koska Saginawinlahti on matalampi ja lämpimämpi kuin Huronjärven pääallas, myös sen kalayhteisö on erilainen. Saginawinlahdella harjoitetaan sekä virkistys-että kaupallista kalastusta. Vallejärvi ja kelta-ahven ovat pääasiallisia urheilukalastuslajeja, kun taas kaupallisen kalastuksen kohteena ovat pääasiassa järvisika ja kelta-ahven. Kaupallinen kalastus on Michiganin osavaltion lisensoitu kalastus erotuksena heimopohjaista kalastusta, jotka toimivat muualla Lake Huron. Virkistyskalastus yleistyi 1900-luvun loppupuoliskolla. Sitä ennen lahden kalastus oli lähes kokonaan kaupallista. Kuten suuri osa suurista järvistä, kalatalous romahti tai rappeutui pahasti 1900-luvun puolivälin tienoilla. Tämä johtui pääasiassa elinympäristöjen heikkenemisestä (patojen rakentaminen, rannikon edustan kutualueiden sedimentaatio), saastumisesta, kulttuurin rehevöitymisestä ja vieraslajien vaikutuksista. Suhteellisen voimakas hyödyntäminen kaupallisen kalastuksen, joka toimi tuolloin luultavasti nopeutti laskua, mutta ei uskottu olevan tärkein syy, koska ne olivat toimineet siellä myöhään 17th century.

kalastuksen elpyminen alkoi puhtaan veden lainsäädännön, kuten Clean Water Actin ja Suurten järvien puhtaan veden sopimuksen, voimaantulon jälkeen. Walleyen kalastus alkoi elpyä 1980-luvun alussa, kun Michigan Department of Natural Resources aloitti fingerling-istutusohjelman. Urheilukalastus elpyi pian, mutta vuonna 1970 virallisesti lakkautettu Walleyen kaupallinen kalastus pysyi suljettuna. Virkistyskalastuksen vuotuinen sato oli vuosina 1986-2002 keskimäärin 80 000 valeijaa, mutta se oli hautomosta riippuvainen, ja jopa 80 prosenttia sadosta oli hautomokalaa. Huronjärvellä tapahtui vuonna 2003 perusteellinen ravintoverkonsiirto, kun invasiivinen alewife lähes katosi. Alewives käytti Saginaw Bayn lähellä sijaitsevia vesiä kutu-ja lisääntymisalueina ja oli pelottava saalistaja ja kilpailija vastakuoriutuneilla ahvenpoikasilla (walleye ja kelta-ahven). Alewivesin, Walleyen ja kelta-ahvenen lisääntymismenestys lisääntyi huomattavasti. Michigan Department of Natural Resources lopetti viljelyn vuonna 2006, ja Walleyen elvytystavoitteet saavutettiin virallisesti vuonna 2009. Sen jälkeen virkistyssato on vaihdellut noin 150000: sta jopa 350000: een vuodessa. Michigan Department of Natural Resources vapautti walleye recreational harvest (higher daily possession limit ja lower minimi length limit) vuonna 2015. Vaikka kelta-ahvenet hyötyivät myös lisääntymismenestykseltään parempien alepuiden puuttumisesta, aikuisten määrä on vähentynyt ja pysynyt alamaissa. Tämä johtuu niiden ensimmäisen elinvuoden korkeasta kuolleisuudesta, jonka uskotaan olevan Walleyen ja muiden petoeläinten saalistamaa.

muita historiallisesti merkittäviä saginawinlahden lajeja ovat sampijärvi ja cisco (sillijärvi). 1900-luvun puoliväliin asti Saginaw Bay tuki valtavaa Ciscon kaupallista kalastusta. Ne taantuivat suuressa osassa järveä eivätkä ole toipuneet Saginawinlahdella. Vuonna 2017 aloitettiin Cisco fingerling-eläintensuojeluohjelma, jonka tarkoituksena on palauttaa Lahden pesimäkanta, U. S. Fish and Wildlife Service, Michigan Department of Natural Resources ja muut Suurten järvien kalastuskomission kumppaniorganisaatiot. Pääasiassa jokiin kutevat sampijärvet ovat myös Michiganin luonnonvaraministeriön johtaman istutustyön kohteena, ja istutuksia tehdään Saginawjoen vesistöön.