Wafer si è dichiarato candidato per il draft NBA 2005 dopo il suo secondo anno alla FSU nonostante molti esperti di draft prevedessero che non sarebbe stato redatto. Ci sono stati diversi ostacoli che ha dovuto superare per diventare una valida opzione per una squadra NBA per selezionarlo. Wafer non è stato invitato all’annuale Chicago pre-draft camp, che offre ai giocatori che non sono visti come prospetti del primo turno la possibilità di mostrare le loro abilità di fronte al personale della squadra NBA. Durante un allenamento con i Phoenix Suns, Wafer sarebbe stato frustrato dal gioco fisico di Jan Jagla, e ha risposto posando un gomito intenzionale al naso di Jagla, poi è uscito dal campo e ha concluso l’allenamento a quel punto. Lo scout dei Los Angeles Lakers Irving Thomas, che ha giocato due stagioni alla FSU, ha visto tre partite dei Seminoles durante la stagione 2004-05 e ha aiutato a organizzare un allenamento per Wafer con i Lakers. Il general manager dei Lakers Mitch Kupchak ha visto abbastanza della capacità di Wafer che hanno usato la seconda delle loro due scelte del secondo turno per selezionare Wafer nel draft.

Wafer è stato posto su waivers dai Lakers il 26 ottobre 2006. Ha giocato in una sola partita di pre-stagione a causa di un tallone sinistro contuso. Wafer ha poi giocato per i Colorado 14ers della NBA Development League durante il 2006-07, ed è stato nominato Giocatore del mese nel gennaio 2007. Il 21 febbraio firmò un contratto di dieci giorni con i Los Angeles Clippers. Ha giocato un minuto senza segnare prima di essere rinunciato una settimana dopo. Il 12 aprile 2007, i Denver Nuggets firmarono Wafer per il resto della stagione 2006-07.

Il 21 febbraio 2008, i Denver Nuggets scambiarono Wafer con i Portland Trail Blazers per Taurean Green. Wafer cambiò il suo numero da 22 (che indossava con i Nuggets) a 24, poiché il numero 22 era stato ritirato dai Trail Blazers per onorare Clyde Drexler.

Houston RocketsEdit

Wafer è stato firmato dagli Houston Rockets ed è riuscito a mantenere un posto nella squadra a causa del suo tiro a caldo nella preseason. Il 13 gennaio 2009, Wafer ha segnato un career-high di 23 punti su 10-14 tiro in 39 minuti contro i Los Angeles Lakers. Ha trovato un posto regolare nella formazione di partenza dei Rockets a causa delle buone prestazioni e di un infortunio al titolare regolare Tracy McGrady. Ha continuato a impressionare segnando 21 punti contro i Jazz e colpendo il gioco-vincendo tre in una partita a Boston che i Rockets hanno vinto 89-85. In quel mese ha una media di 14,3 punti a partita. Dopo che Wafer si trasferì in una squadra in Grecia, i Rockets gli offrirono un contratto a metà della stagione successiva. Ha firmato il contratto, ma ha fallito il suo fisico, quindi non ha potuto unirsi ai Rockets.

Olympiacos PiraeusEdit

Wafer si è unito al club greco di Euroleague Olympiacos Pireo nell’agosto 2009, firmando un contratto biennale da income 10 milioni di reddito lordo. Nel dicembre 2009 è stato esonerato dall’Olympiacos. Wafer ha sparato 36.4% dal campo e ha avuto una media di 3.0 punti a partita e 1.3 rimbalzi a partita nel campionato greco di A1 con l’Olympiacos. In Eurolega, ha sparato 50% dal campo e media 7.7 punti a partita, 1.3 rimbalzi a partita, e 1.0 assist a partita.

Dallas MavericksEdit

Il 24 febbraio 2010, Wafer firmò un contratto di dieci giorni con i Dallas Mavericks. Non ci si aspettava di rompere la rotazione durante il suo mandato e anche se era idoneo a giocare sei partite, Wafer finito il suo contratto con Dallas senza giocare un solo minuto.

Boston CelticsEdit

Il 3 luglio 2010, Wafer firmò un contratto da free agent con i Boston Celtics. Il 29 ottobre 2010, è stato coinvolto in un alterco negli spogliatoi con il nuovo compagno di squadra Delonte West.

Vanoli-Braga CremonaEdit

Nell’agosto 2011, durante il lockout NBA 2011, ha firmato un contratto di un anno con la Vanoli-Braga Cremona in Italia.

Orlando MagicEdit

Wafer è stato scambiato con i Magic il 12 dicembre 2011, insieme a Glen Davis per Brandon Bass. È stato rinunciato dalla magia alla fine della stagione 2011-12.

Passare a CBAEdit

Wafer trasferito in Cina nel 2012, ha firmato un contratto di un anno con Xinjiang Flying Tigers del valore di million 2 milioni. Ha giocato 34 partite per lo Xinjiang, con una media di 26,4 punti con una percentuale di tiro del 55,4%. Ha anche ottenuto 4.4 rimbalzi, 3,4 assist e 1,1 palle rubate a partita.

Nell’ottobre 2013, ha firmato con gli Shanghai Sharks, la squadra di proprietà del suo ex compagno di squadra Yao Ming ai Rockets. Nel dicembre 2013, ha lasciato gli squali.

Bakersfield JamEdit

Il 10 gennaio 2014 è stato acquistato dai Bakersfield Jam della NBA Development League. Il 28 gennaio 2014, è stato esonerato dai Jam.

RussiaEdit

Il 3 febbraio 2014, ha firmato con BC Krasny Oktyabr per il resto della stagione 2013-2014.

Delaware 87ersEdit

Il 26 novembre 2016, Wafer tornò negli Stati Uniti, firmando con i Delaware 87ers della NBA Development League.

Westchester KnicksEdit

Il 14 dicembre 2016, Wafer fu ceduto ai Westchester Knicks in cambio di Devondrick Walker.

Ritorno al CBAEdit

Il 27 gennaio 2017, Wafer tornò in Cina, firmando con i Jilin Northeast Tigers.