun taklaamalla keskushyökkääjä Timmy Newsome, ja luusiirrännäisen leikkaus ei olisi antanut hänelle aloittaa 1986 kausi. Loukkaantuminen sivussa häntä kauden kaksi viimeistä peliä 1986, mutta hän silti johti liigan uran paras 10 torjuntaa, kun taas tallennus 77 taklauksia, kolme pakko fumbles, ja kaksi pelinrakentaja säkit. Hänen 10 vuotta 49ers, Lott auttoi heitä voittamaan kahdeksan division otsikot ja neljä Super Bowl: XVI (1981 kausi), XIX (1984), XXIII (1988), ja XXIV (1989). Hän on yksi viidestä pelaajasta, jotka olivat mukana kaikissa neljässä 1980-luvun 49ersin Super Bowl-voitossa. Neljä muuta ovat pelinrakentaja Joe Montana, tukimies Keena Turner, kulmahyökkääjä Eric Wright ja laitahyökkääjä Mike Wilson.

San Franciscon pelaajauransa jälkeen Lott teki vapaana agenttina sopimuksen vuonna 1991 Los Angeles Raidersin ja vuonna 1993 New York Jetsin kanssa. Vuonna 1991 hän johti toistamiseen liigaa torjunnoissa (8). Lott teki vapaana agenttina sopimuksen Kansas City Chiefsin kanssa vuonna 1995, mutta loukkaantui preseasonissa. Hän palasi 49ersiin vuonna 1995, mutta edellisten neljän kauden aikana kärsityt loukkaantumiset piinasivat häntä edelleen ja hän ilmoitti lopettavansa uransa ennen kauden alkua. Hänet valittiin Pro Football Hall of Fameen vuonna 2000, ensimmäisenä kelpoisuusvuotenaan, ja hänet nimettiin myös NFL: n 75-Vuotisjuhlajoukkueeseen vuonna 1994 ja 100-Vuotisjuhlajoukkueeseen vuonna 2019.

14 NFL-kautensa aikana Lott kirjautti 8,5 säkitystä ja 63 torjuntaa, joista hän teki 730 jaardia ja viisi touchdownia. Hän toipui 17 fumbles, palautetaan ne 43 jaardia, ja sai 113 jaardia kickoff palautukset. Lott myös pelannut 20 postseason pelejä, tallennus yhdeksän torjuntaa, 89 taklauksia, yksi pakko fumble, yksi fumble elpyminen, ja kaksi touchdowns. Lisäksi hänet nimettiin All-Proksi kahdeksan kertaa, All-NFC: ksi kuusi kertaa ja All-AFC: ksi kerran. Tilastojen lisäksi Lottilla oli käsittämätön tietoisuus siitä, miten peli kehittyy, minkä ansiosta hän pystyi rikkomaan syöttöjä ja ansaitsemaan maineen yhtenä liigan historian kovimmista ja tehokkaimmista avoimen kentän taklaajista.