tragedian synty sai vihaista kritiikkiä monilta arvostetuilta kreikkalaisen kirjallisuuden ammattitutkijoilta. Erityisen kiivas oli filologi Ulrich von Wilamowitz-Moellendorff, joka tuomitsi Nietzschen teoksen liukkaaksi ja harhaanjohtavaksi. Nietzschen yllyttämänä Erwin Rohde—ystävä, joka oli kirjoittanut suotuisan arvostelun, joka herätti ensimmäisen halventavan keskustelun kirjasta—vastasi paljastamalla Wilamowitz-Moellendorfin virheelliset lainaukset Nietzschen teoksesta. Richard Wagner antoi myös vastauksen Wilamowitz-Moellendorfin kritiikkiin, mutta hänen toimintansa vain luonnehti Nietzscheä säveltäjän lakeijaksi.

tuomiossaan tragedian synnystä Wilamowitz sanoo:

Herr N… on myös klassisen filologian professori; hän käsittelee useita erittäin tärkeitä Kreikan kirjallisuushistorian kysymyksiä. … Tätä Haluan valaista, ja on helppo todistaa, että tässä myös kuvitteellinen nerous ja röyhkeys hänen väitteidensä esittämisessä on suorassa suhteessa hänen tietämättömyyteensä ja totuuden rakkauden puutteeseen. … Hänen ratkaisunsa on vähätellä historiallis-kriittistä menetelmää, moittia kaikkia esteettisiä oivalluksia, jotka poikkeavat hänen omastaan, ja liittää ”antiikin tutkimuksen täydellinen väärinymmärrys” aikakauteen, jolloin filologia Saksassa, erityisesti Gottfried Hermannin ja Karl Lachmannin työn kautta, nostettiin ennennäkemättömään korkeuteen.

esittäessään, että kreikkalaisilla olisi voinut olla ongelmia, Nietzsche poikkesi aikansa tieteellisistä perinteistä, jotka pitivät kreikkalaisia onnellisena, ehkä jopa naiivina ja yksinkertaisena kansana. Teos on ammattimaisen filologian, filosofisen oivalluksen ja musiikkitaiteen ihailun verkko. Filologian teoksena se hylättiin lähes välittömästi, mikä käytännössä tuhosi Nietzschen akateemiset pyrkimykset. Musiikkiteema liittyi niin läheisesti Richard Wagneriin, että siitä tuli Nietzschelle kiusallista, kun hän itse oli saavuttanut jonkin verran etäisyyttä ja riippumattomuutta Wagneriin. Se on siis Nietzschen ensimmäinen kokonainen, julkaistu filosofinen teos, jossa esitetään, hahmotellaan ja vastataan kysymyksin.

Marianne Cowan kuvaa tilannetta johdannossaan Nietzschen filosofiaan kreikkalaisten traagisella aikakaudella seuraavin sanoin:

tragedian synty esitti kreikkalaisista niin vieraan näkemyksen ajan hengelle ja oppineisuuden ihanteille, että se turmeli Nietzschen koko akateemisen uran. Se herätti lehtisiä ja vastaesitteitä, jotka hyökkäsivät häntä vastaan terveen järjen, oppineisuuden ja järjen perusteella. Tuolloin Baselin yliopiston klassisen filologian professorina toimineella Nietzschellä ei ollut jonkin aikaa alansa opiskelijoita. Hänen luentojaan sabotoivat saksalaiset filosofian professorit, jotka neuvoivat oppilaitaan olemaan saapumatta Nietzschen kursseille.

vuoteen 1886 mennessä Nietzsche itse suhtautui teokseen varauksellisesti, ja hän julkaisi vuoden 1886 painoksessa esipuheen, jossa hän arvioi uudelleen joitakin keskeisiä huolenaiheitaan ja ajatuksiaan tekstissä. Tässä jälkikirjoituksessa Nietzsche viittasi tragedian syntyyn ” mahdottomana kirjana… huonosti kirjoitettu, pohdiskeleva, nolo, mielikuva-hullu ja kuva-sekava, sentimentaalinen, naisellisuuteen asti sakea, tempoltaan epätasainen, vailla halua loogiseen puhtauteen.”Silti hän puolusti” ylimielistä ja rapsodista kirjaa ”siitä, että se inspiroi” kanssarepsodisoijia ”ja houkutteli heitä” uusille salaisille poluille ja tanssipaikoille.”

vuonna 1888 Ecce Homossa Nietzsche oli taas iskussa. Hän puolustaa murhenäytelmän syntyä sanomalla: ”… on välinpitämätöntä politiikkaa kohtaan,—’epä-saksalaista’, käyttää nykyajan kieltä—se haisee loukkaavasti Hegeliläiseltä, ja Schopenhauerin ruumiillinen hajuvesi tarttuu vain muutamaan kaavaan. ”Idea” —antiteesi Dionysian ja Apollinianus—käännetty metafyysinen; historia itse tämän ’idean’ kehittäjänä; tragediassa tämä antiteesi sublimoituu ykseydeksi; tämän näkökulman alla asiat, jotka eivät olleet koskaan ennen kohdanneet toisiaan, yhtäkkiä rinnastetaan, käytetään valaisemaan toisiaan ja käsitetään… Esimerkiksi ooppera ja vallankumous.- Kirjan kaksi ratkaisevaa uudistusta ovat ensinnäkin sen ymmärrys kreikkalaisten keskuudessa vallitsevasta Dionysian ilmiöstä: ensimmäistä kertaa tarjotaan psykologista analyysia tästä ilmiöstä, ja sitä pidetään koko kreikkalaisen taiteen yhtenä juurena. Toinen on sokratismin ymmärtäminen: Sokrates tunnustetaan ensimmäistä kertaa Kreikan hajoamisen välineeksi, tyypilliseksi décadentiksi. ”Rationaalisuus” vaistoa vastaan. ’Rationaalisuus’ hinnalla millä hyvänsä vaarallisena voimana, joka jäytää elämää!- Syvä, vihamielinen hiljaisuus kristinuskosta koko kirjan ajan. Se ei ole Apollinialaista eikä Dionysialaista; se kumoaa kaikki esteettiset arvot—ainoat arvot, jotka ’tragedian synty’ tunnustaa: se on nihilistinen mitä syvimmässä merkityksessä, kun taas Dionysioksen symbolissa saavutetaan vahvistuksen lopullinen raja. On olemassa yksi viittaus kristittyihin pappeihin ’ilkeämielisinä kääpiöinä’, jotka ovat’ maanalaisia’…”

Thomas Mann viittaa romaaninsa Taikavuori nimessä katkelmaan tragedian synnystä, ja Nietzschen teoksen vaikutus näkyy romaanin hahmossa Mynheer Peepercornissa, joka ilmentää ”Dionysian periaatetta”.

Nietzschen ”ateistisen humanismin” kriittisen tutkimuksen yhteydessä vaikutusvaltainen katolinen teologi Henri de Lubac piti sitä ”nerokkaana teoksena” ja omisti tutkimuksestaan useita sivuja selittämään Nietzschen varhaisen ajattelun ja kristinuskon välistä suhdetta.