Katso myös: antiikin Kreikka

ensimmäinen kaupunki Troijan paikalla oli Wilusa, jonka perustivat heettiläiset 3.vuosituhannella eaa., jotka olivat ensimmäinen Anatolian alkuperäiskansa, joka nousi valtioksi pronssikaudella. Sijaitsee Hisarlık kukkula luoteiskärjessä Troadin niemimaan, oli selvää, että syy kaupungin olemassaolon ensinnäkin oli täydellinen valvonta Dardanellien, joka yhdessä Marmaranmeren ja Bosporinsalmen, tunnetaan tänään Turkin salmet, keskeinen reitti yhdistää Välimeren Mustallemerelle, ja jossa Euroopan ja Aasian maamassat ovat vain kivenheiton päässä toisistaan.

Spartan kuninkaan tyttären Helenan kaappaaminen Troijan prinssin Parisin toimesta herätti vihamielisyyttä troijalaisten ja akhaialaisten välillä Egeanmeren toiselta puolelta, tai näin tarina kertoo. Koska Akhaialaiset eivät kyenneet murtautumaan kaupungin puolustusmuureihin, he päättivät järjestää tempun: he tarjosivat troijalaisille lahjaksi valtavan puuhevosen hyvitykseksi siitä vaivasta, jonka he aiheuttivat sotakaleereillaan kaupungin rannalla. Troijalaiset hyväksyivät tarjouksen vilpittömästi, mutta tämä johti siihen, että he menettivät kaupunkinsa, sillä hevosen sisällä oli taisteluvalmiita akhaialaissotilaita ja nyt aivan kaupungin keskustassa.

käytiin Troijan sota, joka käytiin todennäköisesti 1100-luvulla eaa, ja näihin aikoihin heettiläinen Wilusa muutettiin Hellenistiseksi Illioniksi ja myöhemmin Troiaksi. Jostain syystä kaikki myöhemmät hyökkääjät kaikista suunnista, lukuun ottamatta Aleksanteri Suurta (jonka upseerit perustivat Aleksandrian Troaksen kaupungin Troijan etelärannikolle), suosivat kuitenkin koilliseen päin sijaitsevaa Bosporinsalmea Dardanellien sijaan mannertenvälisissä ylityksissään. Myös Rooman keisari Konstantinus I (k. 306-337) oli samaa mieltä ja perusti valtakuntansa uuden pääkaupungin Konstantinopolin Bosporinsalmen rannoille. Konstantinopolin kukoistaessa sen kilpailija Troija taantui, ja lopulta se katosi multakerrosten alle.

Bysantin valtakunnan ajoista lähtien Troijaa on luultu pelkäksi Homeroksen puhtaaksi mielikuvitukseksi, mutta vuonna 1868 saksalainen liikemies ja itsensä arkeologiksi julistanut Heinrich Schliemann todisti toisin saatuaan kolme vuotta aiemmin paikalla vierailleelta brittiläiseltä arkeologilta Frank Calvertilta vihjeen, että Troija voisi olla todellinen paikka Hisarlık-kukkulan alla. Koska Schliemannin kaivaukset olivat täysin amatöörimäisiä, ne vahingoittivat monien jäännösten eheyttä, mutta Schliemann sai kuitenkin haluamansa—hänen Kreikkalainen puolisonsa Sophia Schliemann on ikuistettu valokuvaan, jossa hänellä on yllään Hisarlıkin kukkulalta löydetyt aarteet (puna-armeija vei osan aarteesta myöhemmin Berliinistä Moskovaan toisen maailmansodan lopussa).

vaikka Schliemannin ajoista on kulunut lähes puolitoista vuosisataa, Troijaa ei ole vieläkään kaivettu kokonaan esiin, ja kaivaustyöt jatkuvat vielä tänäkin päivänä.

aikoinaan satamakaupunki Dardanellien syvän Lahden reunalla, nyt paikka sijaitsee 5 km rannikosta sisämaahan Scamander-joen (nykyinen Karamenderes) kuljettaman alluviaalisen aineksen ansiosta, joka täytti Lahden ja muutti sen hedelmälliseksi, tasaiseksi viljelysmaaksi, joka ulottui sen merelle saakka.

nykyturkin kielessä on taipumus siirtää paikan nimi Truvasta, joka kuvastaa paikan ranskankielisen nimen (Troie) ääntämystä, koska se oli turkkilaisen eliitin valitsema kieli 1950-luvulle asti, Troyaan, joka on lähempänä alkuperäistä kreikkalaista nimeä, vaikka molemmat voidaan yhä kuulla keskenään.