Une nouvelle souche de coronavirus est apparue dans les élevages de visons danois. Depuis juin, des variantes liées au vison ont infecté plus de 200 personnes, dont une douzaine avaient une mutation appelée « Cluster 5 ». »Afin d’éviter une nouvelle propagation, le gouvernement danois a annoncé le 4 novembre que tous les visons du pays seraient tués, bien que le plan ait ensuite été suspendu face à l’opposition des législateurs. La crainte est que cette mutation ait le potentiel de diminuer l’efficacité des vaccins COVID-19 actuellement en cours de développement. Les informations sur les mutations publiées à ce jour ne corroborent pas cette affirmation. Néanmoins, on ne sait toujours pas quel effet ces mutations pourraient avoir.

Comme les furets et plusieurs autres animaux, les visons sont sensibles au SARS-CoV-2 et capables de le propager aux membres de leur propre espèce. En outre, ils peuvent également transmettre le virus à l’homme, comme l’ont démontré plusieurs cas aux Pays-Bas en juin dernier.

La variante danoise du coronavirus présente deux mutations qui, selon les rares informations disponibles à ce jour auprès du Statens Serum Institute de Copenhague, affectent la protéine de pointe que le virus utilise pour infecter les cellules. Selon les analyses de l’institut, les mutations diminuent l’efficacité des anticorps. Des chercheurs ont découvert en août que l’une des mutations désactive les anticorps dans le cocktail thérapeutique fabriqué par la société Regeneron, qui a été utilisé pour traiter le président américain Donald Trump.

Bien que certaines conclusions initiales puissent être tirées sur les caractéristiques fondamentales du nouveau coronavirus à partir d’études en laboratoire et d’analyses informatiques, elles ne nous disent pas comment le virus se comporte réellement chez l’homme.

Le SARS-CoV-2 se lie Déjà Très bien

Le défi de comprendre le comportement du SARS-CoV-2 est devenu évident lors des discussions autour d’une mutation précédemment identifiée appelée D614G, qui caractérise une souche virale dominante trouvée notamment en Europe et le long de la côte Est des États-Unis. On ne sait toujours pas si la transmissibilité élevée de cette souche observée en laboratoire se produit également dans les cellules des personnes vivantes.

Cela vaut également pour les deux mutations principales, qui, selon une équipe dirigée par Jesse Bloom du Fred Hutchinson Cancer Research Center, augmentent la capacité de la protéine spike à se lier aux récepteurs ACE2 humains. Comme l’a tweeté le laboratoire de Bloom début novembre, « Qu’est-ce que cela signifie pour la transmission ou la maladie humaine? Impossible à dire, mais probablement rien du moins pour la transmission. »Bloom dit qu’il n’y a aucune indication que le SARS-CoV-2 évolue vers une capacité de liaison accrue. La machinerie existante du virus fonctionne probablement suffisamment bien.

D’autres experts dans le domaine doutent également que les mutations trouvées chez les visons s’avèrent directement pertinentes pour la pandémie. Le généticien François Balloux de l’University College de Londres a tweeté que les mutations ne sont pas à craindre. En raison de leur taux de mutation déjà élevé, des variantes de ce type et d’autres sont probablement déjà apparues chez l’homme. S’ils offraient réellement un avantage significatif en termes de transmission, ils seraient devenus plus répandus il y a longtemps. À l’heure actuelle, l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) ne voit pas non plus de signes de risque élevé. Selon Soumya Swaminathan, scientifique en chef de l’OMS, qui s’exprimait vendredi depuis Genève, il y a déjà eu de nombreuses mutations du SRAS-CoV-2. « Il est trop tôt pour tirer des conclusions quant aux implications de ces mutations spécifiques » sur la transmissibilité, la gravité de la maladie, les symptômes cliniques, la réponse immunitaire ou l’efficacité potentielle du vaccin, dit-elle.

La situation peut être différente pour les « mutations d’évasion », qui permettent au virus d’échapper à une réponse immunitaire — et même de compromettre l’efficacité du vaccin. Selon Bloom, il est possible qu’une mutation ait un petit effet antigénique, ce qui signifie qu’elle affecte la liaison des anticorps produits par le vaccin. Mais sur la base de ses propres recherches, il ne croit pas qu’une telle mutation à elle seule diminuerait considérablement l’efficacité de la réponse immunitaire.

Trouver refuge chez les animaux

Les mutations ne sont cependant pas le seul problème soulevé par le vison infecté par le SRAS-CoV-2. Le problème le plus important est la possibilité pour le virus de se propager de manière indépendante dans les populations animales. Les chercheurs craignent que le vison et les espèces apparentées ne forment un « réservoir », fournissant un refuge permanent pour le virus. Cela compliquerait considérablement la bataille contre le SRAS-CoV-2. Par exemple, disons que le virus a été complètement éradiqué dans une région. Si, cependant, il continue d’être présent chez les animaux domestiques ou même les animaux domestiques, il pourrait réapparaître à tout moment comme à l’improviste.

Même s’il y a un approvisionnement suffisant en vaccin, il n’y en aura pas assez au début pour vacciner l’ensemble de la population, voire les groupes à haut risque. L’offre disponible doit donc être utilisée dans une campagne ciblée pour contenir le virus. La « vaccination en anneau », dans laquelle une sorte de mur de protection est créée autour de personnes connues pour être infectées en vaccinant leurs contacts et les contacts de leurs contacts afin que le virus ne puisse plus se propager, pourrait être une approche importante.

Ce serait une stratégie prometteuse si les cas de coronavirus diminuaient de manière significative l’été prochain, en particulier parce que seul un faible pourcentage de personnes infectées infectent réellement les autres. Cette observation explique pourquoi de nombreuses chaînes d’infection se détachent tout simplement d’elles-mêmes. Même sans vaccin, certains pays ont pu pratiquement éradiquer le virus en utilisant uniquement des mesures ciblées. Avec un vaccin, les chances d’arrêter la maladie augmenteraient également considérablement ailleurs.

La situation change cependant dès que le virus trouve refuge et s’établit chez les hôtes animaux. À ce stade, briser la chaîne de l’infection humaine ne suffit plus car les animaux peuvent provoquer de nouvelles épidémies. Ce scénario n’est pas du tout invraisemblable car, mis à part le vison, certaines autres espèces peuvent avoir une forte susceptibilité au virus. Et certains de ces animaux peuvent être la proie des chats, qui sont également vulnérables au SARS-CoV-2. À ce jour, les chats n’ont joué aucun rôle dans la pandémie, mais on ne sait pas ce qui pourrait se passer s’ils entrent en contact régulier avec des animaux sauvages infectés.

Cet article est initialement paru dans Spektrum der Wissenschaft et a été reproduit avec autorisation.

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Note de la rédaction (20/11/10): Spektrum der Wissenchaft a mis à jour cette histoire après avoir posté pour clarifier le nombre de personnes infectées par une nouvelle variante du coronavirus du vison.