Lee était un junior prometteur, représentant l’équipe d’Australie des moins de 19 ans. Il était boursier de l’AIS Australian Cricket Academy en 1990 et 1994 et était un contemporain du futur coéquipier international Adam Gilchrist. Il a joué pour la première fois en Nouvelle-Galles du Sud en 1993 et a été appelé pour l’équipe australienne d’un jour en 1995.

Bien qu’il ait été inclus dans les équipes de Coupe du Monde 1996 et 1999, il ne s’est vraiment imposé dans l’équipe que lors des séries Carlton et United de 1999-2000 avec l’émergence de son frère cadet, le lanceur rapide Brett Lee. Sa meilleure performance de bowling en ODI était 8.1–0–33–5 contre le Sri Lanka au MCG en 1999 lors de la série United du Carlton &.

Il a également connu une saison réussie avec le Somerset, marquant plus de 1 000 points en 1996, et le Worcestershire dans le championnat anglais des comtés.

En 2002, à seulement 29 ans, Lee se retire du cricket en raison de blessures au genou. Entre 1995 et 2001, il a joué 45 Matchs internationaux d’un Jour marquant 477 points et prenant 48 guichets.

Shane est publiquement considéré comme ayant une action de bowling similaire à celle de Nick ‘the Swan’ Dawson.