La Chiesa di Times Square è stata fondata da David Wilkerson nel 1987. A quel tempo, Times Square era conosciuta come un centro di film X-rated, strip club, prostituzione, e la tossicodipendenza. Wilkerson ha aperto la chiesa in risposta a ciò che ha descritto come “le persone fisicamente indigenti e spiritualmente morte” che ha visto tra i protettori, fuggitivi e spacciatori di crack che popolavano la zona. La Chiesa di Times Square ha tenuto brevemente i suoi servizi nel Municipio sulla 43a strada a Manhattan e poi nel Nederlander Theatre sulla 41a strada.

Nel 1989 la chiesa è stata affittata l’ex Teatro Mark Hellinger. Nel 1991 ha acquistato il teatro per $17 milioni di dollari. Wilkerson descrisse la chiesa come una chiesa evangelica pentecostale guidata da tre pastori: David Wilkerson, suo fratello, Donald Wilkerson e Robert Phillips. Il Teatro è ancora l’attuale posizione della chiesa sulla 51st Street.

Nel 2001, il pastore fondatore David Wilkerson ha affidato la pastorizia senior a Carter Conlon, già pastore evangelico del Canada orientale e pastore associato alla Times Square Church dal 1994 al 2001. Ci sono anche ministri in visita e missionari che vengono a predicare da tutto il mondo. La chiesa pone l’accento sulla preghiera e ha anche una “preghiera durante la predicazione ministero”. Ci sono anche programmi di scuola superiore e giovani adulti per insegnare la verità e l’amore nella Parola di Dio.

Dal 2007 al 2009 la chiesa ha organizzato un evento chiamato Prayer in the Square, un raduno di preghiera che ha avuto luogo a Times Square.

Il 5 maggio 2020, Tim Dilena è diventato Pastore anziano, il terzo dalla fondazione della chiesa. Ha avuto un ” associazione per tutta la vita con il fondatore pastore David Wilkerson e ha predicato regolarmente presso la chiesa per molti anni.