Southeastern University è stata fondata nel 1935 a New Brockton, Alabama da Assemblee di Dio Alabama Distretto sovrintendente J. C. Thames e altri leader del distretto del sud-est come Alabama Shield of Faith Institute. Nel 1936 fu ribattezzato South-Eastern Bible Institute (SEBI). Originariamente situato in un ex edificio scolastico a New Brockton, Alabama, ha aperto le sue porte agli studenti il 4 novembre 1935, sotto la direzione di quattro membri della facoltà. Due anni dopo, nel maggio 1937, si tennero i primi esercizi di laurea. Diciassette studenti hanno ricevuto diplomi per il programma accademico biennale.

SEBI continuò le lezioni a New Brockton fino al 1940 quando fu presa la decisione di consolidare la scuola con il Beulah Heights Bible Institute di Atlanta, Georgia. La scuola era conosciuta dal 1940 al 1942 come Beulah Heights—South-Eastern Bible Institute. Nell’autunno del 1942, i sovrintendenti distrettuali dei distretti sudorientali accettarono l’invito del Rev. Ralph Byrd e della sua congregazione di spostare la scuola in un’altra località di Atlanta dove fu nuovamente ribattezzata SEBI. Nel 1946, il consiglio di amministrazione della scuola votò per garantire una sede permanente per il pieno sviluppo della scuola. Una nuova sede del campus è stato acquistato nello stesso anno a Lakeland, Florida. Il campus di Atlanta è stato venduto, e lo sviluppo del nuovo sito ha avuto inizio. La crescita del corpo studentesco è continuata nel nuovo campus della Florida centrale insieme al programma accademico.

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SEBI divenne Sud-Orientale, che Bible College nel 1956, quando la scuola ha iniziato ad offrire quattro anni, laurea programmi. Dopo aver aggiunto i gradi di istruzione, il consiglio di amministrazione del college cambiò il nome della scuola in Southeastern College of the Assemblies of God nel 1977. Nel 1986, Southeastern è stato concesso l’accreditamento regionale dalla Southern Association of Colleges and Schools Commission on Colleges. L’accreditamento è stato riaffermato nel 1991, 2001 e 2011. Nel 2005, Southeastern College divenne ufficialmente Southeastern University, e ha iniziato ad offrire i suoi primi programmi di laurea di master, e formò i collegi delle arti e delle scienze, affari, ministeri cristiani e religione, e l’istruzione. Da allora, l’università ha anche formato i collegi di scienze comportamentali e sociali e scienze naturali e della salute. Nel 2014, ha iniziato il suo primo programma di dottorato, l’EdD.

Nel 2011, Southeastern ha intrapreso diverse iniziative che hanno portato a una rapida crescita. Da 2.500 studenti nel 2012, la scuola si è espansa a 4.538 nell’autunno del 2015, un tasso di crescita del 78% dal 2011. Nel 2012 Southeastern ha approvato l’aggiunta di un programma infermieristico e l’aggiunta di una squadra di calcio del college. L’espansione del calcio includeva la costruzione di uno stadio che poteva ospitare 3.500 spettatori e un centro di preparazione atletica. La squadra di calcio Southeastern Fire ha giocato la sua prima partita in casa nell’autunno del 2014. Inoltre, nel 2014, la scuola ha aperto nuove strutture di baseball e calcio. Nel 2015 è iniziata la costruzione di diversi nuovi edifici accademici, un nuovo complesso sportivo tra cui una palestra e una pista a 8 corsie. Nell’autunno del 2015, Southeastern ha aperto un nuovo edificio di scienze naturali e della salute di 27.000 piedi quadrati. La nuova struttura comprende un auditorium, laboratori di chimica, laboratori informatici, sale per esami, sale per la cura dei pazienti e un laboratorio di simulazione infermieristica. L’estate del 2015 ha visto la demolizione della Spence Hall, del Lindsey Science Building e della Music Hall per far posto alla struttura Live/Learn, nota come Buena Vida. La struttura di 125.000 piedi quadrati è stata completata nell’autunno del 2016 e comprende aule, uffici di facoltà, alloggi per studenti e una food court. Il primo segmento di Buena Vida, la sala corale e Prove, ha aperto a settembre. Il costo totale del programma di espansione sarà tra $25 e million 50 milioni.

Southeastern offre 55 gradi di bachelor, 16 gradi di master e due gradi di dottorato. Dal momento che il presidente Kent J. Ingle è venuto a sud-est in 2011, l’università ha lanciato 80 siti di estensione in tutta la nazione, un aumento rispetto ai siti di estensione 50 dell’anno precedente. I siti sono in 29 stati, tra cui Florida, che ha 19. I gradi offerti presso i siti includono una varietà di socio, bachelor, e un master in ministero e leadership.