Precedentemente noto come Savannah Cardinals, la squadra ha giocato la loro stagione inaugurale nel 1984, affiliato con i St. Louis Cardinals. Nel 1996, la squadra cambiò il suo nome in Sand Gnats, e divenne un affiliato dei Los Angeles Dodgers. La squadra è stata affiliata ai Texas Rangers dal 1998 al 2002 e ai Montreal Expos/Washington Nationals dal 2003 al 2006.

I Sand Gnats giocarono le loro partite casalinghe al Grayson Stadium. Inaugurato nel 1927, il Grayson Stadium ospitava 4.700 fan durante il suo periodo come la casa dei Sand Gnats. I moscerini della sabbia hanno vinto quattro campionati SAL(1993, 1994, 1997, 2013).

L ‘ 11 gennaio 2007, i Sand Gnats nominarono Tim Teufel come manager per la stagione 2007.

L ‘ 8 maggio 2007, Jorge Reyes, un lanciatore dei Sand Gnats, fu sospeso per aver violato la politica di abuso di sostanze della Minor League Baseball. Reyes è stato il primo giocatore a ricevere una sospensione di 100 partite per la sua seconda violazione.

Il 20 marzo 2008, Hardball Capital con sede ad Atlanta ha acquistato i Savannah Sand Gnats.

Tra i loro allievi di rilievo ci sono Adrián Beltré, Jacob DeGrom, Éric Gagné, Edwin Encarnación, Michael Fulmer, Travis Hafner, Hank Blalock, Steven Matz, Collin McHugh, Brandon Nimmo, Josh Whitesell, Josh Satin e Ryan Zimmerman.