Nel 1885, dopo la caduta della sua impresa, il 35enne Reyes si arruolò nell’esercito per combattere nella guerra civile del 1885, e grazie al suo coraggio e alla sua abilità nella guerra fu promosso generale, poco dopo. Proprio nel bel mezzo della guerra, il presidente Rafael Nuñez gli diede la responsabilità di guidare le operazioni per riconquistare Panama come parte del territorio colombiano; la missione era originariamente sotto il comando del generale della divisione, Gral. Miguel Montoya, ma Reyes era quello al comando. Da Buenaventura fu avviata un’operazione marittima a Panama, in cui Reyes dovette recuperare un vecchio pontone dalla corrosione per compensare la mancanza di navi nella sua flotta, ed essere in grado di spostare le sue truppe; impresa nota come “l’avventura del pontone”. Quando la spedizione arrivò a Panamá, ristabilirono l’autorità civile e militare, e pochi giorni dopo tutta la presenza delle forze statunitensi lasciò l’istmo. Dopo che il ribelle panamense Azpurría si arrese davanti a loro, Reyes presiedette un consiglio di guerra parlato che portò all’esecuzione di Antoine Petricelli da Haiti e del giamaicano George Davis, alias “Cocobolo”, entrambi ritenuti responsabili della conflagrazione di Colón, Panama City.

Pedro Prestán, anche lui accusato della conflagrazione Colón, Panama, fu impiccato il 18 agosto, tre mesi dopo un consiglio di guerra guidato da Pedro Nel Ospina; tuttavia, tutta la responsabilità cadde su Reyes. Nel frattempo, il presidente Rafael Nuñez ha lavorato alla creazione di un’organizzazione ferma e centralizzata nello Stato.

Con la sconfitta dei liberali radicali e l’ascesa al potere del partito conservatore che cercava una nuova costituzione centralizzata di leggi, la Costituzione del 1863 fu abolita e guidata dal presidente Rafael Nuñez alla Costituzione del 1886, che sarebbe stata in regola per i prossimi cento anni. L ‘ 11 novembre 1885, quando fu istituita l’Assemblea Costituente Nazionale, Reyes ottenne un seggio, tuttavia la sua partecipazione alla Magna Carta fu in qualche modo sfortunata, a causa del fatto che Miguel Antonio Caro si oppose alla maggior parte delle sue mozioni.

Nel 1887 il governo affidò a Reyes un “compito riservato” in Europa: ottenere alcuni crediti e prestiti; compito che non ebbe successo, tuttavia, al suo ritorno, Nuñez lo nominò Ministro dello Sviluppo. Nel 1888 tornò alle sue attività personali e acquistò il ranch di Andorra, vicino a Tocaima, dove l’agricoltura gli restituì le sue ricchezze precedentemente perse. Nel 1890 fu eletto senatore e corse per la vicepresidenza della Colombia nel 1892, ma perse nei sondaggi. Cinque anni dopo prese parte alla guerra civile del 1895, e più tardi quell’anno, fu nominato ministro del governo dal presidente Miguel Antonio Caro, nonostante una vecchia inimicizia tra di loro che risaliva ai tempi dell’Assemblea Costituente.

Nel 1896, nei giorni in cui Reyes aveva la possibilità di essere candidato alla presidenza, Caro decise di mandarlo a Parigi come Ambasciatore della Colombia, il che lo tenne lontano dalla corsa presidenziale nelle elezioni presidenziali del 1898; e interferendo anche con il suo coinvolgimento nella Guerra dei Mille giorni.

Dal 1902 Reyes visse in Messico mentre organizzava e preparava tutto per le elezioni presidenziali del 1904.

Nel 1904, José Manuel Marroquín presidente gli diede il compito di mettere insieme un esercito di centomila volontari per combattere e riconquistare Panamá. Tre generali erano con lui in questa missione: Pedro Nel Ospina, Lucas Caballero e Jorge Holguín.

A causa delle informazioni di intelligence arrivate a Bogotà riguardanti il movimento e la disposizione di nuove navi da guerra STATUNITENSI nel Pacifico e nei Caraibi, l’approccio della Colombia si allontanò dalla belligeranza per un modo più diplomatico di fare le cose; il fatto che il Mayflower, il North American ammiraglia dell’Atlantico e altre dieci navi erano a guardia di entrambi gli oceani per impedire il Colombiano truppe di sbarco e proteggere la ribellione dell’istmo, ha fatto le cose propendere per la diplomazia e di evitare di andare in guerra contro gli U. S. A.

Colombiano Truppe sono stati autorizzati a sbarcare, grazie al Segretario di Stato, John Hay chi li ha autorizzati a mettere piede a Colón, ma non erano ammesse a far parte del Governo Provvisorio di Pensione per negoziare la devoluzione dell’istmo; da lì, si separarono per Washington.

A Washington, dopo aver appreso che il trattato Hay-Banu-Varilla con Panama era stato firmato, Reyes sciolse la commissione diplomatica e rinunciò a qualsiasi sforzo per impegnarsi in uno scontro militare contro gli Stati Uniti; da Washington, scrisse:

il 22 dicembre. Qualsiasi tipo di scontro armato con gli Stati Uniti deve essere evitato, non occupare il territorio panamense. Radunatevi a Panama, 40 vapori di guerra. Rischio imminente di guerra, Medellin, Bogotà situation situazione terribile.

Le truppe di Reyes aspettarono l’ordine del generale di marciare a Panamá.

Lo Stato di Panama si era separato dalla Colombia il 3 novembre 1903, durante l’amministrazione del presidente José Manuel Marroquín. Le truppe panamensi, aiutate da consiglieri militari e truppe provenienti dagli Stati Uniti d’America, avevano dichiarato la loro indipendenza. Questa azione fu sostenuta dal presidente Theodore Roosevelt, che aveva espresso interesse a costruire un canale interoceanico in questa regione strategica. C’era stato un trattato tra la Colombia e gli Stati Uniti d’America, il Trattato Hay–Herrán, firmato il 12 gennaio 1903, con il quale gli Stati Uniti avrebbero finanziato, diretto e supervisionato la costruzione del canale.

Nella corsa presidenziale del 1904, che non aveva candidati liberali, Reyes si candidò contro un altro conservatore; il generale Joaquín Fernando Vélez, al quale avrebbe poi battuto per una piccola differenza.