Dopo essere stato tenuto in isolamento, Thomas viene finalmente rilasciato da Janson (soprannominato il “Rat Man”), che è l’assistente direttore di WICKED (World In Catastrophe Killzone Experiment Department). Janson dice ai Gladers (Gruppo A) e Gruppo B che la maggior parte del loro numero è immune al Flare, ma alcuni, di cui legge i nomi, non sono immuni, incluso Newt. Ai Gladers viene offerta la possibilità di rimuovere i chip di controllo mentale nelle loro teste e ripristinare i loro ricordi, ma a costo della capacità di Thomas di comunicare telepaticamente con Teresa e Aris. Solo Thomas, Minho e Newt scelgono di non sottoporsi all’intervento, in quanto non si fidano di WICKED, e Thomas non vuole sapere chi era quando ha contribuito a creare il labirinto. Tutti e tre scappano da WICKED con l’aiuto di Brenda e Jorge prima che i loro chip vengano rimossi.

Brenda e Jorge si rivelano lavorare per WICKED. Thomas inizialmente si sente tradito, ma Brenda lo convince a perdonarla. Poco dopo, i Gladers scoprono che tutti coloro che avevano subito il restauro della memoria li hanno abbandonati. Newt dà Thomas una nota e gli dice di aprirlo “quando è il momento giusto.”I cinque si recano quindi a Denver per trovare Hans, un ex ricercatore MALVAGIO che può rimuovere i loro chip di controllo mentale. Lì, un uomo in un abito nero li dirige verso un indirizzo, dove Gally li sta aspettando. Gally si è unito al gruppo ribelle il Braccio Destro e spiega che WICKED sta catturando ogni Immune che può trovare per preparare un altro ciclo delle Prove. Rivela anche che nelle città in decomposizione, molti vivono che soffrono del Flare ma prendono la droga illecita Bliss, che rallenta il funzionamento del cervello e aiuta ad alleviare il dolore che le manovelle sentono dal Flare.

Il gruppo trova Hans, che rimuove il chip di controllo di Minho. Tuttavia, WICKED usa il chip di Thomas per costringerlo a resistere alla procedura. Brenda, Jorge e Minho devono tenerlo premuto in modo che Hans esegua l’intervento. In seguito, il gruppo visita un caffè, dove una guardia di sicurezza arresta Thomas per venderlo ai cacciatori di taglie, che lo porteranno a WICKED. Janson interviene in un olografico, invia un veicolo della polizia per salvare Thomas, e gli dice che deve tornare a WICKED “per salvare Newt.”Thomas ei suoi amici scoprono in una nota che Newt è stato portato alle manovelle. Minho li convince ad andare al Denver Crank Palace per salvare Newt, dove corrompono le guardie per entrare. Quando incontrano Newt, ordina loro con rabbia di andarsene, e le altre Manovelle li inseguono. Thomas poi ricorda nota di Newt, lo legge, e scopre che aveva pregato Thomas di ucciderlo. Thomas si dispera per non aver letto la nota in precedenza.

Dopo essere tornato a Denver, Thomas vede che Newt ha ceduto al Flare. Thomas risponde alle suppliche di Newt sparandogli in testa come un atto di misericordia. Il gruppo scopre poi che Teresa e gli altri Immuni sono stati catturati. Dopo aver eliminato le guardie, scoprono che le guardie erano guidate da Vince, il capo del Braccio Destro, che spiega che si stanno infiltrando nel quartier generale di WICKED. All’interno, Thomas scopre come Janson ha cercato di usare il suo tentativo di “salvare Newt” per compilare i dati per la cura esaminando la struttura fisica del cervello di Thomas, che lo avrebbe ucciso. Thomas è costretto a iniziare la chirurgia cerebrale mortale, ma riesce a piantare un dispositivo che disabilita le armi di WICKED, che permette al braccio destro di iniziare a prendere d’assalto la struttura.

Thomas si sveglia per trovare una nota dal cancelliere Ava Paige, il capo di WICKED, che spiega che ci sono già abbastanza risorse dalle Prove per fare un progetto per la cura e quindi il suo cervello non è necessario, dopo tutto. Paige rivela la posizione degli Immuni ” venduti “dal braccio destro per ottenere l’accesso a WICKED, e dà indicazioni per un” luogo sicuro ” in cui Thomas dovrebbe prendere tutti loro. Thomas e i suoi amici rientrano nel Labirinto e trovano gli Immuni catturati. Tuttavia, imparano che il Braccio Destro intende distruggere, piuttosto che occupare, il quartier generale MALVAGIO. Le esplosioni scuotono il labirinto e i detriti che cadono uccidono alcuni degli Immuni che si trovano all’interno. Innescati dalla commozione, i Grievers escono dal magazzino, ma Teresa mostra a Thomas come spegnerli. Thomas trova una porta sul retro; che si rivela essere un appartamento Trans. Iniziano a radunare i bambini immuni attraverso il Trans piatto, ma prima che Thomas ei suoi amici possano fuggire, Janson e le guardie di sicurezza li mettono all’angolo. Iniziano una lotta che termina quando Thomas strangola Janson a morte. Tuttavia, Teresa muore anche per la caduta di detriti nel tentativo di salvare la vita di Thomas. Fuggendo dall’edificio, gli Immuni fuggono attraverso il piatto Trans che conduce a un paradiso lussureggiante.

L’epilogo è narrato da Paige. Lei rivela che dopo i brillamenti solari catastrofici, il bagliore è stato deliberatamente creato e rilasciato dal governo come una forma di controllo della popolazione. Tuttavia, il governo e i MALVAGI si trovarono incapaci di controllare la peste. Paige si rese conto che non sarebbero mai stati in grado di trovare una cura per il Flare e che gli sforzi di WICKED erano inutili. Si rese conto che l’unica speranza di prevenire l’estinzione dell’umanità era per gli Immuni di iniziare la propria società, lontano dal resto del mondo. Ha escogitato un piano con Brenda e Jorge per mandarli in un posto sicuro che potessero ripristinare la civiltà umana e così ha dichiarato: “WICKED is good.”