Un giorno, un collega si fermò dal mio banco di lavoro per chiedere quale detergente non avrebbe rotto la membrana nucleare. Sulla base della mia precedente esperienza con detergenti delicati nei buffer di lisi, ho risposto “NP-40”. Tuttavia, abbiamo avuto due marche di NP-40. Uno sguardo più attento alle schede tecniche ha rivelato che i nomi chimici erano diversi anche se usavano lo stesso acronimo.

Sarebbe un detergente con qualsiasi altro nome Lyse come dolce?

Ho condiviso l’aspetto sorpreso dei miei colleghi una volta scoperto che non tutti gli NP-40 sono uguali. Ma farebbe la differenza? In generale, le cellule di mammifero possono essere lisate per l’estrazione di proteine con tamponi come il tampone RIPA. Di solito, RIPA buffer contiene un detergente non ionico come NP-40 che separerà organelli interi. Altri detergenti non ionici disponibili includono Triton X-100, Triton X-114 e Tween-20. A seconda del tipo di cellula e dell’applicazione, la concentrazione di detersivo che si utilizza (generalmente 0,1 – 2 %), potrebbe causare la contaminazione dei contenuti citoplasmatici e dei contenuti nucleari. Se il vostro obiettivo è quello di rilevare la vostra proteina preferita in un intero lisato cellulare da Western blot, concentrazioni più elevate di detersivo sono favorevoli. Tuttavia, il mio collega voleva condurre frazionamenti subcellulari, in particolare estrazioni nucleari. Le preparazioni di questi campioni tendono a richiedere una concentrazione molto più bassa di detergente per ridurre al minimo le interruzioni della membrana nella fase iniziale di lisi.

L’errore nella mia risposta al mio collega è stato che non ho preso in piena considerazione il risultato desiderato della lisi cellulare. Volevano valutare la localizzazione della proteina, non solo per determinarne l’abbondanza nell’intera cellula. Comunque NP l’NP-40 era il detergente giusto per il lavoro?

Si scopre che la sigla “NP-40” può fare riferimento a due sostanze chimiche, dei seguenti nomi IUPAC:

• Octylphenoxypolyethoxyethanol: nome della via IGEPAL™
• Nonylphenoxypolyethoxyethanol: nome della via Tergitol™

vale la pena notare che c’è solo una differenza tra le due sostanze chimiche, che è il numero di gruppi alchilici (in grassetto). Nonostante questo, e le differenze nei loro nomi delle strade, entrambe le bottiglie dicono semplicemente “NP-40”.

Cosa c’è in un nome?

Dopo aver fatto ricerche sull’origine del termine sfuggente “NP-40”, ho scoperto che gli attuali marchi NP-40 disponibili in commercio sono considerati sostituti del Nonidet P-40 della Shell Chemical Company, che è spesso abbreviato in NP-40. Dopo l’interruzione del Nonidet P-40 di Shell, altre aziende come Sigma-Aldrich e PanReac AppliChem hanno iniziato a distribuire quelli che sono soprannominati “sostituti Nonidet P-40”. Sono emersi due nomi principali con marchio registrato: IGEPAL™ e Tergitol™. Poiché IGEPAL e Nonidet P-40 della Shell hanno il nome chimico di octylphenoxypolyethoxyethanol, IGEPAL è il più chimicamente simile al detersivo interrotto.

Con tutte le conoscenze di base del tuo arsenale, è tornato alla domanda del mio collega. Generalmente, il frazionamento subcellulare richiederà una concentrazione detergente di appena 0.1% Nonidet P-40 (ho visto 0.05% essere riportato nelle pubblicazioni) e questo potrebbe essere IGEPAL, Tergitol, o uno qualsiasi degli altri sostituti Nonidet P-40. Quindi, un modo migliore per rispondere alla domanda del mio collega sarebbe stato dire: “Consiglierei di iniziare con 0.1% Nonidet P-40.”. Consiglierei anche di documentare il marchio di Nonidet P-40 che decide di utilizzare per scopi di riproducibilità. Ci sono dati empirici che notano i marchi specifici. Una di queste pubblicazioni aveva avuto il tempo di confrontare le rese di tubulina polimerizzata in tamponi contenenti diverse marche di Nonidet P-40, incluso il marchio fuori produzione, per determinare le potenze detergenti. Allarme spoiler: le attuali marche di Nonidet P-40 sono più efficaci nell’isolare la tubulina polimerizzata rispetto al marchio interrotto!

Confusione del nome: dai la colpa ai chimici!

Questo aneddoto mi ha ricordato un altro esempio in cui i nomi dei reagenti di laboratorio potrebbero sconvolgere la mente. Continuando sul tema della lisi cellulare, qual è la differenza tra una proteasi e una proteinasi? Come nel caso di “NP-40″, la storia dietro il termine” proteinasi ” ha portato solo a confusione in letteratura. Hai sentito parlare della proteinasi K? Un uso popolare per la proteinasi K è nell’estrazione del DNA. Perché non si chiama proteasi K? Secondo una lettera del 1986 del Biochemical Journal, “proteasi” è un termine più ampio per la scissione dei legami peptidici, che costituiscono la spina dorsale delle proteine. Tuttavia, le proteasi possono fendere brevi strutture secondarie / peptidi e strutture terziarie / proteine (si pensi alla biochimica 101). Pertanto, il termine “proteinasi” è emerso come un modo per identificare una proteasi che scinde le proteine strutturate terziarie. Tuttavia, i laboratori attuali tendono a parlare di proteasi ad eccezione, ad esempio, della proteinasi K. Avresti ragione se dicessi “proteasi K”, ma potresti avere difficoltà a trovarlo in qualsiasi inventario.

Quindi, il vero NP-40 si alzerà? Sembra che Eminem stia cercando il marchio della Shell Chemical Company di Nonidet P-40 o IGEPAL. Tuttavia, per la tua applicazione specifica, varrebbe la pena raccogliere più dati empirici sulla marca di NP-40 che vorresti usare. Personalmente, preferirei che” NP-40 “fosse eliminato dal nostro vocabolario per essere sostituito dal legittimo “Nonidet P-40″, ma eccoci qui – ” pomodoro “o” Pomodoro”, immagino!

1. Sinka S, Campo JJ, Miller JH (2017). Uso di detergenti non ionici sostitutivi Nonidet P-40 in saggi di polimerizzazione intracellulare della tubulina per lo screening di agenti mirati ai microtubuli. Biol cellulare. 95: 379-384.
2. S. Dipartimento dell’Agricoltura (2015). Nonfenil etossilati. Washington, DC: Pesticide Research Institute, USDA National Organic Program.
3. Barrett AJ, McDonald JK (1986). Nomenclatura: proteasi, proteinasi e peptidasi. Biochem J 237: 935.