vuonna 1868 keskiaikainen Edon kaupunki, Tokugawan hallituksen kotipaikka, nimettiin uudelleen Tokioksi ja Tokion prefektuurin (-fu) toimistot avattiin. Tokion prefektuurin laajuus rajoittui aluksi entiseen Edon kaupunkiin, mutta laajeni nopeasti vastaamaan nykyistä Tokion Metropolikaupunkia. Vuonna 1878 Meiji-hallituksen paikallishallinnon uudelleenjärjestely jakoi prefektuurit piirikuntiin tai piirikuntiin (gun, edelleen jaettu kaupunkeihin ja kyliin, myöhemmin uudelleen organisoitu samalla tavalla kuin Preussin piirikunnat) ja piirikuntiin tai piirikuntiin (ku), jotka olivat tavallisissa prefektuureissa kaupungeissa kokonaisuutena, esim.nykyinen Hiroshiman Kaupunki (- shi) oli silloin Hiroshima-ku; kolme suurinta kaupunkia Tokio, Osaka ja Kioto jaettiin kukin useisiin tällaisiin piirikuntiin. Näin Tokion prefektuuriin muodostettiin 15 piirikuntaa (lueteltu alla) ja kuusi piirikuntaa/piirikuntaa.

vuonna 1888 keskushallinto loi lakikehyksen nykyiselle kaupunkijärjestelmälle (shi), joka myönsi joitakin paikallisia itsehallintooikeuksia – hieman samankaltaisuuksia Preussin paikallisen itsehallintojärjestelmän kanssa, sillä Meijin hallituksen neuvonantaja Albert Mosse vaikutti voimakkaasti paikallishallinnon järjestämiseen. Mutta erityisen keisarillisen asetuksen nojalla Tokion kaupunki, kuten Kioton kaupunki ja Osakan kaupunki, ei aluksi ylläpitänyt erillistä pormestaria, vaan Tokion prefektuurin (nimitetty) kuvernööri toimi Tokion kaupungin pormestarina. Tokion kaupunginvaltuusto/edustajakokous (Tōkyō-shikai) valittiin ensimmäisen kerran toukokuussa 1889. Jokainen osasto säilytti myös oman kokoonpanonsa. Kaupunki-ja prefektuurihallinto erotettiin toisistaan vuonna 1898., ja hallitus alkoi nimittää erillisen pormestarin Tokion kaupunkiin vuonna 1898, mutta säilytti ward-tason lainsäädännön, joka jatkuu tähän päivään asti erikoisosastojärjestelmässä. Vuodesta 1926 pormestarin valitsi vaaleilla valittu kaupunginvaltuusto/ – kokous omista riveistään. Tokion kaupungintalo sijaitsi Yūrakuchōn kaupunginosassa paikalla, joka on nykyisin Tokion kansainvälisen foorumin hallussa.

Tokiosta tuli maailman toiseksi suurin kaupunki (asukasluku 4,9 miljoonaa), kun se heinäkuussa 1932 sulautti itseensä useita syrjäisiä kaupunginosia, jolloin kaupungissa oli yhteensä 35 kaupunginosaa.

vuonna 1943 kaupunki lakkautettiin ja yhdistettiin Tokion prefektuurin kanssa Tokion Metropolihallinnoksi, joka oli toiminnallisesti osa Japanin keskushallintoa: Tokion kuvernööristä tuli hallituksen ministeri, joka raportoi suoraan pääministerille. Tämä järjestelmä pysyi voimassa vuoteen 1947, jolloin muodostettiin nykyinen Tokion metropolihallinnon rakenne.