Adso Melkistä kertoo, kuinka vuonna 1327 hän nuorena fransiskaanina noviisina (Benediktiini romaanissa) matkusti opettajansa fransiskaanimunkki Williamin kanssa benediktiiniluostariin Pohjois-Italiaan, jossa fransiskaanien oli määrä väitellä paavin lähettiläiden kanssa Kristuksen köyhyydestä. Luostarissa on kuuluisa scriptorium, jossa kirjurit kopioivat, kääntävät tai valaisevat kirjoja. Otranton munkki Adelmo-nuori mutta kuuluisa Käsikirjoitusten Valaisija – löydettiin epäilyttävästi kuolleena rinteeltä tornin alta, jossa oli vain ikkuna, jota ei voi avata. Apotti pyytää apua Williamilta, joka on tunnettu deduktiivisista kyvyistään. Älyllinen haaste ja hänen halunsa kumota demonisen syyllisen pelot vetävät Williamin vastahakoisesti puoleensa. Williamia huolestuttaa myös se, että apotti kutsuu inkvisition virkailijat koolle, jos mysteeri jää ratkaisematta.

William päättelee nopeasti, että Adelmo teki itsemurhan hypättyään läheisestä tornista, jossa oli ikkuna, ja että kukkulan Rinne sai ruumiin vierimään toisen tornin alapuolella. Vilhelmin ratkaisu lieventää hetkeksi munkkien pelkoja, kunnes toinen munkki löydetään kuolleena, pahaenteisesti kelluen sianverisammiossa. Uhri on Venantius, kreikan kielen tulkki ja viimeinen Adelmon kanssa puhunut mies. Ruumiissa on mustia tahroja sormessa ja kielessä. Kääntäjän kuolema herättää uudelleen munkkien pelot yliluonnollisesta syyllisestä, pelot vahvistuvat, kun pyhimys Fransciscan munkki Ubertino Casalesta varoittaa, että kuolemat muistuttavat Ilmestyskirjassa mainittuja merkkejä. Scriptoriumissa Vilhelm tarkastaa Adelmon pöydän, mutta veli Berengar, apulaiskirjastonhoitaja, estää sen. Veli Malachia, pääkirjastonhoitaja, kieltää Williamia pääsemästä muualle rakennukseen.

William kohtaa dementoituneen kyttyräselkäisen Salvatoren ja tämän suojelijan Remigio da Varaginen, kellarin. Vilhelm päättelee, että molemmat olivat dulciniitteja, jotka kuuluivat harhaoppiseen, sotaisaan lahkoon, jonka mielestä papiston pitäisi köyhtyä. Vilhelm ei kuitenkaan epäile heitä murhasta, koska dulciniitit tähtäävät varakkaisiin piispoihin, eivät köyhiin munkkeihin. Remigion menneisyys antaa kuitenkin Williamille vaikutusvaltaa luostarin salaisuuksien oppimisessa. Salvatore kertoo Williamille, että Adelmo oli kohdannut Venantiuksen sinä iltana, kun Adelmo kuoli. Samaan aikaan Adso kohtaa kauniin, puolivillaisen maalaistytön, joka on hiipinyt luostariin vaihtamaan seksuaalisia palveluksia ruokaan ja joutuu tämän viettelemäksi.

palattuaan samana iltana Venantiuksen työpöydälle Vilhelm löytää kreikankielisen kirjan ja pergamentin, jossa on kreikankielistä kirjoitusta, adelmon sekoituksia kirjojen valaisemiseksi ja vasenkätisen miehen näkymättömällä musteella kirjoittamia arvoituksellisia symboleja. Berengar hiipii pimennettyyn Skripaliin, harhauttaa Williamia ja varastaa kirjan.

Berengar löydetään myöhemmin hukkuneena kylpyyn ja siinä on samanlaisia tahroja kuin Venantiuksella. Vilhelm kertoo johtopäätöksensä, että Adelmon kuolema oli todellakin itsemurha, koska hän taipui Berengarin pyyntöihin saada homoseksuaalisia palveluksia. Venantius sai adelmolta pergamentin ennen Adelmon kuolemaa, ja Berengar on luostarin ainoa vasenkätinen mies. William esittää teorian, että kääntäjä transkriptioi pergamentille kirjoitetut kreikkalaiset muistiinpanot kirjasta ja että kirja on jotenkin vastuussa kuolemista. Apotti ei ole vakuuttunut ja polttaa pergamentin ja ilmoittaa Vilhelmille, että Inkvisitio — Bernardo Guin, Vilhelmin vanhan vastustajan, persoonassa hänen entiseltä inkvisiittorikaudeltaan — on jo kutsuttu koolle.

