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1978/79: Sept ans après le départ des Rockets pour Houston, la NBA est revenue à San Diego lorsque les Braves ont quitté Buffalo, changeant leur nom pour les Clippers. L’un des premiers grands mouvements des Clippers a été la signature de l’agent libre World B. Free, qui a terminé deuxième de la NBA en marquant avec 28,8 ppg. Randy Smith a également connu une saison solide, qui a connu sa quatrième saison consécutive de plus de 20 ppg alors que les Clippers ont présenté un dossier de 43-39. Cependant, ce ne serait pas suffisant pour l’une des six places éliminatoires dans la Conférence Ouest.

1979/80 : San Diego était en effervescence alors qu’ils signaient l’agent libre Bill Walton loin des Trailblazers de Portland. Walton, qui avait mené les Blazers à un championnat NBA seulement deux ans plus tôt, était une légende dans le sud de la Californie, menant UCLA au Titre national à deux reprises. De plus, il était un héros du lycée local à San Diego. Cependant, l’accord de rêve se transformerait rapidement en cauchemar car une blessure au pied limitait la rousse à seulement 14 matchs. Malgré la perte de Kermit Washington, Kevin Kunnert et un choix de premier tour en compensation, les Clippers ont eu un respectable 26-21 le 6 février alors que World B. Free a terminé deuxième avec 30,2 ppg, Free a été aidé par Swen Nater qui a mené la ligue au rebond à 15 rpg. Cependant, les Clippers ne gagneraient que huit matchs au cours des deux derniers mois, affichant un bilan décevant de 35-47. Après la saison, les Clippers enverraient World B. Gratuitement aux Warriors de Golden State pour Phil Smith.

1980/81: Sous le nouvel entraîneur Paul Silas, la saison des Clippers était terminée avant même de commencer, alors que Bill Walton a été contraint de rester toute la saison avec des problèmes de pied persistants. Les Clippers ne couleraient aucun avenir sans Walton, mais ils ont continué à manquer les séries éliminatoires en terminant à la 5e place avec un bilan de 36-46. Au cours de la saison, les Clippers seraient vendus à l’avocat de Beverly Hills et magnat de l’immobilier Donald Sterling.

1981/82: Lors de sa première saison complète en tant que propriétaire, Donald Sterling a commencé à faire pression sur la NBA pour lui permettre de déplacer l’équipe à Los Angeles, alors que les Clippers jouaient devant seulement 4 344 fans par match à San Diego. Les Clippers allaient sombrer à la dernière place avec un terrible dossier de 17-65, alors que Bill Walton a encore raté toute la saison. En plus de Walton, les Clippers ont perdu Swen Nater pour 61 matchs en raison d’une blessure au genou. Le seul point culminant d’une saison qui a également présenté une série embarrassante de 19 défaites a été le jeu de la recrue Tom Chambers, qui a mené l’équipe avec 17,2 ppg.

1982/83: Après deux saisons consécutives sur le banc, Bill Walton revient dans la formation, rejoignant une jeune équipe prometteuse dirigée par Tom Chambers, la recrue prometteuse Terry Cummings et Lionel Hollins, l’importante acquisition d’agent libre de l’équipe. Cependant, seuls Chambers et Cummings ont répondu aux attentes alors que les Clippers ont de nouveau sombré à la dernière place avec un dossier de 25-57. Terry Cummings remporterait les honneurs de Recrue de l’année avec 23,7 ppg. Cependant, les blessures limiteraient Bill Walton à 33 matchs et Lionel Hollins à 56.

1983/84: Avec Bill Walton restant un point d’interrogation, les Clippers ont fait plusieurs mouvements avant la saison, envoyant Tom Chambers aux Supersonics de Seattle pour le centre 7-2 James Donaldson. En outre, ils ont cédé Swen Nater et la recrue Byron Scott aux Lakers de Los Angeles pour le gardien Norm Nixon. Walton surprendra tout le monde en jouant 56 matchs alors que Terry Cummings a connu une deuxième saison solide avec 22,9 ppg. Cependant, les Clippers s’enfonceraient toujours au bas de la division Pacifique avec un dossier de 30-52. Après la saison, les Clippers mettraient le cap sur Los Angeles, dans les années qui ont suivi le déménagement des Clippers à Los Angeles, la NBA n’a même pas envisagé de revenir à San Diego.