Bakerin ensimmäinen pitkä elokuva oli Four Letter Words-elokuva, joka pyöri amerikkalaisten nuorten miesten ulkonäön, näkemysten, asenteiden ja kielen ympärillä. Baker käsikirjoitti, ohjasi ja leikkasi elokuvan. Tämän jälkeen Baker teki Take Out-elokuvan, jonka hän käsikirjoitti, ohjasi, leikkasi ja tuotti yhdessä Shih-Ching Tsoun kanssa. Elokuva kertoo laittomasta kiinalaisesta siirtolaisesta, joka jää jälkeen salakuljetusvelan maksuista, jolloin hänelle jää vain yksi päivä aikaa hankkia rahat. Elokuva sai maailmanensi-iltansa Slamdance-elokuvajuhlilla 18.tammikuuta 2004, mutta se sai rajoitetun ensi-iltansa vasta 6. kesäkuuta 2008. Bakerin kolmas pitkä elokuva Prince of Broadway sai ensi-iltansa Los Angelesin elokuvajuhlilla 22.kesäkuuta 2008. Elokuva seuraa newyorkilaista katuhuijaria, joka tienaa elantonsa luomalla nimimerkki knock offseja, ja tämän havaintoa siitä, että hänellä on poika. Baker ohjasi, käsikirjoitti, tuotti, kuvasi ja leikkasi elokuvan, joka julkaistiin rajoitetusti 3.syyskuuta 2010. Take Out ja Prince of Broadway olivat ehdolla Independent Spirit John Cassavetes-palkinnon saajaksi samassa seremoniassa vuonna 2008.

Bakerin neljännen pitkäsoiton, Starletin, käsikirjoitti Chris Bergoch, ja pääosissa olivat Dree Hemingway ja Besedka Johnson. Starlet tutkii 21-vuotiaan Janen (Hemingway) ja 85-vuotiaan Sadien (Johnson) epätodennäköistä ystävyyttä.nämä kaksi naista kohtaavat toisensa Kalifornian San Fernandon laaksossa. Elokuva sai maailmanensi-iltansa SXSW: ssä 11.maaliskuuta 2012 ja sai rajoitetun ensi-iltansa 9. marraskuuta 2012. Se sai pääosin positiivisia arvosteluja ja sillä on Rotten Tomatoes-sivustolla 88% arvosana.

Bakerin viides osa Tangerine seuraa transsukupuolista seksityöntekijää, joka huomaa poikaystävänsä ja parittajan pettäneen häntä. Elokuva kuvattiin kolmella iPhone 5S-älypuhelimella ja se sai kehuja uraauurtavasta elokuvantekotekniikastaan. Tangerinen päärooleissa olivat Kitana Kiki Rodriguez, Mya Taylor, Karren Karagian, Mickey O ’ Hagan ja James Ransone, ja sen tuottivat Mark Duplassin ja Jay Duplassin kanssa. Baker teki jälleen käsikirjoituksen bergochin kanssa; hän oli myös mukana tuottamassa, kuvaamassa ja leikkaamassa elokuvaa. Se sai maailmanensi-iltansa vuoden 2015 Sundancen elokuvajuhlilla 23.tammikuuta 2015 ja sai rajoitetun ensi-iltansa 10. heinäkuuta 2015. Se sai erittäin positiivisia arvosteluja, ja sillä on tällä hetkellä Rotten Tomatoes-sivustolla 97% luokitus.

Bakerin kuudes pitkä elokuva The Florida Project sai ensi-iltansa vuoden 2017 Cannesin elokuvajuhlien Directors’ Fortnight-osiossa, ja se sai teatteriensi-iltansa Yhdysvalloissa 6.lokakuuta 2017 A24: llä. Jälleen kerran Baker leikkasi elokuvan itse ja laati käsikirjoituksen yhdessä Chris Bergochin kanssa. Juoni seuraa 6-vuotiasta tyttöä, joka asuu motellissa kapinallisen äitinsä kanssa Suur-Orlandossa, kun he yrittävät pysyä erossa vaikeuksista ja saada rahat riittämään. Elokuva sai kiitosta roolisuorituksistaan (erityisesti Willem Dafoen roolisuorituksesta motellin johtajana) ja Bakerin ohjauksesta, ja sekä National Board of Review että American Film Institute valitsivat sen yhdeksi vuoden 10 parhaasta elokuvasta. Dafoe sai Parhaan miessivuosan ehdokkuudet Oscar -, Golden Globe-ja Bafta-palkintogaaloissa.

marraskuussa 2020 ilmoitettiin, että Bakerin seitsemännen pitkän elokuvan tuotanto on lähes valmis. Red Rocketin pääosassa on Simon Rex ja se sijoittuu Texasiin. Baker ohjasi, käsikirjoitti ja tuotti elokuvan yhdessä muiden muassa bergochin ja Tsoun kanssa. Kuvaukset tapahtuivat salassa COVID-19-pandemian keskellä, mutta ”alan standardien mukaisia turvallisuusprotokollia” noudatettiin. Juonen yksityiskohdat pidetään edelleen salassa.

Baker on myös yksi Seth Greenin ja Eugene levyn tähdittämän komediasarjan Greg The Bunny alkuperäisistä luojista. Sarja perustuu Bakerin ohjaamiin ja käsikirjoittamiin lyhyisiin pätkiin, jotka esitettiin Independent Film Channelilla ja jotka puolestaan perustuivat Junktape-nimiseen televisio-ohjelmaan. Tässä 2010, Baker, Spencer Chinoy, ja Dan Milano luonut spinoff nimeltään Warren apina; sarja esitettiin MTV ja peruutettiin yhden kauden jälkeen.