Nel 1868, la città medievale di Edo, sede del governo Tokugawa, fu ribattezzata Tokyo, e gli uffici della Prefettura di Tokyo (-fu) furono aperti. L’estensione della prefettura di Tokyo era inizialmente limitata all’ex città di Edo, ma rapidamente aumentata per essere paragonabile all’attuale metropoli di Tokyo. Nel 1878, il governo Meiji riorganizzazione dei governi locali suddivisi prefetture nelle province o distretti (pistola, ulteriormente suddivisi in città e villaggi, poi riorganizzati simili a Prussiano distretti e quartieri o rioni (ku), che sono state ordinario prefetture delle città intera, ad esempio, l’odierna Città di Hiroshima (shi), è stato poi Hiroshima-ku; tre principali città di Tokyo, Osaka e Kyoto ciascuno sono stati suddivisi in vari reparti. Nella prefettura di Tokyo, questo ha creato 15 reparti (elencati di seguito) e sei contee/distretti.

Nel 1888, il governo centrale creò il quadro giuridico per l’attuale sistema di città (shi) che garantiva alcuni diritti di autonomia locale di base – con alcune somiglianze con il sistema di autogoverno locale della Prussia, poiché il consigliere del governo Meiji Albert Mosse influenzò pesantemente l’organizzazione del governo locale. Ma sotto uno speciale regolamento imperiale, la città di Tokyo, come la città di Kyoto e la città di Osaka, inizialmente non mantenne un sindaco separato; invece, il governatore (nominato) della prefettura di Tokyo servì come sindaco della città di Tokyo. Il consiglio/assemblea della città di Tokyo (Tōkyō-shikai) fu eletto per la prima volta nel maggio 1889. Ogni reparto ha anche mantenuto la propria assemblea. La città e il governo prefettizio furono separati nel 1898., e il governo iniziò a nominare un sindaco separato della città di Tokyo nel 1898, ma mantenne la legislazione a livello di reparto, che continua fino ad oggi nel sistema di reparti speciali. Dal 1926, il sindaco è stato eletto dal consiglio comunale eletto / assemblea dai propri ranghi. Il municipio di Tokyo era situato nel distretto di Yūrakuchō, su un sito ora occupato dal Tokyo International Forum.

Tokyo divenne la seconda città più grande del mondo (4,9 milioni di abitanti) dopo aver assorbito diversi distretti periferici nel luglio 1932, dando alla città un totale di 35 quartieri.

Nel 1943, la città fu abolita e fusa con la Prefettura di Tokyo per formare il Governo metropolitano di Tokyo, che era funzionalmente una parte del governo centrale del Giappone: il governatore di Tokyo divenne un ministro di Gabinetto che riferiva direttamente al Primo Ministro. Questo sistema rimase in vigore fino al 1947 quando fu formata l’attuale struttura del governo metropolitano di Tokyo.