päättäessään ratkaista mysteerin ennen Guin saapumista William ja Adso löytävät scriptoriumin yläpuolelta laajan, piilotetun kirjaston. William epäilee luostarin piilottaneen kirjat, koska suuri osa niiden sisällöstä on peräisin pakanafilosofeilta. Gui löytää Salvatoren ja maalaistytön tappelemassa mustasta kukonpoikasta ollessaan mustan kissan läsnä. Guille tämä on kiistämätön todiste noituudesta, ja hän kiduttaa Salvatorea valheelliseen tunnustukseen. Kun sekä Vilhelmin Fransiskaaniveljet että paavin edustajat saapuvat paikalle, keskustelu alkaa. Luostarin Herbalisti, kerrottuaan Williamille löytäneensä kreikaksi kirjoitetun kirjan apteekista, joutuu Malakian murhaamaksi. Jälkimmäinen huijaa Remigion yrittämään paeta, jolloin Guin vartijat pidättävät hänet ja syyttävät häntä murhista.

Remigio, Salvatore ja tyttö joutuvat oikeuden eteen. Muistaen Williamin Gui valitsee Hänet apotin jäseneksi tribunaalin tuomariksi. Oikeudenkäynnissä Remigio myöntää ylpeänä Dulciniittimenneisyytensä ja Guin kidutusuhkausten alla tunnustaa myös valheellisesti murhat. William huomauttaa, että murhat liittyvät kreikkalaiseen kirjaan, jota Remigio ei osannut lukea, ja varoittaa, että Remigion teloitus ei lopeta murhia. Gui järjestää vangit poltettavaksi roviolla, kun taas William viedään Avignoniin. Paavin edustajat tuomitsevat fransiskaanit Williamin jääräpäisyydestä ja päättävät väittelyn.

kun munkit valmistautuvat polttamaan Guin vankeja, Malakian todetaan kuolevan, ja hänen kielessään ja sormessaan on mustia tahroja. Vaikka Malakian kuolema oikeuttaa Williamin varoituksen, Gui pitää sitä todisteena siitä, että William on murhaaja, ja määrää hänet pidätettäväksi. Paetessaan Guin vartijoita William ja Adso palaavat salaiseen kirjastoon ja kohtaavat kasvotusten sokean kunnianarvoisan Jorgen, luostarin vanhimman asukkaan. Purettuaan kääntäjän pergamentin repliikit William vaatii Jorgea luovuttamaan kirjan, jota kuolleet miehet olivat lukeneet: Aristoteleen toinen runouden kirja komediasta. Jorge inhoaa naurua, koska ajattelee sen heikentävän uskoa Jumalaan, ja Arisotlen kirjoittama kirja naurusta tuo vain naurua tietäjille ja murentaa uskoa oppineiden keskuudessa. Estääkseen sen Jorge tappoi kirjan lukeneet myrkyttämällä sen sivut. Jorge antaa kirjan Williamille, luullen hänenkin kärsivän myrkystä. Kun William paljastaa käyttävänsä hanskoja, Jorge tarttuu kirjaan ja aloittaa sitten liekkimyrskyn, joka nielaisee nopeasti kirjaston. William jää paikalle ja yrittää pelastaa osan kirjoista ja rohkaisee Adsoa lähtemään. Jorge tappaa itsensä kuluttamalla myrkyllä päällystetyt sivut.

nähdessään tulen munkit hylkäävät vangit, jolloin paikalliset talonpojat voivat pelastaa tytön, vaikka Salvatore ja Remigio kuolevat. Adso jahtaa Guita, joka onnistuu pakenemaan häntä, mutta talonpojat työntävät hänen vaununsa alas jyrkänteeltä seivästäen hänet. Williamin ja Adson lähtiessä Adso kohtaa tytön, pysähtyy muutamaksi sekunniksi, mutta päättää lopulta lähteä Williamin mukaan. Paljon vanhempi Adso toteaa, että hän ei koskaan katunut päätöstään, sillä hän oppi paljon enemmän asioita Williamilta ennen kuin heidän tiensä erosivat. Hän sanoo myös, että tyttö oli hänen elämänsä ainoa maallinen rakkaus, mutta hän ei koskaan saanut tietää tytön nimeä.