eräänä päivänä työkaveri piipahti työpöytäni luona kysymässä, mikä pesuaine ei rikkoisi ydinkalvoa. Aiemman kokemukseni perusteella, kun käytin hellävaraisia pesuaineita liukupuskureissa, vastasin: ”NP-40”. Meillä oli kuitenkin kaksi NP-40-merkkiä. Tarkempi tarkastelu datasheets paljasti, että kemialliset nimet olivat erilaisia, vaikka ne käyttivät samaa lyhennettä.

Lysähtäisikö jokin muu pesuaine yhtä makeaksi?

Jasin kollegoideni hämmästyneen katseen, kun olimme huomanneet, etteivät kaikki NP-40: t ole samanlaisia. Mutta olisiko sillä merkitystä? Yleensä nisäkkäiden soluja voidaan lysätä proteiinin uuttamiseksi puskureilla, kuten RIPA-puskurilla. Yleensä RIPA-puskuri sisältää NP-40: n kaltaista ionitonta pesuainetta, joka erottaa kokonaisia organelleja. Muita ionittomia pesuaineita ovat muun muassa Triton X-100, Triton X-114 ja Tween-20. Solutyypistä ja käyttötarkoituksesta riippuen käyttämäsi pesuainepitoisuus (yleensä 0,1 – 2%) voi johtaa sytoplasmapitoisuuden ja ydinsisällön saastumiseen. Jos tavoitteena on havaita lempiproteiinisi Kokosolulysaatista Western blotin avulla, suuremmat pesuainepitoisuudet ovat suotuisia. Kollegani halusi kuitenkin tehdä solujen alijakoa, erityisesti ydinreaktioita. Näiden näytteiden valmistaminen vaatii yleensä paljon pienempää pesuainepitoisuutta, jotta minimoidaan kalvon häiriöt ensimmäisessä liukenemisvaiheessa.

virhe vastauksessani kollegalleni oli se, etten ottanut täysin huomioon solujen hajoamisen toivottua lopputulosta. He halusivat arvioida proteiinin lokalisointia, eivät vain määrittää sen runsautta koko solussa. Oliko NP-40 oikea pesuaine tehtävään?

on käynyt ilmi, että lyhenne ”NP-40” voi viitata kahteen kemikaaliin seuraavista IUPAC-nimistä:

• Oktyylifenoksipolyetoksietanoli: katunimi IGEPAL™
• nonyylifenoksipolyetoksietanoli: katunimi Tergitol™

on syytä huomata, että näiden kahden kemikaalin välillä on vain yksi ero, joka on alkyyliryhmien lukumäärässä (lihavoituna. Tästä huolimatta, ja erot kadunnimissä, molemmissa pulloissa lukee yksinkertaisesti ”NP-40”.

mitä nimessä on?

tutkittuani vaikeasti määriteltävän termin ”NP-40” alkuperää sain selville, että nykyiset kaupallisesti saatavilla olevat NP-40-merkit ovat korvaavia lopetetun Shell Chemical Companyn Nonidet P-40: lle, joka usein lyhennetään NP-40: ksi. Shellin Nonidet P-40: n lopettamisen jälkeen muut yhtiöt, kuten Sigma-Aldrich ja PanReac AppliChem, alkoivat levittää ”nonidet P-40-korvikkeita”. Kaksi pääasiallista tavaramerkittyä nimeä nousi esiin: IGEPAL™ ja Tergitol™. Koska IGEPALILLA ja Shellin Nonidet P-40: llä on oktyylifenoksipolyetoksietanolin Kemiallinen nimi, IGEPAL muistuttaa kemiallisesti eniten lopetettua pesuainetta.

kun kaikki taustatieto on arsenaalissasi, palataan kollegani kysymykseen. Yleensä subsellulaarinen fraktiointi vaatii pesuainepitoisuuden niinkin vähän kuin 0,1% Nonidet P-40 (Olen nähnyt 0,05% on raportoitu julkaisuissa) ja tämä voi olla IGEPAL, Tergitoli tai mikä tahansa muu nonidet P-40-korvike. Parempi tapa vastata kollegani kysymykseen olisi siis ollut sanoa: ”suosittelen aloittamaan 0,1% Nonidet P-40: llä.”. Suosittelen myös dokumentoimaan nonidet P-40-merkin, jota hän päättää käyttää uusittavuustarkoituksiin. On olemassa empiiristä tietoa, joka huomioi tietyt tuotemerkit. Eräässä tällaisessa julkaisussa oli käytetty aikaa verrattaessa polymeroidun tubuliinin saantoja puskureissa, jotka sisälsivät eri nonidet P-40-merkkiä, mukaan lukien lopetettu merkki, pesuainepitoisuuksien määrittämiseksi. Juonipaljastus: nykyiset nonidet P-40-merkit eristävät polymeroidun tubuliinin tehokkaammin kuin lopetettu merkki!

Nimisekoilu: syyttäkää kemistejä!

tämä anekdootti toi mieleen toisen esimerkin, jossa laboratorioreagenssien nimet saattoivat hämmentää mieltä. Mitä eroa on proteaasin ja proteinaasin välillä? Kuten ”NP-40”: n tapauksessa, myös ”proteinaasi” – termin taustalla oleva tarina on johtanut kirjallisuudessa vain sekaannuksiin. Oletko kuullut proteinaasi K: sta? Proteinaasi K: n suosittu käyttökohde on DNA: n uuttamisessa. Miksi sitä ei kutsuta proteaasi K: ksi? Biochemical Journalin vuonna 1986 julkaiseman kirjeen mukaan ”proteaasi” on laajempi termi proteiinien selkärangan muodostavien peptidisidosten pilkkomiselle. Proteaasit voivat kuitenkin pilkkoa lyhyitä sekundaarirakenteita/peptidejä sekä tertiäärirakenteita/proteiineja (think Biochemistry 101). Siksi termi ”proteinaasi” syntyi tavaksi tunnistaa proteaasi, joka pilkkoo tertiäärirakenteisia proteiineja. Nykyisissä laboratorioissa puhutaan kuitenkin yleensä proteaaseista lukuun ottamatta esimerkiksi proteinaasi K: ta. Olisitte oikeassa, jos sanoisitte ”proteaasi K”, mutta silloin teidän voi olla vaikea löytää sitä mistään inventaariosta.

no, nouseeko oikea NP-40? Eminem näyttäisi etsivän joko lopetettua Shell Chemical Companyn merkkiä Nonidet P-40 tai IGEPAL. Erityistä sovellustasi varten kannattaisi kuitenkin kerätä lisää empiiristä tietoa siitä, mitä NP-40-merkkiä haluat käyttää. Itse toivoisin, että ”NP-40” poistettaisiin sanastostamme ja korvattaisiin oikealla ”Nonidet P-40”: llä, mutta tässä sitä ollaan – ”tomaatti” tai ”tomaatti”, luulisin!

1. Sinka S, kenttä JJ, Miller JH (2017). Korvaavien nonidet P-40 nonionisten pesuaineiden käyttö solunsisäisissä tubuliinipolymerointimäärityksissä mikrotubulusten kohdistusaineiden seulomiseksi. Cell Biol. 95: 379-384.
2. S. Maatalousministeriö (2015). Nonfenyylietoksylaatit. Washington, D. C.: Pesticide Research Institute, USDA National Organic Program.
3. Barrett AJ, McDonald JK (1986). Nimikkeistö: proteaasi, proteinaasi ja peptidaasi. Biochem J 237: 935.