ensimmäisessä Fylogeneettisessä postauksessa hahmottelin joitakin fylogeneettisiä perusterminologioita käyttäen suklaapatukan fylogeniaa. Pääasia oli, että asettelu (aka – topologia) oksat ja solmut havainnollisti, miten candy bars (aka – taxa) olivat yhteydessä toisiinsa niiden ominaisuuksien perusteella (tässä tapauksessa candy muoto tai maku). Olet kuitenkin saattanut huomata useita väärennettyjä suhteita.

esimerkiksi (kuva 3A):
• ovatko York-Piparminttupihvit ja Kirsikkamuusi oikeasti siskotakseja vain siksi, että ne ovat pyöreitä?
* mikä yhdistää maapähkinä-ja kookoskladit sisarraksoiksi?
• onko maapähkinävoilla (Reecen Maapähkinävoikupit) sisar peanutsille (palkkapäivä) vai ”peanut butter-y” – täytteelle (Butterfinger)?
* mikä on ”Drops” – ja ”Flat Bar” – karkkien yhteinen esi-isä?

vastaus on, että osa alkuperäisen puun suhteista ei käy järkeen. Pakotin taksonin täysin kaksihaaraiseksi puuksi (Kuva 3A). Monitulkintaisuutta voidaan kuitenkin osoittaa siten, että puuta ei pakoteta bifurkaatioon ja polytomiat sallitaan puussa (kuva 3B). Polytomiat voivat tarkoittaa joko tietojen epävarmuutta tai tiedon puutetta. Sen havaitseminen, edustaako polytomia epävarmuutta vai tiedon puutetta, riippuu tutkijasta ja hänen systeemin ja datan tuntemuksestaan. Ne saattavat pystyä keräämään enemmän tietoja (ex – extra taksa tai enemmän luonteenpiirteitä ) ratkaista puu. Joitakin polytomioita ei kuitenkaan voida ratkaista, vaan ne heijastavat vain epävarmuutta, joka tutkijoiden on otettava huomioon, kun he etenevät analyyseissään.

ominaisuuksille annettu paino vaikuttaa bifurkaatiopuiden (Kuva 3A) ja polytomiapuiden (kuva 3B) väliseen eroon. Kun candy muoto tarkasteltiin (Kuva 3A), maku ryhmien taksa lähellä kärjet mutta muoto ryhmät klades lähempänä juurta. Kuitenkin, kun muotoa ei otettu huomioon, ryhmittelyt tehtiin vain maku ja ei ollut riittävästi tietoa täysin bifurkaatio puun lähellä juurta, koska jotkut kladit eivät jakaneet useita maku profiileja.

vaikka polytomiat saattavat olla turhauttavia, koska kaikkia taksonien välisiä suhteita ei kuvata, ne ovat hyvin todellinen osa fylogenioiden rakentamista ja tulkitsemista. Siksi polytomiat ovat myös todellinen osa evolutionaaristen mallien tulkintaa. (Voit nähdä monia polytomioita elämän puun poikki Tällä interaktiivisella verkkosivustolla.)