Crocodylus intermedius è una specie di coccodrillo sono più a rischio di estinzione. La popolazione conosciuta più importante di questa specie è nel sistema fluviale di Cojedes (SRC), Venezuela, un’area sotto forte pressione umana. Sulla base dei conteggi notturni, la popolazione del coccodrillo dell’Orinoco nell’SRC è stata stimata in un minimo di 547 individui (esclusa la prole). Le sezioni nella parte centrale della SRC, in particolare verso la fine di Caño de Agua, hanno mostrato i più alti indici di popolazione (7,3 ind/km). Indici di popolazione intermedi sono stati osservati in Cojedes Norte e Caño de Agua Norte (2,2 e 4,4 ind/km, rispettivamente), sezioni del SRC relativamente vicine a importanti centri urbani e, relativamente, alti livelli di alterazione dell’habitat e inquinamento. Gli indici di popolazione più bassi (<1.0 ind/km) sono stati osservati in sezioni navigabili del SRC lontano dai grandi centri urbani. La popolazione di coccodrilli nelle sezioni settentrionali della SRC era dominata da giovani, mentre sub-adulti e adulti rappresentavano una frazione significativa della popolazione in luoghi con densità di coccodrillo relativamente elevate.