La procedura inizia facendo un lisato cellulare delle cellule di interesse. Questo lisato contiene polisomi, monosomi (composti da un ribosoma che risiede su un mRNA), le subunità ribosomiali piccole (40S negli eucarioti) e grandi (60S negli eucarioti), mRNA “libero” e una miriade di altri componenti cellulari solubili.

La procedura continua facendo un gradiente di saccarosio continuo di densità variabile in modo continuo in una provetta da centrifuga. Alle concentrazioni utilizzate (15-45% nell’esempio), il saccarosio non interrompe l’associazione dei ribosomi e dell’mRNA. La porzione del 15% del gradiente si trova nella parte superiore del tubo, mentre la porzione del 45% si trova nella parte inferiore a causa della loro diversa densità.

Una quantità specifica (misurata dalla densità ottica) del lisato viene quindi stratificata delicatamente sulla parte superiore del gradiente nel tubo. Il lisato, anche se contiene una grande quantità di materiale solubile, è molto meno denso del 15% di saccarosio, e quindi può essere mantenuto come uno strato separato nella parte superiore del tubo se questo viene fatto delicatamente.

Per separare i componenti del lisato, la preparazione viene sottoposta a centrifugazione. Questo accelera i componenti del lisato con molte volte la forza di gravità e quindi li spinge attraverso il gradiente in base a quanto “grandi” sono i singoli componenti. Le subunità piccole (40S) viaggiano meno nel gradiente rispetto alle subunità grandi (60S). I ribsomes degli anni ‘ 80 su un mRNA viaggiano ulteriormente (si noti che il contributo della dimensione dell’mRNA alla distanza percorsa non è significativo). I polisomi composti da 2 ribosomi viaggiano ulteriormente, i polisomi con 3 ribsomi viaggiano ancora più lontano e avanti e avanti. La” dimensione ” dei componenti è designata da S, l’unità svedberg. Si noti che uno S = 10-13 secondi e che il concetto di “grande” è in realtà una semplificazione eccessiva.

Dopo la centrifugazione, il contenuto del tubo viene raccolto come frazioni dall’alto (più piccolo, più lento) verso il basso (più grande, più veloce) e viene determinata la densità ottica delle frazioni. Le prime frazioni rimosse hanno una grande quantità di molecole relativamente piccole, come TRNA, singole proteine, ecc.