Lott fu scelto nel primo giro (8 ° assoluto) del Draft NFL 1981 dai San Francisco 49ers. Il livello di abilità dimostrato dal 6-foot, 203-pound standout è stato immediatamente riconosciuto, e fin dall’inizio del training camp ha avuto il lavoro come cornerback sinistro di partenza dei 49ers. Nella sua stagione da rookie nel 1981, fece registrare sette intercetti, aiutò i 49ers a vincere il Super Bowl XVI, e divenne anche il secondo rookie nella storia della NFL a tornare tre intercetti per touchdown. Il suo gioco eccezionale ha portato alla sua finitura secondo per rookie of the year onori, dietro New York Giants linebacker Lawrence Taylor.

Lott passò alla posizione di sicurezza nel 1985. Ha avuto la punta del dito mignolo sinistro amputato dopo la stagione 1985 quando è stato schiacciato mentre affrontava il running back Timmy Newsome, e un intervento chirurgico di innesto osseo non gli avrebbe permesso di iniziare la stagione 1986. Un infortunio lo mise da parte per le ultime due partite della stagione nel 1986, ma guidò ancora la lega con 10 intercetti in carriera, mentre registrò 77 tackle, tre fumble forzati e due sack sui quarterback. Nei suoi 10 anni con i 49ers, Lott li aiutò a vincere otto titoli di division e quattro Super Bowl: XVI (stagione 1981), XIX (1984), XXIII (1988) e XXIV (1989). Egli è uno dei cinque giocatori che erano su tutti e quattro 1980 49ers Super Bowl vince. Gli altri quattro sono il quarterback Joe Montana, il linebacker Keena Turner, il cornerback Eric Wright e il wide receiver Mike Wilson.

Dopo la sua carriera con San Francisco, Lott firmò come free agent nel 1991 con i Los Angeles Raiders e nel 1993 con i New York Jets. Nel 1991, guidò la lega in intercetti (8) per la seconda volta. Lott firmò un contratto da free agent con i Kansas City Chiefs nel 1995, ma si infortunò nella preseason. Tornò ai 49ers nel 1995, ma gli infortuni che aveva subito nelle precedenti quattro stagioni continuarono ad affliggerlo, e annunciò il suo ritiro prima dell’inizio della stagione. È stato eletto nella Pro Football Hall of Fame nel 2000, il suo primo anno di eleggibilità, ed è stato anche nominato nella squadra del 75 ° anniversario della NFL nel 1994 e nella squadra del 100 ° anniversario nel 2019.

Nelle sue 14 stagioni nella NFL, Lott registrò 8,5 sack e 63 intercetti, ritornando per 730 yard e cinque touchdown. Recuperò 17 fumble, li restituì per 43 yard e guadagnò 113 yard sui ritorni di kickoff. Lott ha anche giocato in 20 partite postseason, registrando nove intercetti, 89 placcaggi, un fumble forzato, un recupero fumble, e due touchdown. Inoltre, è stato nominato All-Pro otto volte, All-NFC sei volte e All-AFC una volta. Al di là delle statistiche, Lott aveva una straordinaria consapevolezza di come si stava sviluppando un gioco, che gli ha permesso di rompere i passaggi e guadagnarsi la reputazione di uno dei placcatori in campo aperto più difficili ed efficienti nella storia della lega.