Nel 1999, Gabriel Logan e il suo partner Lian Xing indagano su una serie di focolai biologici innescati dal terrorista internazionale Erich Rhoemer. Quando il collega agente Ellis perde il contatto durante una missione in Costa Rica, l’Agenzia top secret invia Gabe e Lian per trovarlo. Scoprono che Ellis è morto, e la sospetta operazione di droga di Rhoemer è una copertura per l’operazione virale. Un altro focolaio in Nepal porta a più domande quando una persona infetta che avrebbe dovuto perire in qualche modo è sopravvissuta.

Prima che l’Agenzia possa perseguire Rhoemer, attacca Washington, DC e minaccia di far esplodere bombe virali sparse per la città. Gabe combatte diversi terroristi, tra cui Mara Aramov, mentre segue la scia di bombe attraverso le strade della città, metropolitane, Washington Park e infine Freedom Memorial dove deve incenerire esperto di munizioni Anton Girdeux per fermare la minaccia finale. L’indagine di Gabe lo porta a un nuovo vantaggio da PharCom, una multinazionale farmaceutica e biotecnologica guidata da Jonathan Phagan. La piantagione costaricana stava crescendo composti di PharCom, il che significa che Phagan e Rhoemer stavano cooperando. Al PharCom Exposition Centre, Gabe accompagna Phagan ad un incontro con Aramov e Edward Benton, un apparente turncoat dell’Agenzia che ha assistito Rhoemer durante l’attacco di Washington DC.

Dopo che Gabe elimina Benton, salva Phagan dall’assassinio solo per farlo fuggire. Mara Aramov, ora in custodia, aveva tentato di localizzare i laboratori del virus della PharCom. Gabe deve mettere da parte la caccia a Phagan per distruggere la base di Rhoemer in Kazakistan. Durante il suo incarico, Rhoemer apparentemente uccide Lian, ma il direttore dell’Agenzia Thomas Markinson salva Gabe. Markinson dà Gabe un rapporto sul virus chiamato Syphon Filter, un’arma biologica che si può programmare a livello genetico per indirizzare specifici gruppi di persone. Markinson ordina a Gabe di infiltrarsi nella roccaforte di Rhoemer in Ucraina per iniettare ai soggetti del test un vaccino e localizzare Phagan, che ora è prigioniero di Rhoemer. Nelle catacombe, Phagan dice a Gabe che Lian è vivo e si riuniscono. Lian è stato infettato con filtro sifone, e lei dice che non esiste una cura universale.

Mara Aramov arriva per sparare a Phagan, ma convince Gabe e Lian che è venuta ad aiutare. I tre si recano ai magazzini di PharCom nella speranza di impedire a Rhoemer di lanciare un missile. Lian rivela che il siero Gabe iniettato nei soggetti del test era in realtà una sostanza chimica letale, e Markinson li stava facendo uccidere. Usando i combattimenti tra i terroristi di Rhoemer e il personale di sicurezza di Phagan per coprire il suo inserimento, Gabe scende in un silo e cerca i codici di detonazione del missile.

Trova Markinson, che ammette che l’Agenzia era in realtà in combutta con Black Baton per tutto il tempo. Rhoemer lavorava per Markinson, poiché quest’ultimo voleva che il virus fosse in possesso dell’Agenzia. Non ha mai permesso l’attacco missilistico, ma prima di poterlo fermare, Rhoemer uccide Markinson con un colpo alla testa. Gabe deve raggiungere il centro di controllo del missile in tempo e distruggerlo. Infuriato, Rhoemer ingaggia Gabe in un combattimento finale, ma viene ucciso con una granata a gas.

La loro missione completata, Gabe e Lian chiamano l’US Army Chemical and Biological Defense Command (CBDC) per mettere in sicurezza l’area. Non sanno fino a che punto Markinson stava collaborando con Rhoemer e Phagan, ma Gabe crede che potrebbero non saperlo mai. In una scena post-crediti, Aramov si avvicina a un uomo misterioso all’interno della sede dell’Agenzia e sussurra qualcosa nel suo orecchio. Si congratula con lei, mentre la fotocamera si tira indietro per mostrare scatole PharCom in ufficio.