Lee era un promettente junior, rappresentando la squadra under-19 dell’Australia. Era un titolare di borsa di studio AIS Australian Cricket Academy nel 1990 e 1994 ed era un contemporaneo del futuro compagno di squadra internazionale Adam Gilchrist. Ha giocato per la prima volta nel New South Wales nel 1993 ed è stato convocato per la squadra australiana one day nel 1995.

Nonostante sia stato incluso nelle squadre di Coppa del Mondo 1996 e 1999, si è affermato nella squadra solo nella serie Carlton e United 1999-2000 insieme all’emergere di suo fratello minore, il veloce bowler Brett Lee. La sua migliore prestazione di bowling in ODI era 8.1–0–33–5 contro lo Sri Lanka a MCG nel 1999 durante la Carlton & United Series.

Ha anche avuto una stagione di successo con Somerset, segnando oltre 1.000 corse nel 1996, e Worcestershire nel campionato della contea inglese.

Nel 2002 all’età di soli 29 anni, Lee si ritirò dal cricket a causa di infortuni al ginocchio. Tra il 1995 e il 2001 ha giocato 45 internazionali di un giorno segnando 477 corse e prendendo 48 wickets.

Shane è pubblicamente considerato come avere un’azione di bowling simile a quella di Nick ‘the Swan’ Dawson.