Times Squaren kirkon perusti David Wilkerson vuonna 1987. Tuohon aikaan Times Square tunnettiin X-luokitellun elokuvan, strippiklubien, prostituution ja huumeriippuvuuden keskuksena. Wilkerson avasi kirkon vastauksena sille, mitä hän kuvaili ”fyysisesti puutteenalaisiksi ja hengellisesti kuolleiksi ihmisiksi”, joita hän näki alueen asuttaneiden parittajien, karkulaisten ja crack-diilereiden joukossa. Times Squaren kirkko piti hetken jumalanpalveluksiaan Manhattanin 43rd Streetin kaupungintalossa ja sen jälkeen Nederlander Theatressa 41st Streetillä.

vuonna 1989 kirkko vuokrattiin entiselle Mark Hellinger-teatterille. Vuonna 1991 se osti teatterin 17 miljoonalla dollarilla. Wilkerson kuvaili kirkkoa evankeliseksi helluntaiseurakunnaksi, jota johti kolme pastoria: David Wilkerson, hänen veljensä Donald Wilkerson ja Robert Phillips. Teatteri on edelleen kirkon nykyisellä paikalla 51. kadulla.

vuonna 2001 perustajapastori David Wilkerson uskoi vanhemman pastorin viran Carter Conlonille, joka oli aiemmin evankelinen pastori Itä-Kanadasta ja apulaispastori Times Square Churchissa vuosina 1994-2001. On myös vierailevia evankeliuminpalvelijoita ja lähetystyöntekijöitä, jotka tulevat saarnaamaan kaikkialta maailmasta. Kirkossa painotetaan rukoilemista ja pidetään jopa ”rukous saarnaamistyön aikana”. On myös lukio-ja nuorten aikuisten ohjelmia, joissa opetetaan totuutta ja rakkautta Jumalan Sanassa.

vuosina 2007-2009 kirkko järjesti tapahtuma nimeltä Prayer in the Square, Rukousralli, joka järjestettiin Times Squarella.

5.toukokuuta 2020 Tim Dilenasta tuli vanhempi pastori, kolmas seurakunnan perustamisen jälkeen. Hänellä oli elinikäinen yhteys perustajapastori David Wilkersonin kanssa ja hän on säännöllisesti saarnannut kirkossa useiden vuosien ajan.