Nel primo post Understanding Phylogenies, ho delineato una terminologia filogenetica di base utilizzando una filogenesi candy bar. Il punto principale è che il layout (aka – topologia) di rami e nodi illustrava come le barrette di caramelle (aka-taxa) fossero correlate l’una all’altra in base ai loro tratti (in questo caso forma o sapore di caramelle). Tuttavia, potresti aver notato una serie di relazioni spurie.

Per esempio (Figura 3A):
• Le polpette di menta piperita di York e la poltiglia di ciliegie sono davvero sister taxa solo perché sono rotonde?r• * Cosa unisce i cladi di arachidi e cocco come sister taxa?
* Nel clade delle arachidi, il burro di arachidi (le tazze di burro di arachidi di Reece) è sorella delle arachidi (PayDay) o del ripieno “peanut butter-y” (Butterfinger)?r• * Qual è l’antenato comune tra caramelle” Drops “e” Flat Bar”?

La risposta è che alcune delle relazioni nell’albero originale non hanno senso. Ho forzato il taxa in un albero completamente biforcante (Figura 3A). Tuttavia, possiamo visualizzare l’ambiguità non costringendo l’albero a biforcarsi e consentire politomie sull’albero (Figura 3B). Le politomie possono rappresentare incertezza nei dati o mancanza di informazioni. Discernere se un politomia rappresenta incertezza o mancanza di informazioni spetta al ricercatore e la loro conoscenza del sistema e dei dati. Possono essere in grado di raccogliere più dati (ex taxa extra o più tratti caratteriali ) per risolvere l’albero. Tuttavia, alcune politomie non possono essere risolte e riflettono semplicemente l’incertezza di cui i ricercatori devono tenere conto mentre avanzano con le loro analisi.

Il peso dato ai tratti contribuisce alla differenza tra gli alberi biforcanti (Figura 3A) e politomia (Figura 3B). Quando la forma della caramella è stata considerata (Figura 3A), il sapore raggruppa i taxa vicino alle punte, ma i gruppi di forma si avvicinano alla radice. Tuttavia, quando la forma non era considerata, i raggruppamenti erano fatti solo dal sapore e non c’erano dati sufficienti per biforcare completamente l’albero vicino alla radice poiché alcuni cladi non condividevano più profili di sapore.

Mentre le politomie possono essere frustranti perché tutte le relazioni tra taxa non sono descritte, sono una parte molto reale della costruzione e dell’interpretazione delle filogenie. Pertanto, le politomie sono anche una parte reale dell’interpretazione dei modelli evolutivi. (Puoi vedere molte politomie attraverso l’Albero della vita su questo sito web interattivo.)