Merritt loi ja soitti päärooleja yhtyeissä The Magnetic Fields, The 6ths, the Gothic Archies ja Future Bible Heroes. Hän käytti lyhyesti nimeä The Baudelaire Memorial Orchestra tunnuksena Lemony Snicketin a Series of Unfortunate Events-kappaleelle sävelletystä kappaleesta ”Scream and Run Away”. Sarjan äänikirjaversioille äänitettiin Lisää musiikkia, ja sen katsotaan syntyneen goottilaisista Archieista. The Tragic Treasuryn julkaisi Nonesuch Records lokakuussa 2006 yhdessä sarjan 13.ja viimeisen kirjan kanssa.

omalla nimellään hän äänitti ja julkaisi soundtrackit elokuviin Eban ja Charley sekä Pieces of April. Nickelodeonin soundtrackilla nähdään Peten seikkailut & Pete sisälsi monia hänen kappaleitaan.

hän ja ohjaaja Chen Shi-Zheng ovat tehneet yhteistyötä kolmessa musiikkiteatterin teoksessa; The Orphan of Zhao (2003), Peach Blossom Fan (2004) ja My Life as a Fairy Tale (2005). Valitut kappaleet näistä teoksista on julkaistu Nonesuch Recordsilla nimellä Showtunes.

lisäksi hän on kolmannes Vain elämää-yhtyeestä The Three Terrors, jonka muita pääjäseniä ovat 69 Love Songsin Dudley Klute ja LD Beghtol. Näiden esitysten aiempia teemoja ovat olleet ranskalainen Popmusiikki, elokuvateemat (muun muassa Syväkurkun nimikappale), päihtymys ja New York. Kenny Mellman (of Kiki & Herb), James Jacobs, Daniel Handler, Jon DeRosa ja muut ovat esiintyneet Three terrorin kanssa näissä satunnaisissa gaalatilaisuuksissa.

Merritt kirjoitti ja lauloi kappaleen ”I’ m in a Lonely Way” Volvon televisiomainoksessa, joka esitettiin kesällä ja syksyllä 2007. Hän esitti myös kappaleen ”The Wheels on the Car”.

Merritt kirjoitti musiikin ja sanoitukset vuonna 2009 julkaistuun Off-Broadway-musikaalisovitukseen Neil Gaimanin romaanista Coraline. MCC: n teatterituotannossa hänen musiikkiaan esittää pianon ”orkesteri”, joka on täydennetty perinteisellä pianolla, lelupianolla ja valmiilla pianolla (piano, jonka ääntä on muutettu kiinnittämällä jousiin esineitä – kuten tinafoliota, kuminauhoja ja pelikortteja).

hän tuotti partituurin mykkäelokuvaan 20 000 liigaa meren alla, joka esitettiin Castro Theatressa, San Franciscossa 4.toukokuuta 2010 osana San Franciscon kansainvälistä elokuvafestivaalia.