in de First Understanding Phylogenies post, schetste ik een aantal fundamentele fylogenetische terminologie met behulp van een candy bar fylogenie. Het belangrijkste punt is dat de lay – out (aka – topologie) van takken en knooppunten geïllustreerd hoe snoep bars (aka-taxa) waren gerelateerd aan elkaar op basis van hun eigenschappen (in dit geval snoep vorm of smaak). Echter, je hebt misschien gemerkt een aantal valse relaties.

bijvoorbeeld (figuur 3A):
• zijn York Pepermuntpasteitjes en kersenpuree echt zuster taxa alleen omdat ze rond zijn?*wat verenigt de pinda en kokosnoot clades als zuster taxa?in de pindaklade, is pindakaas (Reece ’s pindakaas Cups) zus van pinda’ s (PayDay) of “pindakaas-y” vulling (Butterfinger)?
* Wat is de gemeenschappelijke voorouder tussen “Drops ” en” Flat Bar ” snoepjes?

het antwoord is dat sommige relaties in de oorspronkelijke boom geen zin hebben. Ik dwong de taxa tot een volledig bifurcerende boom (figuur 3A). We kunnen echter dubbelzinnigheid tonen door de boom niet te dwingen om te splitsen en polytomieën op de boom toe te staan (figuur 3B). Polytomieën kunnen ofwel onzekerheid in de gegevens of een gebrek aan informatie vertegenwoordigen. Het is aan de onderzoeker en zijn kennis van het systeem en de gegevens om te bepalen of een polytomie onzekerheid of gebrek aan informatie vertegenwoordigt. Ze kunnen mogelijk meer gegevens verzamelen (ex – extra taxa of meer karaktereigenschappen) om de boom op te lossen. Sommige polytomieën kunnen echter niet worden opgelost en weerspiegelen simpelweg onzekerheid die onderzoekers moeten verantwoorden als ze verder gaan met hun analyses.

het gewicht dat aan de eigenschappen wordt gegeven, draagt bij tot het verschil tussen de tweezijdige bomen (figuur 3A) en de polytomie (figuur 3B). Wanneer snoep vorm werd overwogen (figuur 3A), smaak groepen taxa in de buurt van de tips, maar vorm groepen clades dichter bij de wortel. Echter, wanneer vorm niet werd beschouwd, groeperingen werden alleen gedaan door smaak en er was onvoldoende gegevens om volledig bifurcate de boom in de buurt van de wortel als sommige clades niet delen meerdere smaakprofielen.

hoewel polytomieën frustrerend kunnen zijn omdat alle relaties tussen taxa niet worden beschreven, zijn ze een zeer reëel onderdeel van het bouwen en interpreteren van fylogenieën. Daarom zijn polytomieën ook een echt onderdeel van het interpreteren van evolutionaire patronen. (Je kunt veel polytomieën zien over de boom van het leven op deze interactieve website.)