Lee ígéretes junior volt, aki az Ausztrál 19 éven aluli csapatot képviselte. 1990-ben és 1994-ben az AIS Australian Cricket Academy ösztöndíjasa volt, és a jövőbeli nemzetközi csapattárs, Adam Gilchrist kortársa volt. Először Új-Dél-Walesben játszott 1993-ban, majd 1995-ben behívták az Ausztrál egynapos csapatba.

annak ellenére, hogy bekerült az 1996-os és az 1999-es világbajnokság csapatába, csak az 1999-2000-es Carlton és United sorozatban mutatkozott be a csapatban, öccse, a gyors dobó Brett Lee megjelenésével együtt. A legjobb bowling teljesítmény ODI volt 8.1–0–33–5 Srí Lanka ellen az MCG-n 1999-ben a Carlton & Egyesült sorozat.

sikeres szezonja volt Somersetnél is, több mint 1000 futást ért el 1996-ban, Worcestershire pedig az angol megyei bajnokságban.

2002-ben, mindössze 29 éves korában, Lee térdsérülések miatt visszavonult a kriketttől. 1995 és 2001 között 45 egynapos válogatottban játszott, 477 futással és 48 kapuval.

Shane-t nyilvánosan úgy tekintik, mint aki hasonló bowling akcióval rendelkezik, mint Nick ‘The Swan’ Dawson.