Skottimunien alkuperästä ja etymologiasta on useita erilaisia teorioita, joista ei ole varmaa johtopäätöstä. Oxford English Dictionary mainitsee nimen ensimmäisen kerran vuonna 1809 Maria Rundellin teoksessa A New System of Domestic Cookery. Resepti ilmestyi saman kirjan ensipainoksessa vuonna 1805. Niissä ei vielä tuolloin ollut leipäkrumbakerrosta, vaikka vuonna 1861 Isabella Beeton ehdotti tätä vaihtoehdoksi. Oxford Companion to Food arvelee, että alkuperä saattaa olla intialaisissa koftoissa.

kylmäesineenä lontoolainen Tavaratalo Fortnum & Mason väittää keksineensä Viskimunat vuonna 1738 matkalaisten välipalaksi, mutta perustavansa tämän sittemmin kadonneeseen arkistoaineistoon. Fortnum & Mason varmasti popularisoi skottilaisia munia, muun muassa elintarvikkeen osana erilaisia pyykkikoreja. Yleisesti uskotaan, että skottilaiset munat puolestaan olivat peräisin ruoasta, jota britit kohtasivat Rajissa, mukaan lukien nargisi kofta-niminen Mughlai-ruokalaji (”Narcissus meatballs”).

muihin väitteisiin kuuluu nimi, joka tulee Wellingtonin kasarmin ympäristössä asuneiden lontoolaisten käyttämästä lempinimestä sinne sijoitettujen Skottikaartilaisten upseerien mukaan ja joka mieltyi välipalaan. Yorkshiren Culinary Delights-sivuston mukaan ne ovat peräisin Whitbystä, Yorkshiresta, Englannista 1800-luvulla, ja ne oli alun perin peitetty kalatahnalla makkaran lihan sijaan. Ne on tiettävästi nimetty William J. Scottin & Sons-nimisen tunnetun ruokapaikan mukaan, joka myi niitä. Ajankohta ei kuitenkaan sovi termin ainakin 75 vuotta aiemmin tunnettuun käyttöön. On myös ehdotettu, että niitä olisi alun perin kutsuttu ”kärventyneiksi” kananmuniksi, koska ne keitettiin avotulella, vaikka säilyneiden reseptien mukaan ne uppopaistettiin ihrassa. Alkuperäksi mainitaan joskus myös ”Scotching” ruokakulttuurina, vaikka se, mitä ”scotching” oli, on tulkinnanvarainen, anjoviksen sisällyttämisestä pelkkään lihan jauhamiseen. Hämmennystä lisää Skotlannista 1800-luvulla tullut suuri kananmunakauppa, johon liittyi toisinaan munien kastaminen kalkkijauheeseen, mikä mahdollisesti tunnetaan myös nimellä ”scotching”.