Poiché Saginaw Bay è meno profonda e più calda del bacino principale del lago Huron, anche la sua comunità ittica è diversa. Sia la pesca ricreativa che quella commerciale operano nella baia di Saginaw. Walleye e pesce persico giallo sono le specie sportive primarie, mentre la pesca commerciale si rivolge principalmente lago coregone e pesce persico giallo. La pesca commerciale è uno stato del Michigan pesca licenza al contrario di pesca a base tribale che operano in altre parti del lago Huron. La pesca ricreativa è diventata più importante nell’ultima metà del 20 ° secolo. Prima di ciò, la pesca della baia era quasi interamente commerciale. Come gran parte dei Grandi Laghi, la pesca crollò o divenne gravemente degradata intorno alla metà del 20 ° secolo. Ciò è stato attribuito principalmente al degrado dell’habitat (costruzione di dighe, sedimentazione delle aree di riproduzione off shore), all’inquinamento, all’eutrofizzazione culturale e agli effetti delle specie invasive. Lo sfruttamento relativamente intenso della pesca commerciale che operava al momento probabilmente accelerato il declino, ma non è stato creduto di essere la causa principale dal momento che avevano operato lì dalla fine del 17 ° secolo.

La ripresa della pesca è iniziata dopo il passaggio di una legislazione sull’acqua pulita come il Clean Water Act e il Great Lakes Clean Water Pact. La pesca walleye ha iniziato una rinascita nei primi anni 1980, quando il Dipartimento delle Risorse Naturali del Michigan ha avviato un programma di stoccaggio fingerling. La pesca sportiva presto si è ripresa, ma la pesca commerciale per walleye che è stata formalmente chiusa nel 1970, è rimasta chiusa. Dal 1986 al 2002, il raccolto della pesca ricreativa è stato in media di 80.000 walleyes all’anno, ma dipende dall’incubatoio, con l ‘ 80% del raccolto costituito da pesci da incubatoio. Un profondo cambiamento della rete alimentare nel lago Huron ha avuto luogo nel 2003 con la quasi scomparsa dell’invasiva alewife. Le Alewives usavano le acque vicine alla riva di Saginaw Bay come terreni di riproduzione e vivaio ed erano un formidabile predatore e concorrente sugli avannotti percidi (walleye e yellow persico) appena nati. In assenza di alewives, walleye e giallo pesce persico successo riproduttivo notevolmente aumentato. Il Dipartimento delle Risorse Naturali del Michigan ha interrotto lo stoccaggio nel 2006 e gli obiettivi di recupero dei walleye sono stati formalmente raggiunti nel 2009. Il raccolto ricreativo da allora ha variato da circa 150.000 all’anno fino a 350.000 all’anno. Il Dipartimento delle Risorse Naturali del Michigan ha liberalizzato walleye recreational harvest (limite di possesso giornaliero più elevato e limite di lunghezza minima inferiore) in 2015. Sebbene anche il pesce persico giallo abbia beneficiato dell’assenza di alewives con maggiore successo riproduttivo, il numero di adulti è diminuito ed è rimasto depresso. Ciò è dovuto ad un alto tasso di mortalità nel loro primo anno di vita, che si ritiene sia predazione da walleye e altri predatori.

Altre specie storicamente importanti nella baia di Saginaw includono lo storione del lago e il cisco (lake herring). Fino alla metà del 20 ° secolo, Saginaw Bay ha sostenuto un enorme pesca commerciale cisco. Sono diminuiti in gran parte del lago e non si sono ripresi nella baia di Saginaw. Nel 2017 è stato avviato un programma di stoccaggio di cisco fingerling volto a ripristinare una popolazione riproduttiva nella baia, un esercizio congiunto da parte del Servizio Fish and Wildlife degli Stati Uniti, del Dipartimento delle risorse naturali del Michigan e di altre agenzie partner della Commissione per la pesca dei Grandi Laghi. Lago storione, che depongono le uova principalmente nei fiumi, sono anche oggetto di uno sforzo di ripopolamento guidato dal Michigan Department of Natural Resources, con piantagioni che si svolgono nel sistema fluviale Saginaw.